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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2945 | |||||||||
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タイトル | Structure of lysozyme solved by MicroED to 2.9 A | |||||||||
マップデータ | Diffraction data phased by molecular replacement (PDB ID: 3J4G) | |||||||||
試料 |
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キーワード | lysozyme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi D / Nannenga BL / Iadanza MG / Gonen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: Three-dimensional electron crystallography of protein microcrystals. 著者: Dan Shi / Brent L Nannenga / Matthew G Iadanza / Tamir Gonen / 要旨: We demonstrate that it is feasible to determine high-resolution protein structures by electron crystallography of three-dimensional crystals in an electron cryo-microscope (CryoEM). Lysozyme ...We demonstrate that it is feasible to determine high-resolution protein structures by electron crystallography of three-dimensional crystals in an electron cryo-microscope (CryoEM). Lysozyme microcrystals were frozen on an electron microscopy grid, and electron diffraction data collected to 1.7 Å resolution. We developed a data collection protocol to collect a full-tilt series in electron diffraction to atomic resolution. A single tilt series contains up to 90 individual diffraction patterns collected from a single crystal with tilt angle increment of 0.1-1° and a total accumulated electron dose less than 10 electrons per angstrom squared. We indexed the data from three crystals and used them for structure determination of lysozyme by molecular replacement followed by crystallographic refinement to 2.9 Å resolution. This proof of principle paves the way for the implementation of a new technique, which we name 'MicroED', that may have wide applicability in structural biology. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01345.001. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2945.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2945-v30.xml emd-2945.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2945_3J4Gmask.png | 121.7 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_2945_sf.cif.gz | 46.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2945 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2945_validation.pdf.gz | 363.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2945_full_validation.pdf.gz | 362.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2945_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2945 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2945 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3j4gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Diffraction data phased by molecular replacement (PDB ID: 3J4G) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.713 Å / Y: 0.713 Å / Z: 0.685 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Hen egg white lysozyme
全体 | 名称: Hen egg white lysozyme |
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要素 |
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-超分子 #1000: Hen egg white lysozyme
超分子 | 名称: Hen egg white lysozyme / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 14.3 KDa |
-分子 #1: Lysozyme C
分子 | 名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hen egg white lysozyme / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) / 別称: Chicken / 組織: egg whites |
分子量 | 理論値: 14.3 KDa |
配列 | UniProtKB: Lysozyme C |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 200 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.5 詳細: 3.5M sodium chloride; 15% PEG 5,000; 50 mM sodium acetate |
グリッド | 詳細: glow discharged copper grid with holey carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot approximately 10 seconds before plunging |
詳細 | batch crystallization |
結晶化 | 詳細: batch crystallization |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 110 K / 平均: 100 K |
詳細 | selected area diffraction |
日付 | 2013年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 0.1 e/Å2 / カメラ長: 1500 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: -45 / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 77 Å / 単位格子 - B: 77 Å / 単位格子 - C: 37 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P 43 21 2 |