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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29684 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ADGRF1 coupled to miniGs/q | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits ...G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Jones D / Rawson S / Blacklow S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Tethered agonist activated ADGRF1 structure and signalling analysis reveal basis for G protein coupling. 著者: Daniel T D Jones / Andrew N Dates / Shaun D Rawson / Maggie M Burruss / Colin H Lipper / Stephen C Blacklow / 要旨: Adhesion G Protein Coupled Receptors (aGPCRs) have evolved an activation mechanism to translate extracellular force into liberation of a tethered agonist (TA) to effect cell signalling. We report ...Adhesion G Protein Coupled Receptors (aGPCRs) have evolved an activation mechanism to translate extracellular force into liberation of a tethered agonist (TA) to effect cell signalling. We report here that ADGRF1 can signal through all major G protein classes and identify the structural basis for a previously reported Gα preference by cryo-EM. Our structure shows that Gα preference in ADGRF1 may derive from tighter packing at the conserved F569 of the TA, altering contacts between TM helix I and VII, with a concurrent rearrangement of TM helix VII and helix VIII at the site of Gα recruitment. Mutational studies of the interface and of contact residues within the 7TM domain identify residues critical for signalling, and suggest that Gα signalling is more sensitive to mutation of TA or binding site residues than Gα. Our work advances the detailed molecular understanding of aGPCR TA activation, identifying features that potentially explain preferential signal modulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29684.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29684-v30.xml emd-29684.xml | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29684_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29684.png | 53.7 KB | ||
その他 | emd_29684_additional_1.map.gz emd_29684_additional_2.map.gz emd_29684_half_map_1.map.gz emd_29684_half_map_2.map.gz | 2.8 MB 109.4 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29684 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29684 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29684_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29684_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29684_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29684_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29684 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29684 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g2yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29684.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_29684_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_29684_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29684_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29684_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tethered agonist activated adhesion GPCR ADGRF1 coupled to miniGs/q
全体 | 名称: Tethered agonist activated adhesion GPCR ADGRF1 coupled to miniGs/q |
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要素 |
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-超分子 #1: Tethered agonist activated adhesion GPCR ADGRF1 coupled to miniGs/q
超分子 | 名称: Tethered agonist activated adhesion GPCR ADGRF1 coupled to miniGs/q タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: MiniG alpha s/q chimera
分子 | 名称: MiniG alpha s/q chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 47.835914 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVFTLEDFVG DWEQTAAYNL DQVLEQGGVS SLLQNLAVSV TPIQRIVRSG ENALKIDIHV IIPYEGLSAD QMAQIEEVFK VVYPVDDHH FKVILPYGTL VIDGVTPNML NYFGRPYEGI AVFDGKKITV TGTLWNGNKI IDERLITPDG SMLFRVTINS G GGGSGGGG ...文字列: MVFTLEDFVG DWEQTAAYNL DQVLEQGGVS SLLQNLAVSV TPIQRIVRSG ENALKIDIHV IIPYEGLSAD QMAQIEEVFK VVYPVDDHH FKVILPYGTL VIDGVTPNML NYFGRPYEGI AVFDGKKITV TGTLWNGNKI IDERLITPDG SMLFRVTINS G GGGSGGGG SSGEFEFNSK TEDQRNEEKA QREANKKIEK QLQKDKQVYR ATHRLLLLGA DNSGKSTIVK QMRILHGGSG GS GGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQR DERRKWIQCF NDVTAIIFVV DSSDYNRLQE ALNLFKSIWN NRWLRTISVI LFL NKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTTPEDATPE PGEDPRVTRA KYFIRDEFLR ISTASGDGRH YCYPHFTCAV DTEN ARRIF NDCKDIILQM NLREYNLV |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.418086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L |
-分子 #4: Nanobody 35
分子 | 名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 19.726197 KDa |
組換発現 | 生物種: Lama glama (ラマ) |
配列 | 文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGARI SYTGSVKGR FTISRDNAKN TLYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SLEVLFQGPG H HHHHHHHG SEDQVDPRLI DGK |
-分子 #5: Adhesion G-protein-coupled receptor F1
分子 | 名称: Adhesion G-protein-coupled receptor F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.837516 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKEN LYFQTSFSIL MSPFVPSTIF PVVKWITYVG LGISIGSLIL CLIIEALFW KQIKKSQTSH TRRICMVNIA LSLLIADVWF IVGATVDTTV NPSGVCTAAV FFTHFFYLSL FFWMLMLGIL L AYRIILVF ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD HDGDYKDHDI DYKDDDDKEN LYFQTSFSIL MSPFVPSTIF PVVKWITYVG LGISIGSLIL CLIIEALFW KQIKKSQTSH TRRICMVNIA LSLLIADVWF IVGATVDTTV NPSGVCTAAV FFTHFFYLSL FFWMLMLGIL L AYRIILVF HHMAQHLMMA VGFCLGYGCP LIISVITIAV TQPSNTYKRK DVCWLNWSNG SKPLLAFVVP ALAIVAVNFV VV LLVLTKL WRPTVGERLS RDDKATIIRV GKSLLILTPL LGLTWGFGIG TIVDSQNLAW HVIFALLNAF QGFFILCFGI LLD SKLRQL LFNKLSALSS WKQTEKQNSS DLSAKPKFSK PFNPLQNKGH YAFSHTGDSS DNIMLTQFVS NEGGGGSGGG GSSG VTGYR LFEEIL |
-分子 #6: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE
分子 | 名称: [1-MYRISTOYL-GLYCEROL-3-YL]PHOSPHONYLCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: LPC |
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分子量 | 理論値: 468.585 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |