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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29299 | |||||||||
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タイトル | Langya virus F glycoprotein ectodomain in prefusion form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | F ectodomain / prefusion / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Langya virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Low YS / Isaacs A / Modhiran N / Watterson D | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure and antigenicity of divergent Henipavirus fusion glycoproteins. 著者: Ariel Isaacs / Yu Shang Low / Kyle L Macauslane / Joy Seitanidou / Cassandra L Pegg / Stacey T M Cheung / Benjamin Liang / Connor A P Scott / Michael J Landsberg / Benjamin L Schulz / Keith J ...著者: Ariel Isaacs / Yu Shang Low / Kyle L Macauslane / Joy Seitanidou / Cassandra L Pegg / Stacey T M Cheung / Benjamin Liang / Connor A P Scott / Michael J Landsberg / Benjamin L Schulz / Keith J Chappell / Naphak Modhiran / Daniel Watterson / 要旨: In August 2022, a novel henipavirus (HNV) named Langya virus (LayV) was isolated from patients with severe pneumonic disease in China. This virus is closely related to Mòjiāng virus (MojV), and ...In August 2022, a novel henipavirus (HNV) named Langya virus (LayV) was isolated from patients with severe pneumonic disease in China. This virus is closely related to Mòjiāng virus (MojV), and both are divergent from the bat-borne HNV members, Nipah (NiV) and Hendra (HeV) viruses. The spillover of LayV is the first instance of a HNV zoonosis to humans outside of NiV and HeV, highlighting the continuing threat this genus poses to human health. In this work, we determine the prefusion structures of MojV and LayV F proteins via cryogenic electron microscopy to 2.66 and 3.37 Å, respectively. We show that despite sequence divergence from NiV, the F proteins adopt an overall similar structure but are antigenically distinct as they do not react to known antibodies or sera. Glycoproteomic analysis revealed that while LayV F is less glycosylated than NiV F, it contains a glycan that shields a site of vulnerability previously identified for NiV. These findings explain the distinct antigenic profile of LayV and MojV F, despite the extent to which they are otherwise structurally similar to NiV. Our results carry implications for broad-spectrum HNV vaccines and therapeutics, and indicate an antigenic, yet not structural, divergence from prototypical HNVs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29299.map.gz | 32.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29299-v30.xml emd-29299.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29299_fsc.xml | 8.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29299.png | 41.2 KB | ||
マスクデータ | emd_29299_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29299_additional_1.map.gz emd_29299_half_map_1.map.gz emd_29299_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29299 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29299_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29299_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29299_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29299_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29299 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29299 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29299_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_29299_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29299_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29299_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Langya virus F ectodomain in prefusion form
全体 | 名称: Langya virus F ectodomain in prefusion form |
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要素 |
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-超分子 #1: Langya virus F ectodomain in prefusion form
超分子 | 名称: Langya virus F ectodomain in prefusion form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Langya virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Fusion glycoprotein
分子 | 名称: Fusion glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Langya virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.297793 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLAL NAMLDNVKSG NNKYRFAGAI MAGVALGVAT AATVTAGIAL HRSNENAQAI ANMKNAIQNT NEAVKQLQLA N KQTLAVID ...文字列: MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLAL NAMLDNVKSG NNKYRFAGAI MAGVALGVAT AATVTAGIAL HRSNENAQAI ANMKNAIQNT NEAVKQLQLA N KQTLAVID TIRGEINNNI IPVINQLSCD TIGLSVGIKL TQYYSEILTA FGPALQNPVN TRITIQAISS VFNRNFDELL KI MGYTSGD LYEILHSGLI RGNIIDVDVE AGYIALEIEF PNLTLVPNAV VQELMPISYN VDGDEWVTLV PRFVLTRTTL LSN IDTSRC TVTESSVICD NDYALPMSYE LIGCLQGDTS KCAREKVVSS YVPRFALSDG LVYANCLNTI CRCMDTDTPI SQSL GTTVS LLDNKKCLVY QVGDILISVG SYLGEGEYSA DNVELGPPVV IDKIDIGNQL AGINQTLQNA EDYIEKSEEF LKG |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | 0.255% CHAPS added |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 倍率(補正後): 60000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 25.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 88.4 / 当てはまり具合の基準: Molprobity |
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得られたモデル | PDB-8fmx: |