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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | |||||||||
![]() | Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gangwar SP / Yen LY / Yelshanskaya MV / Sobolevsky AI | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Positive and negative allosteric modulation of GluK2 kainate receptors by BPAM344 and antiepileptic perampanel. 著者: Shanti Pal Gangwar / Laura Y Yen / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Kainate receptors (KARs) are a subtype of ionotropic glutamate receptors that control synaptic transmission in the central nervous system and are implicated in neurological, psychiatric, and ...Kainate receptors (KARs) are a subtype of ionotropic glutamate receptors that control synaptic transmission in the central nervous system and are implicated in neurological, psychiatric, and neurodevelopmental disorders. Understanding the regulation of KAR function by small molecules is essential for exploring these receptors as drug targets. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of KAR GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344, competitive antagonist DNQX, and negative allosteric modulator, antiepileptic drug perampanel. Our structures show that two BPAM344 molecules bind per ligand-binding domain dimer interface. In the absence of an agonist or in the presence of DNQX, BPAM344 stabilizes GluK2 in the closed state. The closed state is also stabilized by perampanel, which binds to the ion channel extracellular collar sites located in two out of four GluK2 subunits. The molecular mechanisms of positive and negative allosteric modulation of KAR provide a guide for developing new therapeutic strategies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 55.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.4 MB 200.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fwsMC ![]() 8fwqC ![]() 8fwrC ![]() 8fwtC ![]() 8fwuC ![]() 8fwvC ![]() 8fwwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.925 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of...
ファイル | emd_29517_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of...
ファイル | emd_29517_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the ligand-binding and transmembrane domains of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : GluK2
全体 | 名称: GluK2![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: GluK2
超分子 | 名称: GluK2 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Map displaying amino-terminal and ligand binding domain |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
分子 | 名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 102.509977 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSF EASKKACDQL SLGVAAIFGP SHSSSANAVQ SICNALGVPH IQTRWKHQVS DNKDSFYVSL YPDFSSLSRA I LDLVQFFK ...文字列: MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSF EASKKACDQL SLGVAAIFGP SHSSSANAVQ SICNALGVPH IQTRWKHQVS DNKDSFYVSL YPDFSSLSRA I LDLVQFFK WKTVTVVYDD STGLIRLQEL IKAPSRYNLR LKIRQLPADT KDAKPLLKEM KRGKEFHVIF DCSHEMAAGI LK QALAMGM MTEYYHYIFT TLDLFALDVE PYRYSGVNMT GFRILNTENT QVSSIIEKWS MERLQAPPKP DSGLLDGFMT TDA ALMYDA VHVVSVAVQQ FPQMTVSSLQ CNRHKPWRFG TRFMSLIKEA HWEGLTGRIT FNKTNGLRTD FDLDVISLKE EGLE KIGTW DPASGLNMTE SQKGKPANIT DSLSNRSLIV TTILEEPYVL FKKSDKPLYG NDRFEGYCID LLRELSTILG FTYEI RLVE DGKYGAQDDV NGQWNGMVRE LIDHKADLAV APLAITYVRE KVIDFSKPFM TLGISILYRK PNGTNPGVFS FLNPLS PDI WMYVLLACLG VSCVLFVIAR FSPYEWYNPH PCNPDSDVVE NNFTLLNSFW FGVGALMQQG SELMPKALST RIVGGIW WF FTLIIISSYT ANLAAFLTVE RMESPIDSAD DLAKQTKIEY GAVEDGATMT FFKKSKISTY DKMWAFMSSR RQSVLVKS N EEGIQRVLTS DYAFLMESTT IEFVTQRNCN LTQIGGLIDS KGYGVGTPMG SPYRDKITIA ILQLQEEGKL HMMKEKWWR GNGCPEEESK EASALGVQNI GGIFIVLAAG LVLSVFVAVG EFLYKSKKNA QLEKRSFCSA MVEELRMSLK CQRRLKHKPQ APVIVKTEE VINMHTFNDR RLPGKETMA |
-分子 #4: 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-...
分子 | 名称: 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 2J9 |
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分子量 | 理論値: 242.27 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-2J9: |
-分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #7: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #8: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Protein extracted and reconstituted in a detergent micelle |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |