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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29818 | |||||||||
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タイトル | ATP- and mtHsp10-bound mtHsp60 V72I focus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | chaperonin / ATPase / foldase / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / lipopolysaccharide receptor complex / apolipoprotein A-I binding / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / chaperonin ATPase / Mitochondrial protein import ...coated vesicle / isotype switching to IgG isotypes / lipopolysaccharide receptor complex / apolipoprotein A-I binding / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / migrasome / high-density lipoprotein particle binding / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / chaperonin ATPase / Mitochondrial protein import / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / positive regulation of macrophage activation / cellular response to interleukin-7 / biological process involved in interaction with symbiont / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 'de novo' protein folding / sperm plasma membrane / B cell activation / B cell proliferation / apoptotic mitochondrial changes / DNA replication origin binding / apolipoprotein binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interleukin-10 production / protein maturation / response to unfolded protein / RHOG GTPase cycle / chaperone-mediated protein complex assembly / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / clathrin-coated pit / sperm midpiece / Mitochondrial protein degradation / isomerase activity / T cell activation / positive regulation of interleukin-12 production / response to cold / secretory granule / lipopolysaccharide binding / ATP-dependent protein folding chaperone / osteoblast differentiation / positive regulation of interleukin-6 production / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / unfolded protein binding / p53 binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / protein refolding / mitochondrial inner membrane / early endosome / protein stabilization / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Braxton JR / Shao H / Tse E / Gestwicki JE / Southworth DR | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Asymmetric apical domain states of mitochondrial Hsp60 coordinate substrate engagement and chaperonin assembly. 著者: Julian R Braxton / Hao Shao / Eric Tse / Jason E Gestwicki / Daniel R Southworth / 要旨: The mitochondrial chaperonin, mtHsp60, promotes the folding of newly imported and transiently misfolded proteins in the mitochondrial matrix, assisted by its co-chaperone mtHsp10. Despite its ...The mitochondrial chaperonin, mtHsp60, promotes the folding of newly imported and transiently misfolded proteins in the mitochondrial matrix, assisted by its co-chaperone mtHsp10. Despite its essential role in mitochondrial proteostasis, structural insights into how this chaperonin binds to clients and progresses through its ATP-dependent reaction cycle are not clear. Here, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of a hyperstable disease-associated mtHsp60 mutant, V72I, at three stages in this cycle. Unexpectedly, client density is identified in all states, revealing interactions with mtHsp60's apical domains and C-termini that coordinate client positioning in the folding chamber. We further identify a striking asymmetric arrangement of the apical domains in the ATP state, in which an alternating up/down configuration positions interaction surfaces for simultaneous recruitment of mtHsp10 and client retention. Client is then fully encapsulated in mtHsp60/mtHsp10, revealing prominent contacts at two discrete sites that potentially support maturation. These results identify a new role for the apical domains in coordinating client capture and progression through the cycle, and suggest a conserved mechanism of group I chaperonin function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29818.map.gz | 328.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29818-v30.xml emd-29818.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29818_fsc.xml emd_29818_fsc_2.xml | 15 KB 15.1 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29818.png | 182.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29818.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_29818_additional_1.map.gz emd_29818_half_map_1.map.gz emd_29818_half_map_2.map.gz | 173.6 MB 322.3 MB 322.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29818 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29818_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29818_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29818_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29818_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.927 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_29818_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29818_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29818_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ATP- and mtHsp10-bound mtHsp60
全体 | 名称: ATP- and mtHsp10-bound mtHsp60 |
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要素 |
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-超分子 #1: ATP- and mtHsp10-bound mtHsp60
超分子 | 名称: ATP- and mtHsp10-bound mtHsp60 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial
分子 | 名称: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.204535 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AAKDVKFGAD ARALMLQGVD LLADAVAVTM GPKGRTVIIE QSWGSPKVTK DGVTVAKSID LKDKYKNIGA KLIQDVANNT NEEAGDGTT TATVLARSIA KEGFEKISKG ANPVEIRRGV MLAVDAVIAE LKKQSKPVTT PEEIAQVATI SANGDKEIGN I ISDAMKKV ...文字列: AAKDVKFGAD ARALMLQGVD LLADAVAVTM GPKGRTVIIE QSWGSPKVTK DGVTVAKSID LKDKYKNIGA KLIQDVANNT NEEAGDGTT TATVLARSIA KEGFEKISKG ANPVEIRRGV MLAVDAVIAE LKKQSKPVTT PEEIAQVATI SANGDKEIGN I ISDAMKKV GRKGVITVKD GKTLNDELEI IEGMKFDRGY ISPYFINTSK GQKCEFQDAY VLLSEKKISS IQSIVPALEI AN AHRKPLV IIAEDVDGEA LSTLVLNRLK VGLQVVAVKA PGFGDNRKNQ LKDMAIATGG AVFGEEGLTL NLEDVQPHDL GKV GEVIVT KDDAMLLKGK GDKAQIEKRI QEIIEQLDVT TSEYEKEKLN ERLAKLSDGV AVLKVGGTSD VEVNEKKDRV TDAL NATRA AVEEGIVLGG GCALLRCIPA LDSLTPANED QKIGIEIIKR TLKIPAMTIA KNAGVEGSLI VEKIMQSSSE VGYDA MAGD FVNMVEKGII DPTKVVRTAL LDAAGVASLL TTAEVVVTEI PKE UniProtKB: 60 kDa heat shock protein, mitochondrial |
-分子 #2: 10 kDa heat shock protein, mitochondrial
分子 | 名称: 10 kDa heat shock protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.7444 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GQAFRKFLPL FDRVLVERSA AETVTKGGIM LPEKSQGKVL QATVVAVGSG SKGKGGEIQP VSVKVGDKVL LPEYGGTKVV LDDKDYFLF RDGDILGKYV D UniProtKB: 10 kDa heat shock protein, mitochondrial |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa / 詳細: Pelco easiGlow, 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Wait time 10 sec, blot time 3 sec, blot force 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7460 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 53937 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8g7o: |