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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29028 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas 1391-06-6) | |||||||||
マップデータ | Final map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / response to lipopolysaccharide / early endosome / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / chicken (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Newton TP / Zimanyi C / Kopylov M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas 1391-06-6) 著者: Newton TP / Zimanyi C / Kopylov M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29028.map.gz | 61.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29028-v30.xml emd-29028.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29028_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29028.png | 74.3 KB | ||
マスクデータ | emd_29028_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29028_half_map_1.map.gz emd_29028_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29028 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29028 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29028_validation.pdf.gz | 679 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29028_full_validation.pdf.gz | 678.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29028_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29028_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29028 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29028 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8feiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.674 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29028_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Final half map A
ファイル | emd_29028_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Final half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Final half map B
ファイル | emd_29028_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Final half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Conalbumin from chicken egg white
全体 | 名称: Conalbumin from chicken egg white |
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要素 |
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-超分子 #1: Conalbumin from chicken egg white
超分子 | 名称: Conalbumin from chicken egg white / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
-分子 #1: Ovotransferrin
分子 | 名称: Ovotransferrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: chicken (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 77.878531 KDa |
配列 | 文字列: MKLILCTVLS LGIAAVCFAA PPKSVIRWCT ISSPEEKKCN NLRDLTQQER ISLTCVQKAT YLDCIKAIAN NEADAISLDG GQAFEAGLA PYKLKPIAAE VYEHTEGSTT SYYAVAVVKK GTEFTVNDLQ GKTSCHTGLG RSAGWNIPIG TLLHRGAIEW E GIESGSVE ...文字列: MKLILCTVLS LGIAAVCFAA PPKSVIRWCT ISSPEEKKCN NLRDLTQQER ISLTCVQKAT YLDCIKAIAN NEADAISLDG GQAFEAGLA PYKLKPIAAE VYEHTEGSTT SYYAVAVVKK GTEFTVNDLQ GKTSCHTGLG RSAGWNIPIG TLLHRGAIEW E GIESGSVE QAVAKFFSAS CVPGATIEQK LCRQCKGDPK TKCARNAPYS GYSGAFHCLK DGKGDVAFVK HTTVNENAPD QK DEYELLC LDGSRQPVDN YKTCNWARVA AHAVVARDDN KVEDIWSFLS KAQSDFGVDT KSDFHLFGPP GKKDPVLKDL LFK DSAIML KRVPSLMDSQ LYLGFEYYSA IQSMRKDQLT PSPRENRIQW CAVGKDEKSK CDRWSVVSNG DVECTVVDET KDCI IKIMK GEADAVALDG GLVYTAGVCG LVPVMAERYD DESQCSKTDE RPASYFAVAV ARKDSNVNWN NLKGKKSCHT AVGRT AGWV IPMGLIHNRT GTCNFDEYFS EGCAPGSPPN SRLCQLCQGS GGIPPEKCVA SSHEKYFGYT GALRCLVEKG DVAFIQ HST VEENTGGKNK ADWAKNLQMD DFELLCTDGR RANVMDYREC NLAEVPTHAV VVRPEKANKI RDLLERQEKR FGVNGSE KS KFMMFESQNK DLLFKDLTKC LFKVREGTTY KEFLGDKFYT VISSLKTCNP SDILQMCSFL EGK |
-分子 #2: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.53 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |