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- EMDB-29912: Cryo-EM 3D map of the Mycobacterium tuberculosis Hsp70 protein Dn... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29912
タイトルCryo-EM 3D map of the Mycobacterium tuberculosis Hsp70 protein DnaK bound to the nucleotide exchange factor GrpE
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
    • タンパク質・ペプチド: Chaperone protein DnaK
    • タンパク質・ペプチド: Protein GrpE
キーワードheat shock protein 70 / nucleotide exchange factor / protein folding and refolding / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenyl-nucleotide exchange factor activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / hydrolase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GrpE nucleotide exchange factor / GrpE nucleotide exchange factor, head / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil / GrpE / grpE protein signature. / Chaperone DnaK / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site ...GrpE nucleotide exchange factor / GrpE nucleotide exchange factor, head / GrpE nucleotide exchange factor, coiled-coil / GrpE / grpE protein signature. / Chaperone DnaK / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein GrpE / Chaperone protein DnaK
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xiao X / Li H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the M. tuberculosis DnaK-GrpE complex reveals how key DnaK roles are controlled.
著者: Xiansha Xiao / Allison Fay / Pablo Santos Molina / Amanda Kovach / Michael S Glickman / Huilin Li /
要旨: The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide ...The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide exchange factor GrpE. It has been unclear how GrpE couples DnaK's nucleotide exchange with substrate release. Here we report a cryo-EM analysis of GrpE bound to an intact Mtb DnaK, revealing an asymmetric 1:2 DnaK-GrpE complex. The GrpE dimer ratchets to modulate both DnaK nucleotide-binding domain and the substrate-binding domain. We further show that the disordered GrpE N-terminus is critical for substrate release, and that the DnaK-GrpE interface is essential for protein folding activity both in vitro and in vivo. Therefore, the Mtb GrpE dimer allosterically regulates DnaK to concomitantly release ADP in the nucleotide-binding domain and substrate peptide in the substrate-binding domain.
履歴
登録2023年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.011400831 - 2.0328825
平均 (標準偏差)0.00063794554 (±0.018456439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE

全体名称: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
要素
  • 複合体: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
    • タンパク質・ペプチド: Chaperone protein DnaK
    • タンパク質・ペプチド: Protein GrpE

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超分子 #1: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE

超分子名称: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: Chaperone protein DnaK

分子名称: Chaperone protein DnaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 66.91068 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MARAVGIDLG TTNSVVSVLE GGDPVVVANS EGSRTTPSIV AFARNGEVLV GQPAKNQAVT NVDRTVRSVK RHMGSDWSIE IDGKKYTAP EISARILMKL KRDAEAYLGE DITDAVITTP AYFNDAQRQA TKDAGQIAGL NVLRIVNEPT AAALAYGLDK G EKEQRILV ...文字列:
MARAVGIDLG TTNSVVSVLE GGDPVVVANS EGSRTTPSIV AFARNGEVLV GQPAKNQAVT NVDRTVRSVK RHMGSDWSIE IDGKKYTAP EISARILMKL KRDAEAYLGE DITDAVITTP AYFNDAQRQA TKDAGQIAGL NVLRIVNEPT AAALAYGLDK G EKEQRILV FDLGGGTFDV SLLEIGEGVV EVRATSGDNH LGGDDWDQRV VDWLVDKFKG TSGIDLTKDK MAMQRLREAA EK AKIELSS SQSTSINLPY ITVDADKNPL FLDEQLTRAE FQRITQDLLD RTRKPFQSVI ADTGISVSEI DHVVLVGGST RMP AVTDLV KELTGGKEPN KGVNPDEVVA VGAALQAGVL KGEVKDVLLL DVTPLSLGIE TKGGVMTRLI ERNTTIPTKR SETF TTADD NQPSVQIQVY QGEREIAAHN KLLGSFELTG IPPAPRGIPQ IEVTFDIDAN GIVHVTAKDK GTGKENTIRI QEGSG LSKE DIDRMIKDAE AHAEEDRKRR EEADVRNQAE TLVYQTEKFV KEQREAEGGS KVPEDTLNKV DAAVAEAKAA LGGSDI SAI KSAMEKLGQE SQALGQAIYE AAQAASQATG AAHPGGEPGG AHPGSADDVV DAEVVDDGRE AK

UniProtKB: Chaperone protein DnaK

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分子 #2: Protein GrpE

分子名称: Protein GrpE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 24.559555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTDGNQKPDG NSGEQVTVTD KRRIDPETGE VRHVPPGDMP GGTAAADAAH TEDKVAELTA DLQRVQADFA NYRKRALRDQ QAAADRAKA SVVSQLLGVL DDLERARKHG DLESGPLKSV ADKLDSALTG LGLVAFGAEG EDFDPVLHEA VQHEGDGGQG S KPVIGTVM ...文字列:
MTDGNQKPDG NSGEQVTVTD KRRIDPETGE VRHVPPGDMP GGTAAADAAH TEDKVAELTA DLQRVQADFA NYRKRALRDQ QAAADRAKA SVVSQLLGVL DDLERARKHG DLESGPLKSV ADKLDSALTG LGLVAFGAEG EDFDPVLHEA VQHEGDGGQG S KPVIGTVM RQGYQLGEQV LRHALVGVVD TVVVDAAELE SVDDGTAVAD TAENDQADQG NSADTSGEQA ESEPSGS

UniProtKB: Protein GrpE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 15720 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9973114
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4ani

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 240737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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