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万見
- EMDB-29083: CryoET tomogram of mitochondria in WT mouse neuron -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29083
タイトルCryoET tomogram of mitochondria in WT mouse neuron
マップデータRepresentative cryoET tomogram of neurite in primary neuron derived from WT mouse
試料
  • 細胞: WT mouse neuron
生物種Muridae (ネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wu GH / Galaz-Montoya JG / Gu Y / Mitchell PG / Wu C / Chiu W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)P01NS092525 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: CryoET reveals organelle phenotypes in huntington disease patient iPSC-derived and mouse primary neurons.
著者: Gong-Her Wu / Charlene Smith-Geater / Jesús G Galaz-Montoya / Yingli Gu / Sanket R Gupte / Ranen Aviner / Patrick G Mitchell / Joy Hsu / Ricardo Miramontes / Keona Q Wang / Nicolette R ...著者: Gong-Her Wu / Charlene Smith-Geater / Jesús G Galaz-Montoya / Yingli Gu / Sanket R Gupte / Ranen Aviner / Patrick G Mitchell / Joy Hsu / Ricardo Miramontes / Keona Q Wang / Nicolette R Geller / Cathy Hou / Cristina Danita / Lydia-Marie Joubert / Michael F Schmid / Serena Yeung / Judith Frydman / William Mobley / Chengbiao Wu / Leslie M Thompson / Wah Chiu /
要旨: Huntington's disease (HD) is caused by an expanded CAG repeat in the huntingtin gene, yielding a Huntingtin protein with an expanded polyglutamine tract. While experiments with patient-derived ...Huntington's disease (HD) is caused by an expanded CAG repeat in the huntingtin gene, yielding a Huntingtin protein with an expanded polyglutamine tract. While experiments with patient-derived induced pluripotent stem cells (iPSCs) can help understand disease, defining pathological biomarkers remains challenging. Here, we used cryogenic electron tomography to visualize neurites in HD patient iPSC-derived neurons with varying CAG repeats, and primary cortical neurons from BACHD, deltaN17-BACHD, and wild-type mice. In HD models, we discovered sheet aggregates in double membrane-bound organelles, and mitochondria with distorted cristae and enlarged granules, likely mitochondrial RNA granules. We used artificial intelligence to quantify mitochondrial granules, and proteomics experiments reveal differential protein content in isolated HD mitochondria. Knockdown of Protein Inhibitor of Activated STAT1 ameliorated aberrant phenotypes in iPSC- and BACHD neurons. We show that integrated ultrastructural and proteomic approaches may uncover early HD phenotypes to accelerate diagnostics and the development of targeted therapeutics for HD.
履歴
登録2022年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29083.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Representative cryoET tomogram of neurite in primary neuron derived from WT mouse
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.88 Å/pix.
x 256 pix.
= 3552.496 Å		13.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 14209.984 Å		13.88 Å/pix.
x 1024 pix.
= 14209.984 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.87694 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-3.0 - 3.0
平均 (標準偏差)0.009007172 (±0.7969636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-512-512-128
サイズ10241024256
Spacing10241024256
セルA: 14209.984 Å / B: 14209.984 Å / C: 3552.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : WT mouse neuron

全体名称: WT mouse neuron
要素
  • 細胞: WT mouse neuron

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超分子 #1: WT mouse neuron

超分子名称: WT mouse neuron / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Mitochondria in situ
由来(天然)生物種: Muridae (ネズミ) / 器官: Brain / 組織: Cortex

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Fisher Scientific / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 121 / 平均電子線量: 1.01 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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