[日本語] English
万見
- EMDB-29497: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29497
タイトルChimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 3種
キーワードmTOR complex 1 (mTORC1) / Rag GTPase / Gtr GTPase / LAMTOR / GATOR1 / nutrient sensing / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR1 complex / aorta morphogenesis / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / cardiac muscle tissue development / negative regulation of TOR signaling / vacuolar membrane / ventricular septum development / negative regulation of kinase activity / roof of mouth development ...GATOR1 complex / aorta morphogenesis / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / cardiac muscle tissue development / negative regulation of TOR signaling / vacuolar membrane / ventricular septum development / negative regulation of kinase activity / roof of mouth development / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / small GTPase binding / リソソーム / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) ...: / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GATOR1 complex protein DEPDC5 / GATOR1 complex protein NPRL3 / GATOR1 complex protein NPRL2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Tettoni SD / Egri SB / Doxsey DD / Ouch C / Chang J / Song K / Xu C / Shen K
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
American Heart Association 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure of the Schizosaccharomyces pombe Gtr-Lam complex reveals evolutionary divergence of mTORC1-dependent amino acid sensing.
著者: Steven D Tettoni / Shawn B Egri / Dylan D Doxsey / Kristen Veinotte / Christna Ouch / Jeng-Yih Chang / Kangkang Song / Chen Xu / Kuang Shen /
要旨: mTORC1 is a protein kinase complex that controls cellular growth in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted toward mTORC1 via the Rag/Gtr GTPases and their upstream ...mTORC1 is a protein kinase complex that controls cellular growth in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted toward mTORC1 via the Rag/Gtr GTPases and their upstream regulators. An important regulator is LAMTOR, which localizes Rag/Gtr on the lysosomal/vacuole membrane. In human cells, LAMTOR consists of five subunits, but in yeast, only three or four. Currently, it is not known how variation of the subunit stoichiometry may affect its structural organization and biochemical properties. Here, we report a 3.1 Å-resolution structural model of the Gtr-Lam complex in Schizosaccharomyces pombe. We found that SpGtr shares conserved architecture as HsRag, but the intersubunit communication that coordinates nucleotide loading on the two subunits differs. In contrast, SpLam contains distinctive structural features, but its GTP-specific GEF activity toward SpGtr is evolutionarily conserved. Our results revealed unique evolutionary paths of the protein components of the mTORC1 pathway.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29497.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.82
最小 - 最大-2.1298623 - 4.844037
平均 (標準偏差)0.009177184 (±0.1254188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 315.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29497_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29497_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex

全体名称: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
要素
  • 複合体: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein DEPDC5
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein NPRL2
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein NPRL3
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein Gtr1
    • タンパク質・ペプチド: GTP-binding protein Gtr2
    • タンパク質・ペプチド: Schizosaccharomyces pombe LAM1, Human LAMTOR1 ortholog
    • タンパク質・ペプチド: Schizosaccharomyces pombe LAM2, Human LAMTOR2 ortholog
    • タンパク質・ペプチド: Schizosaccharomyces pombe LAM3, Human LAMTOR3 ortholog
    • タンパク質・ペプチド: Schizosaccharomyces pombe LAM4, Human LAMTOR5 ortholog
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDEフッ化アルミニウム
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex

超分子名称: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 420 KDa

+
分子 #1: GATOR complex protein DEPDC5

分子名称: GATOR complex protein DEPDC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 181.325828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRTTKVYKLV IHKKGFGGSD DELVVNPKVF PHIKLGDIVE IAHPNDEYSP LLLQVKSLKE DLQKETISVD QTVTQVFRLR PYQDVYVNV VDPKDVTLDL VELTFKDQYI GRGDMWRLKK SLVSTCAYIT QKVEFAGIRA QAGELWVKNE KVMCGYISED T RVVFRSTS ...文字列:
MRTTKVYKLV IHKKGFGGSD DELVVNPKVF PHIKLGDIVE IAHPNDEYSP LLLQVKSLKE DLQKETISVD QTVTQVFRLR PYQDVYVNV VDPKDVTLDL VELTFKDQYI GRGDMWRLKK SLVSTCAYIT QKVEFAGIRA QAGELWVKNE KVMCGYISED T RVVFRSTS AMVYIFIQMS CEMWDFDIYG DLYFEKAVNG FLADLFTKWK EKNCSHEVTV VLFSRTFYDA KSVDEFPEIN RA SIRQDHK GRFYEDFYKV VVQNERREEW TSLLVTIKKL FIQYPVLVRL EQAEGFPQGD NSTSAQGNYL EAINLSFNVF DKH YINRNF DRTGQMSVVI TPGVGVFEVD RLLMILTKQR MIDNGIGVDL VCMGEQPLHA VPLFKLHNRS APRDSRLGDD YNIP HWINH SFYTSKSQLF CNSFTPRIKL AGKKPASEKA KNGRDTSLGS PKESENALPI QVDYDAYDAQ VFRLPGPSRA QCLTT CRSV RERESHSRKS ASSCDVSSSP SLPSRTLPTE EVRSQASDDS SLGKSANILM IPHPHLHQYE VSSSLGYTST RDVLEN MME PPQRDSSAPG RFHVGSAESM LHVRPGGYTP QRALINPFAP SRMPMKLTSN RRRWMHTFPV GPSGEAIQIH HQTRQNM AE LQGSGQRDPT HSSAELLELA YHEAAGRHSN SPQPGDGMSF LNFSGTEELS VGLLSNSGAG MNPRTQNKDS LEDSVSTS P DPILTLSAPP VVPGFCCTVG VDWKSLTTPA CLPLTTDYFP DRQGLQNDYT EGCADLLPEA DIDRRDEDGV QMTAQQVFE EFICQRLMQG YQIIVQPKTQ KPNPAVPPPL SSSPLYSRGL VSRNRPEEED QYWLSMGRTF HKVTLKDKMI TVTRYLPKYP YESAQIHYT YSLCPSHSDS EFVSCWVEFS HERLEEYKWN YLDQYICSAG SEDFSLIESL KFWRTRFLLL PACVTATKRI T EGEAHCDI YGDRPRADED EWQLLDGFVR FVEGLNRIRR RHRSDRMMRK GTAMKGLQMT GPISTHSLES TAPPVGKKGT SA LSALLEM EASQKCLGEQ QAAVHGGKSS AQSAESSSVA MTPTYMDSPR KDGAFFMEFV RSPRTASSAF YPQVSVDQTA TPM LDGTSL GICTGQSMDR GNSQTFGNSQ NIGEQGYSST NSSDSSSQQL VASSLTSSST LTEILEAMKH PSTGVQLLSE QKGL SPYCF ISAEVVHWLV NHVEGIQTQA MAIDIMQKML EEQLITHASG EAWRTFIYGF YFYKIVTDKE PDRVAMQQPA TTWHT AGVD DFASFQRKWF EVAFVAEELV HSEIPAFLLP WLPSRPASYA SRHSSFSRSF GGRSQAAALL AATVPEQRTV TLDVDV NNR TDRLEWCSCY YHGNFSLNAA FEIKLHWMAV TAAVLFEMVQ GWHRKATSCG FLLVPVLEGP FALPSYLYGD PLRAQLF IP LNISCLLKEG SEHLFDSFEP ETYWDRMHLF QEAIAHRFGF VQDKYSASAF NFPAENKPQY IHVTGTVFLQ LPYSKRKF S GQQRRRRNST SSTNQNMFCE ERVGYNWAYN TMLTKTWRSS ATGDEKFADR LLKDFTDFCI NRDNRLVTFW TSCLEKMHA SAP

UniProtKB: GATOR1 complex protein DEPDC5

+
分子 #2: GATOR complex protein NPRL2

分子名称: GATOR complex protein NPRL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.799547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMGSGCRIEC IFFSEFHPTL GPKITYQVPE DFISRELFDT VQVYIITKPE LQNKLITVTA MEKKLIGCP VCIEHKKYSR NALLFNLGFV CDAQAKTCAL EPIVKKLAGY LTTLELESSF VSMEESKQKL VPIMTILLEE L NASGRCTL ...文字列:
MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMGSGCRIEC IFFSEFHPTL GPKITYQVPE DFISRELFDT VQVYIITKPE LQNKLITVTA MEKKLIGCP VCIEHKKYSR NALLFNLGFV CDAQAKTCAL EPIVKKLAGY LTTLELESSF VSMEESKQKL VPIMTILLEE L NASGRCTL PIDESNTIHL KVIEQRPDPP VAQEYDVPVF TKDKEDFFNS QWDLTTQQIL PYIDGFRHIQ KISAEADVEL NL VRIAIQN LLYYGVVTLV SILQYSNVYC PTPKVQDLVD DKSLQEACLS YVTKQGHKRA SLRDVFQLYC SLSPGTTVRD LIG RHPQQL QHVDERKLIQ FGLMKNLIRR LQKYPVRVTR EEQSHPARLY TGCHSYDEIC CKTGMSYHEL DERLENDPNI IICW K

UniProtKB: GATOR1 complex protein NPRL2

+
分子 #3: GATOR complex protein NPRL3

分子名称: GATOR complex protein NPRL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.769 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMRDNTSPIS VILVSSGSRG NKLLFRYPFQ RSQEHPASQT SKPRSRYAAS NTGDHADEQD GDSRFSDVI LATILATKSE MCGQKFELKI DNVRFVGHPT LLQHALGQIS KTDPSPKREA PTMILFNVVF ALRANADPSV I NCLHNLSR ...文字列:
MGYPYDVPDY ADLNGGGGGS TMRDNTSPIS VILVSSGSRG NKLLFRYPFQ RSQEHPASQT SKPRSRYAAS NTGDHADEQD GDSRFSDVI LATILATKSE MCGQKFELKI DNVRFVGHPT LLQHALGQIS KTDPSPKREA PTMILFNVVF ALRANADPSV I NCLHNLSR RIATVLQHEE RRCQYLTREA KLILALQDEV SAMADGNEGP QSPFHHILPK CKLARDLKEA YDSLCTSGVV RL HINSWLE VSFCLPHKIH YAASSLIPPE AIERSLKAIR PYHALLLLSD EKSLLGELPI DCSPALVRVI KTTSAVKNLQ QLA QDADLA LLQVFQLAAH LVYWGKAIII YPLCENNVYM LSPNASVCLY SPLAEQFSHQ FPSHDLPSVL AKFSLPVSLS EFRN PLAPA VQETQLIQMV VWMLQRRLLI QLHTYVCLMA SPSEEEPRPR EDDVPFTARV GGRSLSTPNA LSFGSPTSSD DMTLT SPSM DNSSAELLPS GDSPLNQRMT ENLLASLSEH ERAAILSVPA AQNPEDLRMF ARLLHYFRGR HHLEEIMYNE NTRRSQ LLM LFDKFRSVLV VTTHEDPVIA VFQALLP

UniProtKB: GATOR1 complex protein NPRL3

+
分子 #4: GTP-binding protein Gtr1

分子名称: GTP-binding protein Gtr1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 36.500449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRKKVLLMGR SGSGKSSMRS IVFSNYVAKD TRRLGATIDI EHSHVRFLGN LVLNLWDCGG QEAFMENYLS AQRDHIFRNV QVLIYVFDV ESREFERDLV TFRNCLEATV ANSPQARVFC LIHKMDLVQE DLRDLVFEER KAILLETSKD LETTCLATSI W DETLFKAW ...文字列:
MRKKVLLMGR SGSGKSSMRS IVFSNYVAKD TRRLGATIDI EHSHVRFLGN LVLNLWDCGG QEAFMENYLS AQRDHIFRNV QVLIYVFDV ESREFERDLV TFRNCLEATV ANSPQARVFC LIHKMDLVQE DLRDLVFEER KAILLETSKD LETTCLATSI W DETLFKAW SAIVYTLIPN TPTLESHLRE FAKAAEAAEV ILFERTTFLV ISSYSSESNP ATDAHRFEKI SNIVKQFKLS CS KMQAQFT TFELRGGNFS AFIVPYTEDT YILVVIADPE IESAVTLMNI QSARRFIEAS KSASDGIQLQ PGSGGSHHHH HHH H

+
分子 #5: GTP-binding protein Gtr2

分子名称: GTP-binding protein Gtr2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 35.547559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKPRKIILMG LRRSGKSSIQ KVVFYKMPPN ETLALESTSK LTQDHISSFI DFSVWDFPGQ VDVFDAAFDF ESIFTQVGAL IFVIDAQDD YLDALARLHV TVARVVTINP NICIEVFIHK VDGLSDEFKI DTQRDIQQRT QDELADIGLE NVPISFHLTS I FDHSIFEA ...文字列:
MKPRKIILMG LRRSGKSSIQ KVVFYKMPPN ETLALESTSK LTQDHISSFI DFSVWDFPGQ VDVFDAAFDF ESIFTQVGAL IFVIDAQDD YLDALARLHV TVARVVTINP NICIEVFIHK VDGLSDEFKI DTQRDIQQRT QDELADIGLE NVPISFHLTS I FDHSIFEA FSRVIQKLIP QLPTLENLLN IFCSNSLVEK AYLFDVLSKI YVATDSSPVD VQSYEICSDF IDVILDIGSI YG RSSQLKP GHSPEILDET SSVIRLSNDL VLFLREMNQY LALICIVRAD NFEKSGLIEY NVQCLQTAIQ SIFSPRT

+
分子 #6: Schizosaccharomyces pombe LAM1, Human LAMTOR1 ortholog

分子名称: Schizosaccharomyces pombe LAM1, Human LAMTOR1 ortholog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 43.686832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM ...文字列:
MSPILGYWKI KGLVQPTRLL LEYLEEKYEE HLYERDEGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKER AEISMLEGAV LDIRYGVSRI AYSKDFETLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL D VVLYMDPM CLDAFPKLVC FKKRIEAIPQ IDKYLKSSKY IAWPLQGWQA TFGGGDHPPK SDLVPRGSPN SSFLFNNSDD ID EQTPLLN NDGIQRTPPS AEADMSLRKR EEEEEWESKV YDVAKNKFID VFSLRLRTEA PQRDPRDNIY EEVLDQIDSL NLD PKYDVA KPTEQETEFI IRKLGVLIDD INNIKLSDKE IKGKMVINLS KVQPNITGSP S

+
分子 #7: Schizosaccharomyces pombe LAM2, Human LAMTOR2 ortholog

分子名称: Schizosaccharomyces pombe LAM2, Human LAMTOR2 ortholog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 19.830908 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SLEVLFQGPG SMIKPKKLSS LMKQAVEETV PSIMVFTTTG SLLAYVSFED PKDGLKRLDL AKRVRSIAAL AGNMYSLYT ATNPSPLVAE STDDVIAHQR DVLFETIIEF ERGKLLIAAI SIDGAEDKLY SKDPLLLGIV GTENAKEGMM Q IKSELLKE CITNELSTLG KPV

+
分子 #8: Schizosaccharomyces pombe LAM3, Human LAMTOR3 ortholog

分子名称: Schizosaccharomyces pombe LAM3, Human LAMTOR3 ortholog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.707468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSVSQQLSEL ASKEKTVLYV ADQNLEEVLC FPESTDRTTL VQLTDACLHA NELAKHLEFG KPLSITNQYS RGSCVLQIAK EKKDGSGMV VSTTIAAHNA LRGALKCSNA LDQVISQL

+
分子 #9: Schizosaccharomyces pombe LAM4, Human LAMTOR5 ortholog

分子名称: Schizosaccharomyces pombe LAM4, Human LAMTOR5 ortholog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.984198 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDSQLSENLL KCVNETYRGA MLVRNGLPIA TAGDVNAEEQ RVICEWNSNA VSEVLHLHDS NTKILIATKE SCVLGLIYRN T

+
分子 #10: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

+
分子 #11: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.7 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 659887

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る