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- EMDB-29355: Structure of Agrobacterium tumefaciens bacteriophage Milano contr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29355
タイトルStructure of Agrobacterium tumefaciens bacteriophage Milano contracted tail-sheath
マップデータ
試料
  • ウイルス: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein
キーワードMyophage / redox trigger / VIRUS
機能・相同性Tail sheath protein
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium phage Milano (ファージ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sonani RR / Leiman PG / Wang F / Kreutzberger MAB / Sebastian A / Esteves NC / Kelly RJ / Scharf B / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: An extensive disulfide bond network prevents tail contraction in Agrobacterium tumefaciens phage Milano.
著者: Ravi R Sonani / Lee K Palmer / Nathaniel C Esteves / Abigail A Horton / Amanda L Sebastian / Rebecca J Kelly / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / William K Russell / Petr G Leiman / ...著者: Ravi R Sonani / Lee K Palmer / Nathaniel C Esteves / Abigail A Horton / Amanda L Sebastian / Rebecca J Kelly / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / William K Russell / Petr G Leiman / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: A contractile sheath and rigid tube assembly is a widespread apparatus used by bacteriophages, tailocins, and the bacterial type VI secretion system to penetrate cell membranes. In this mechanism, ...A contractile sheath and rigid tube assembly is a widespread apparatus used by bacteriophages, tailocins, and the bacterial type VI secretion system to penetrate cell membranes. In this mechanism, contraction of an external sheath powers the motion of an inner tube through the membrane. The structure, energetics, and mechanism of the machinery imply rigidity and straightness. The contractile tail of Agrobacterium tumefaciens bacteriophage Milano is flexible and bent to varying degrees, which sets it apart from other contractile tail-like systems. Here, we report structures of the Milano tail including the sheath-tube complex, baseplate, and putative receptor-binding proteins. The flexible-to-rigid transformation of the Milano tail upon contraction can be explained by unique electrostatic properties of the tail tube and sheath. All components of the Milano tail, including sheath subunits, are crosslinked by disulfides, some of which must be reduced for contraction to occur. The putative receptor-binding complex of Milano contains a tailspike, a tail fiber, and at least two small proteins that form a garland around the distal ends of the tailspikes and tail fibers. Despite being flagellotropic, Milano lacks thread-like tail filaments that can wrap around the flagellum, and is thus likely to employ a different binding mechanism.
履歴
登録2023年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.2937687 - 0.57843304
平均 (標準偏差)0.0025412755 (±0.036194146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29355_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29355_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Agrobacterium phage Milano

全体名称: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
要素
  • ウイルス: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Tail sheath protein

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超分子 #1: Agrobacterium phage Milano

超分子名称: Agrobacterium phage Milano / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2557550 / 生物種: Agrobacterium phage Milano / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)

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分子 #1: Tail sheath protein

分子名称: Tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 53.896094 KDa
配列文字列: MAQDALSDGF VRLCIDPSLN FFGEGCKILV EGQMTDDGSA TPDAVTCVTS ELDIIERFGQ GSVLTESLRK VFCTCKSGVS VYALPREDA AAGVKAVYTL TIAGPATTDG RVQLYMGEAE YAVDIGVDAG DTATDIAAAI VAAISPDFPY AATAAAGVIT L TARNAGTI ...文字列:
MAQDALSDGF VRLCIDPSLN FFGEGCKILV EGQMTDDGSA TPDAVTCVTS ELDIIERFGQ GSVLTESLRK VFCTCKSGVS VYALPREDA AAGVKAVYTL TIAGPATTDG RVQLYMGEAE YAVDIGVDAG DTATDIAAAI VAAISPDFPY AATAAAGVIT L TARNAGTI GNHLSVIYTN LGSCTSVTPE GVTVTFAQTT AGSVNPTPND YATVVNECCF AVYVLSSDDT DWQENLRDWI RS AWDCSKP QCFGHGYVFN KGTLGQVLAD GDNSAELSRL ALPTTYPVLP YLTNAAYGAL SACSTCNNPE LNIQGQTFGL LSC INMPES CTPGWTFGEV TQLQANGFVV SGPSTTSGQG NYTSPYIYND VTNYLRDEKN RPNATFRDAS SRRLAAATGV ALAE FLQQF NGLAVFTKNT NIRTGIIGTN PRLMLGKIRK WAQDNVGTLF SEFDNINEDI QLLTDFEVQP KCVGQPGIFH LNMRY RPPV RGARINVNMA PALFDNCDR

UniProtKB: Tail sheath protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 23.93 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -30.56 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160399
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8fop

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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