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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | X-31 hemagglutinin in complex with FL-1061 Fab | ||||||||||||
![]() | half map 1 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | influenza / fusogen / antibody / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Windsor IW / Thornlow D / Schmidt AG | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antibodies elicited by a hyperglycoslated immunogen 著者: Windsor IW / Schmidt AG | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 166.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 116.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 140.8 MB 140.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1007.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1007.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g5aMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: X-31 Hemagglutinin full length soluble ectodomain trimer in...
ファイル | emd_29737_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | X-31 Hemagglutinin full length soluble ectodomain trimer in complex with three FL-1061 Fabs | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_29737_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : X-31 hemagglutinin in complex with FL-1061 Fabs
全体 | 名称: X-31 hemagglutinin in complex with FL-1061 Fabs |
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要素 |
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-超分子 #1: X-31 hemagglutinin in complex with FL-1061 Fabs
超分子 | 名称: X-31 hemagglutinin in complex with FL-1061 Fabs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 70.408609 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQDLPGNDN STATLCLGHH AVPNGTLVKT ITDDQIEVTN ATELVQSSST GKICNNPHRI LDGIDCTLI DALLGDPHCD VFQNETWDLF VERSKAFSNC YPYDVPDYAS LRSLVASSGT LEFITEGFTW TGVTQNGGSN A CKRGPGSG ...文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQDLPGNDN STATLCLGHH AVPNGTLVKT ITDDQIEVTN ATELVQSSST GKICNNPHRI LDGIDCTLI DALLGDPHCD VFQNETWDLF VERSKAFSNC YPYDVPDYAS LRSLVASSGT LEFITEGFTW TGVTQNGGSN A CKRGPGSG FFSRLNWLTK SGSTYPVLNV TMPNNDNFDK LYIWGIHHPS TDQEQTSLYV QASGRVTVST RRSQQTIIPN IG SRPWVRG LSSRISIYWT IVKPGDVLVI NSNGNLIAPR GYFKMRTGKS SIMRSDAPID TCISECITPN GSIPNDKPFQ NVN KITYGA CPKYVKQNTL KLATGMRNVP EKQTRGLFGA IAGFIENGWE GMIDGWYGFR HQNSEGTGQA ADLKSTQAAI DQIN GKLNR VIEKTNEKFH QIEKEFSEVE GRIQDLEKYV EDTKIDLWSY NAELLVALEN QHTIDLTDSE MNKLFEKTRR QLREN AEDM GNGCFKIYHK CDNACIESIR NGTYDHDVYR DEALNNRFQI KGVELKSGAG SSLEVLFQGP GSGSSLGGSG YIPEAP RDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGSG SSHHHHHHHH GGSGSSMDEK TTGWRGGHVV EGLAGELEQL RARLEHHPQG QREP UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: FL-1086 Fab heavy chain
分子 | 名称: FL-1086 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.019004 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ASQVQLQQSG AELMQPGASV KLSCKATGYT FAGYWIEWVK QRPGHGLEWI GEILPGIGST NYNGKFKGKA TFTADSSSNT AYMELSSLT TEDSAIYYCA RSGAQATFAM DYWGQGTSVT VSGASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: ASQVQLQQSG AELMQPGASV KLSCKATGYT FAGYWIEWVK QRPGHGLEWI GEILPGIGST NYNGKFKGKA TFTADSSSNT AYMELSSLT TEDSAIYYCA RSGAQATFAM DYWGQGTSVT VSGASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKG SSLEVLFQGP LG HHHHHH |
-分子 #3: FL-1086 light chain
分子 | 名称: FL-1086 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.693311 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ASDVQMTQSP SYLAASPGET ITINCRASKS ISKFLAWYQE KPGKTNKLLI YSGSTLQSGI PSRFSGSGSG TDFTLTISSL EPEDFAMYY CQQHNEYPYT FGAGTKLELK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: ASDVQMTQSP SYLAASPGET ITINCRASKS ISKFLAWYQE KPGKTNKLLI YSGSTLQSGI PSRFSGSGSG TDFTLTISSL EPEDFAMYY CQQHNEYPYT FGAGTKLELK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |