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万見
- EMDB-29502: Fast and versatile sequence- independent protein docking for nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29502
タイトルFast and versatile sequence- independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: O43-rpxdock-EK1
    • タンパク質・ペプチド: O43-rpxdoc-EK1_A
    • タンパク質・ペプチド: O43-rpxdoc-EK1_B
キーワードoctahedra / oligomer (オリゴマー) / de novo design / rosetta / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / interface / DE NOVO PROTEIN (De novo)
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Skotheim R / Borst AJ / Baker D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: PLoS Comput Biol / 年: 2023
タイトル: Fast and versatile sequence-independent protein docking for nanomaterials design using RPXDock.
著者: William Sheffler / Erin C Yang / Quinton Dowling / Yang Hsia / Chelsea N Fries / Jenna Stanislaw / Mark D Langowski / Marisa Brandys / Zhe Li / Rebecca Skotheim / Andrew J Borst / Alena ...著者: William Sheffler / Erin C Yang / Quinton Dowling / Yang Hsia / Chelsea N Fries / Jenna Stanislaw / Mark D Langowski / Marisa Brandys / Zhe Li / Rebecca Skotheim / Andrew J Borst / Alena Khmelinskaia / Neil P King / David Baker /
要旨: Computationally designed multi-subunit assemblies have shown considerable promise for a variety of applications, including a new generation of potent vaccines. One of the major routes to such ...Computationally designed multi-subunit assemblies have shown considerable promise for a variety of applications, including a new generation of potent vaccines. One of the major routes to such materials is rigid body sequence-independent docking of cyclic oligomers into architectures with point group or lattice symmetries. Current methods for docking and designing such assemblies are tailored to specific classes of symmetry and are difficult to modify for novel applications. Here we describe RPXDock, a fast, flexible, and modular software package for sequence-independent rigid-body protein docking across a wide range of symmetric architectures that is easily customizable for further development. RPXDock uses an efficient hierarchical search and a residue-pair transform (RPX) scoring method to rapidly search through multidimensional docking space. We describe the structure of the software, provide practical guidelines for its use, and describe the available functionalities including a variety of score functions and filtering tools that can be used to guide and refine docking results towards desired configurations.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29502.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29502.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.885 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.257
最小 - 最大-1.1822803 - 1.5615345
平均 (標準偏差)0.0015904247 (±0.0476506)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 336.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_29502_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer

ファイルemd_29502_additional_2.map
注釈DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_29502_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_29502_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : O43-rpxdock-EK1

全体名称: O43-rpxdock-EK1
要素
  • 複合体: O43-rpxdock-EK1
    • タンパク質・ペプチド: O43-rpxdoc-EK1_A
    • タンパク質・ペプチド: O43-rpxdoc-EK1_B

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超分子 #1: O43-rpxdock-EK1

超分子名称: O43-rpxdock-EK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: O43-rpxdoc-EK1_A

分子名称: O43-rpxdoc-EK1_A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 26.624115 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EEAELAYLLG ELAYKLGEYR IAIRAYRIAL KRDPNNAEAW YNLGNAYTKQ GDYDEAIEYY LRALVLDPNN AEAATNLGQA YMNQGDKDR AKLMLLLALK LDPNNDSARV ILGVAKVGIE ELAKLASQAQ QEGDSEKQKA IELAAEAARV AQEVGDPELE K LALEAARR ...文字列:
EEAELAYLLG ELAYKLGEYR IAIRAYRIAL KRDPNNAEAW YNLGNAYTKQ GDYDEAIEYY LRALVLDPNN AEAATNLGQA YMNQGDKDR AKLMLLLALK LDPNNDSARV ILGVAKVGIE ELAKLASQAQ QEGDSEKQKA IELAAEAARV AQEVGDPELE K LALEAARR GDSEKAKAIL LAAEAARVAK EVGDPELIKL ALEAARRGDS EKARAILEAA ERAREAKERG DPEQIKKARE LA KR

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分子 #2: O43-rpxdoc-EK1_B

分子名称: O43-rpxdoc-EK1_B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.268709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DVSALAYVML GLLLSLLNRL SLAAEAYKKA IELDPNDALA WLLLGSVLEK LKRLDEAAEA YKKAIELKPN DASAWKELGK VLEKLGRLD EAAEAYLIAI MLDPEDAEAA KELGKVLEKL GELEMAEEAY KLAIKLDPND

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 771134
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130778
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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