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- EMDB-29300: Mojiang virus F ectodomain in prefusion form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29300
タイトルMojiang virus F ectodomain in prefusion form
マップデータ
試料
  • 複合体: Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
キーワードF ectodomain / prefusion / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Mojiang virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Low YS / Isaacs A / Modhiran N / Watterson D
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GA82108 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and antigenicity of divergent Henipavirus fusion glycoproteins.
著者: Ariel Isaacs / Yu Shang Low / Kyle L Macauslane / Joy Seitanidou / Cassandra L Pegg / Stacey T M Cheung / Benjamin Liang / Connor A P Scott / Michael J Landsberg / Benjamin L Schulz / Keith J ...著者: Ariel Isaacs / Yu Shang Low / Kyle L Macauslane / Joy Seitanidou / Cassandra L Pegg / Stacey T M Cheung / Benjamin Liang / Connor A P Scott / Michael J Landsberg / Benjamin L Schulz / Keith J Chappell / Naphak Modhiran / Daniel Watterson /
要旨: In August 2022, a novel henipavirus (HNV) named Langya virus (LayV) was isolated from patients with severe pneumonic disease in China. This virus is closely related to Mòjiāng virus (MojV), and ...In August 2022, a novel henipavirus (HNV) named Langya virus (LayV) was isolated from patients with severe pneumonic disease in China. This virus is closely related to Mòjiāng virus (MojV), and both are divergent from the bat-borne HNV members, Nipah (NiV) and Hendra (HeV) viruses. The spillover of LayV is the first instance of a HNV zoonosis to humans outside of NiV and HeV, highlighting the continuing threat this genus poses to human health. In this work, we determine the prefusion structures of MojV and LayV F proteins via cryogenic electron microscopy to 2.66 and 3.37 Å, respectively. We show that despite sequence divergence from NiV, the F proteins adopt an overall similar structure but are antigenically distinct as they do not react to known antibodies or sera. Glycoproteomic analysis revealed that while LayV F is less glycosylated than NiV F, it contains a glycan that shields a site of vulnerability previously identified for NiV. These findings explain the distinct antigenic profile of LayV and MojV F, despite the extent to which they are otherwise structurally similar to NiV. Our results carry implications for broad-spectrum HNV vaccines and therapeutics, and indicate an antigenic, yet not structural, divergence from prototypical HNVs.
履歴
登録2022年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29300.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.21351932 - 0.47196475
平均 (標準偏差)0.0008025257 (±0.014833559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29300_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_29300_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29300_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29300_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form

全体名称: Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form
要素
  • 複合体: Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0

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超分子 #1: Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form

超分子名称: Mojiang virus F glycoprotein ectodomain in the prefusion form
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mojiang virus (ウイルス)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mojiang virus (ウイルス)
分子量理論値: 52.636922 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MALNKNMFSS LFLGYLLVYA TTVQSSIHYD SLSKVGVIKG LTYNYKIKGS PSTKLMVVKL IPNIDSVKNC TQKQYDEYKN LVRKALEPV KMAIDTMLNN VKSGNNKYRF AGAIMAGVAL GVATAATVTA GIALHRSNEN AQAIANMKSA IQNTNEAVKQ L QLANKQTL ...文字列:
MALNKNMFSS LFLGYLLVYA TTVQSSIHYD SLSKVGVIKG LTYNYKIKGS PSTKLMVVKL IPNIDSVKNC TQKQYDEYKN LVRKALEPV KMAIDTMLNN VKSGNNKYRF AGAIMAGVAL GVATAATVTA GIALHRSNEN AQAIANMKSA IQNTNEAVKQ L QLANKQTL AVIDTIRGEI NNNIIPVINQ LSCDTIGLSV GIRLTQYYSE IITAFGPALQ NPVNTRITIQ AISSVFNGNF DE LLKIMGY TSGDLYEILH SELIRGNIID VDVDAGYIAL EIEFPNLTLV PNAVVQELMP ISYNIDGDEW VTLVPRFVLT RTT LLSNID TSRCTITDSS VICDNDYALP MSHELIGCLQ GDTSKCAREK VVSSYVPKFA LSDGLVYANC LNTICRCMDT DTPI SQSLG ATVSLLDNKR CSVYQVGDVL ISVGSYLGDG EYNADNVELG PPIVIDKIDI GNQLAGINQT LQEAEDYIEK SEEFL KG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
詳細0.255% CHAPS added

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2543223
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ad initio reconstruction, maximum likelihood method
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 213754
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 87232 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 102.7
得られたモデル

PDB-8fmy:
Mojiang virus F ectodomain in prefusion form

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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