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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI19 Fab molecules | |||||||||
![]() | 4 FNI19 Fabs in complex with tetrameric N2 NA protein from A/Tanzania/2010 strain | |||||||||
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![]() | viral glycoprotein / antibody / Fab / influenza / virus / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Dang HV / Snell G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A pan-influenza antibody inhibiting neuraminidase via receptor mimicry. 著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant ...著者: Corey Momont / Ha V Dang / Fabrizia Zatta / Kevin Hauser / Caihong Wang / Julia di Iulio / Andrea Minola / Nadine Czudnochowski / Anna De Marco / Kaitlin Branch / David Donermeyer / Siddhant Vyas / Alex Chen / Elena Ferri / Barbara Guarino / Abigail E Powell / Roberto Spreafico / Samantha S Yim / Dale R Balce / Istvan Bartha / Marcel Meury / Tristan I Croll / David M Belnap / Michael A Schmid / William Timothy Schaiff / Jessica L Miller / Elisabetta Cameroni / Amalio Telenti / Herbert W Virgin / Laura E Rosen / Lisa A Purcell / Antonio Lanzavecchia / Gyorgy Snell / Davide Corti / Matteo Samuele Pizzuto / ![]() ![]() ![]() 要旨: Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies ...Rapidly evolving influenza A viruses (IAVs) and influenza B viruses (IBVs) are major causes of recurrent lower respiratory tract infections. Current influenza vaccines elicit antibodies predominantly to the highly variable head region of haemagglutinin and their effectiveness is limited by viral drift and suboptimal immune responses. Here we describe a neuraminidase-targeting monoclonal antibody, FNI9, that potently inhibits the enzymatic activity of all group 1 and group 2 IAVs, as well as Victoria/2/87-like, Yamagata/16/88-like and ancestral IBVs. FNI9 broadly neutralizes seasonal IAVs and IBVs, including the immune-evading H3N2 strains bearing an N-glycan at position 245, and shows synergistic activity when combined with anti-haemagglutinin stem-directed antibodies. Structural analysis reveals that D107 in the FNI9 heavy chain complementarity-determinant region 3 mimics the interaction of the sialic acid carboxyl group with the three highly conserved arginine residues (R118, R292 and R371) of the neuraminidase catalytic site. FNI9 demonstrates potent prophylactic activity against lethal IAV and IBV infections in mice. The unprecedented breadth and potency of the FNI9 monoclonal antibody supports its development for the prevention of influenza illness by seasonal and pandemic viruses. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 884.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 884.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g30MC ![]() 8g3mC ![]() 8g3nC ![]() 8g3oC ![]() 8g3pC ![]() 8g3qC ![]() 8g3rC ![]() 8g3vC ![]() 8g3zC ![]() 8g40C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 4 FNI19 Fabs in complex with tetrameric N2 NA protein from A/Tanzania/2010 strain | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.927 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29686_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29686_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FN...
全体 | 名称: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI19 Fab molecules |
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要素 |
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-超分子 #1: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FN...
超分子 | 名称: N2 neuraminidase of A/Tanzania/205/2010 H3N2 in complex with 4 FNI19 Fab molecules タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of FNI19 IgG1 antibody |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 0.42 kDa/nm |
-分子 #1: FNI19 Fab heavy chain
分子 | 名称: FNI19 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.692602 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVRV SCKASEGTFN KYTLTWVRQA PGQGLEWMGG IIPISGIANY AQKFQGRVAI TADESTTTAY MELSSLRSE DSAVYYCATA VSDYFNRDLG WEDYYFPFWG QGTLVTVASA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: QVQLVQSGAE VKRPGSSVRV SCKASEGTFN KYTLTWVRQA PGQGLEWMGG IIPISGIANY AQKFQGRVAI TADESTTTAY MELSSLRSE DSAVYYCATA VSDYFNRDLG WEDYYFPFWG QGTLVTVASA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSC |
-分子 #2: FNI19 Fab light chain
分子 | 名称: FNI19 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.549264 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGARAT LFCRASRSVS DNLAWYQQKP GQAPRLLIFG ASTRATGVPA RFSGSGSGTQ FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNIWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGARAT LFCRASRSVS DNLAWYQQKP GQAPRLLIFG ASTRATGVPA RFSGSGSGTQ FTLTISSLQS EDFAVYYCQ HYNIWPPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: Neuraminidase
分子 | 名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: A/Tanzania/205/2010 H3N2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.755047 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGENL YFQGSAEYRN WSKPQCDITG FAPFSKDNSI RLSAGGDIWV TREPYVSCDP DKCYQFALGQ G TTLNNVHS ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DHHHHHHGSG LNDIFEAQKI EWHEGSIINE TADDIVYRLT VIIDDRYESL KNLITLRADR LEMIINDNV STILASGENL YFQGSAEYRN WSKPQCDITG FAPFSKDNSI RLSAGGDIWV TREPYVSCDP DKCYQFALGQ G TTLNNVHS NNTVRDRTPY RTLLMNELGV PFHLGTKQVC IAWSSSSCHD GKAWLHVCIT GDDKNATASF IYNGRLVDSV VS WSKEILR TQESECVCIN GTCTVVMTDG SASGKADTKI LFIEEGKIVH TSTLSGSAQH VEECSCYPRY PGVRCVCRDN WKG SNRPIV DINIKDHSIV SSYVCSGLVG DTPRKNDSSS SSHCLDPNNE EGGHGVKGWA FDDGNDVWMG RTINETSRLG YETF KVIEG WSNPKSKLQI NRQVIVDRGN RSGYSGIFSV EGKSCINRCF YVELIRGRKE ETEVLWTSNS IVVFCGTSGT YGTGS WPDG ADLNLMPI |
-分子 #8: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.0 | ||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 19.35 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170901 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |