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- PDB-2apc: Crystal Structure of N-Acetylglucosaminyltransferase I in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2apc
タイトルCrystal Structure of N-Acetylglucosaminyltransferase I in Complex with UDP-GlcNAc phosphonate
要素Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
キーワードTRANSFERASE / N-Acetylglucosaminyltransferase / glycosyltransferase / UDP-GlcNAc / UDP-GlcNAc phosphonate
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,3-mannosylglycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / : / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / mannose metabolic process / : / protein N-linked glycosylation / Golgi medial cisterna / manganese ion binding / in utero embryonic development ...alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,3-mannosylglycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / : / protein N-acetylglucosaminyltransferase activity / mannose metabolic process / : / protein N-linked glycosylation / Golgi medial cisterna / manganese ion binding / in utero embryonic development / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-Acetylglucosaminyltransferase I, Domain 2 / : / Glycosyl transferase, family 13 / GNT-I family / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-UDM / Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rini, J.M. / Gordon, R.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: X-ray Crystal Structures of Rabbit N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I) in Complex with Donor Substrate Analogues.
著者: Gordon, R.D. / Sivarajah, P. / Satkunarajah, M. / Ma, D. / Tarling, C.A. / Vizitiu, D. / Withers, S.G. / Rini, J.M.
履歴
登録2005年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9389
ポリマ－39,7251
非ポリマー1,2138
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.964, 82.499, 102.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / N-glycosyl-oligosaccharide-glycoprotein N- acetylglucosaminyltransferase I / GNT-I / GlcNAc-T I


分子量: 39725.172 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 106-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株: GnT1-5G5
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P27115, alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein 2-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UDM / URIDINE-DIPHOSPHATE-METHYLENE-N-ACETYL-GLUCOSAMINE / ((2S,3R,4R,5S,6R)-3-ACETAMIDO-4,5-DIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL)METHYLPHOSPHONIC (((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL PHOSPHORIC) ANHYDRIDE / (5′-ウリジル酸)[2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノシルメチルホスホン酸]無水物


分子量: 605.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H29N3O16P2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 1 M Tris pH 7.9, 40% PEG 6000, MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9363 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日
放射モノクロメーター: SYCHROTRON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9363 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.51 Å / Num. all: 55630 / Num. obs: 54569 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: 0 / Limit k max: 54 / Limit k min: 0 / Limit l max: 68 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 194316.95 / Observed criterion F min: 0.32
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FOA, 1FO9

1foa

1fo9


解像度: 1.5→43.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 5527 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all-56349 --
obs-54569 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 35.8371 Å2 / ksol: 0.379612 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 47.62 Å2 / Biso mean: 16.76 Å2 / Biso min: 5.14 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å-0.04 Å
Luzzati d res high-1.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 76 278 3165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.96
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.913
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.984.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.096
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5-1.60.29382410.10.29373320.019285815687.8
1.6-1.720.26892610.30.24580700.0099285899696.9
1.72-1.890.22992210.10.22181770.0089286909998
1.89-2.160.232926100.21683400.0089373926698.9
2.16-2.730.2039279.90.18484310.0079425935899.3
2.73-43.510.196100210.30.19386920.0069749969499.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_NOHYDROGEN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLYCEROL.PARAMGLYCEROL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5UDM.PARAMUDM.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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