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万見
- EMDB-29921: Subtomogram average of the native Ana GV shell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29921
タイトルSubtomogram average of the native Ana GV shell
マップデータnative AnaGV map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Stripped Gas vesicles
機能・相同性
機能・相同性情報


gas vesicle shell / vesicle membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Gas vesicle protein GvpA / Gas vesicle protein GvpA, conserved site / : / : / Gas vesicle protein / Gas vesicles protein GVPa signature 1. / Gas vesicles protein GVPa signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gas vesicle protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Dolichospermum flos-aquae (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Dutka P / Metskas LA / Hurt RC / Salahshoor H / Wang TY / Malounda D / Lu GJ / Chou TF / Shapiro MG / Jensen JJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127401 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)EB018975 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure of Anabaena flos-aquae gas vesicles revealed by cryo-ET.
著者: Przemysław Dutka / Lauren Ann Metskas / Robert C Hurt / Hossein Salahshoor / Ting-Yu Wang / Dina Malounda / George J Lu / Tsui-Fen Chou / Mikhail G Shapiro / Grant J Jensen /
要旨: Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical ...Gas vesicles (GVs) are gas-filled protein nanostructures employed by several species of bacteria and archaea as flotation devices to enable access to optimal light and nutrients. The unique physical properties of GVs have led to their use as genetically encodable contrast agents for ultrasound and MRI. Currently, however, the structure and assembly mechanism of GVs remain unknown. Here we employ cryoelectron tomography to reveal how the GV shell is formed by a helical filament of highly conserved GvpA subunits. This filament changes polarity at the center of the GV cylinder, a site that may act as an elongation center. Subtomogram averaging reveals a corrugated pattern of the shell arising from polymerization of GvpA into a β sheet. The accessory protein GvpC forms a helical cage around the GvpA shell, providing structural reinforcement. Together, our results help explain the remarkable mechanical properties of GVs and their ability to adopt different diameters and shapes.
履歴
登録2023年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2023年5月17日-
現状2023年5月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29921.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29921.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈native AnaGV map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 178 pix.
= 300.286 Å		1.69 Å/pix.
x 178 pix.
= 300.286 Å		1.69 Å/pix.
x 178 pix.
= 300.286 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.687 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.638
最小 - 最大-0.7958028 - 1.40953
平均 (標準偏差)0.019408965 (±0.11571935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ178178178
Spacing178178178
セルA=B=C: 300.286 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29921_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: native AnaGV halfmap1

ファイルemd_29921_half_map_1.map
注釈native AnaGV halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: native AnaGV halfmap2

ファイルemd_29921_half_map_2.map
注釈native AnaGV halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Stripped Gas vesicles

全体名称: Stripped Gas vesicles
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Stripped Gas vesicles

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超分子 #1: Stripped Gas vesicles

超分子名称: Stripped Gas vesicles / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Dolichospermum flos-aquae (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES, pH 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 73866
抽出トモグラム数: 23 / 使用した粒子像数: 28887
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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