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- EMDB-28981: Structure of the vertebrate augmin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28981
タイトルStructure of the vertebrate augmin complex
マップデータSharpened map of X laevis augmin
試料
  • 複合体: Augmin
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 8
キーワードmicrotubule / branching microtubule nucleation / spindle assembly / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


HAUS complex / mitotic spindle microtubule / microtubule minus-end binding / microtubule nucleation / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle pole / spindle ...HAUS complex / mitotic spindle microtubule / microtubule minus-end binding / microtubule nucleation / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle pole / spindle / microtubule binding / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 ...HAUS augmin-like complex subunit 2, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 7-like / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / HAUS augmin-like complex subunit 2 / HAUS augmin-like complex subunit 4, metazoa / HAUS complex subunit 5, metazoa / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 4 / HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin-like complex subunit 3, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 3 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
HAUS augmin-like complex subunit 5 / HAUS augmin-like complex subunit 1 / HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / Green fluorescent protein / HAUS augmin-like complex subunit 8 / HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / HAUS augmin-like complex subunit 3 / HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.88 Å
データ登録者Travis SM / Huang W / Zhang R / Petry S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM142149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138854 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM141100 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Integrated model of the vertebrate augmin complex.
著者: Sophie M Travis / Brian P Mahon / Wei Huang / Meisheng Ma / Michael J Rale / Jodi Kraus / Derek J Taylor / Rui Zhang / Sabine Petry /
要旨: Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high ...Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high fidelity, cells take advantage of branching microtubule nucleation, which rapidly amplifies microtubules during cell division. Branching microtubule nucleation relies on the hetero-octameric augmin complex, but lack of structure information about augmin has hindered understanding how it promotes branching. In this work, we combine cryo-electron microscopy, protein structural prediction, and visualization of fused bulky tags via negative stain electron microscopy to identify the location and orientation of each subunit within the augmin structure. Evolutionary analysis shows that augmin's structure is highly conserved across eukaryotes, and that augmin contains a previously unidentified microtubule binding site. Thus, our findings provide insight into the mechanism of branching microtubule nucleation.
履歴
登録2022年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of X laevis augmin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.161
最小 - 最大-0.7487022 - 1.2238625
平均 (標準偏差)-0.000103659186 (±0.01917534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ520520520
Spacing520520520
セルA=B=C: 712.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map A of X laevis augmin

ファイルemd_28981_half_map_1.map
注釈Half-map A of X laevis augmin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B of X laevis augmin

ファイルemd_28981_half_map_2.map
注釈Half-map B of X laevis augmin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Augmin

全体名称: Augmin
要素
  • 複合体: Augmin
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
    • タンパク質・ペプチド: HAUS augmin-like complex subunit 8

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超分子 #1: Augmin

超分子名称: Augmin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Peak octameric fraction following gel filtration
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Organelle: mitotic spindle / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 403 KDa

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分子 #1: HAUS augmin-like complex subunit 1

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 32.655621 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLEQDLK K AEEQCNFE ...文字列:
MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLEQDLK K AEEQCNFE KAKVEIRSQN MKKLKDKSEE YKYKIHAAKD QLSSAGMEEP LTHRSLVSLS ETLTELKAQS MAAKEKLNSY LD LAPNPSL VKVKIEEAKR ELKATEVELT TKVNMMEFVV PEPSKRRLK

UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 1

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分子 #2: HAUS augmin-like complex subunit 3

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 68.11225 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV ...文字列:
MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV NGVQTLMSFF STPETACELS SQPIFLSQLL LDKYLSLEEQ STAALTSFTK EHFFEGMSKF VEGSDENFQL VQ LNVNSFG EDGTTEDKCK EMMRLQLAYI CAKHKLIQMK AKSASLKVGL QWAENNASVV QDKASQKEEN LKVRITSLKN ETL QIENHT NSISNEKLPG LVRDNAQLLN MPIVKGDYDL QMAHQTSCSS RQDLVCDHLM KQKASFELLQ LGYELELRKH RDVY RELGS IVQELKESGD KLEERLTMLS DVNLLSASKP RSNIDSKDLT SHRLYQLLDG DNTQKLFRTY DGLESVAQKL SQDIA SMRD QLEVSEQEHS LLLSKLDSHL KELRDFMYPE GNTLMLTTPE LSGEFHQLGS QLEKLNHITV EILGDLQLKR KMLESN KLQ QIEKQLYVYF FQNEEQLKSI VGKLEAQTGG GSSA

UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 3

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分子 #3: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog

分子名称: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 41.256438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT ...文字列:
MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT FLSFHQPETD EEGDVLRAAK VLRLASTLED EKRRLQNEQE KHQEMRALLE KQQEIYPHVL LRCLSLLRQA AS ELRLRAQ SDIDRINAEY LEAKSNALFL KLRMEELQVL TDCYTPEKVL VHRQIRDTLE AGVKKEKQEL STSRQILSSY EFL GPEFEG LVQEYTRLKD KIKDNRWMLQ ELSKSLP

UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog

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分子 #4: HAUS augmin-like complex subunit 5

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 77.357281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA ...文字列:
MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA SQREVMFSAV DPDLSSSTFL EPEVLRDVRE VCKLRFKFLR SLHDDSISSS VHPGKEDLRS LSHQQWMSMA EK VWNTHTP NHILAALERL TLNSTQELKK LQFSQAADLS KGPSCQLKEF SEPITQSRSC NESTHLDPQE TLPSFHSLIQ EGW ANSVKV SSELRRVQSQ AQALSEHLAE RIQEIHKKLS DGSEVSVLTR AAFDAELRCV ILRGCRDALM QECRMLQEEA AGKK QEMKL LQQQQQNIQE ACLLLDKKQK HIQILIKGNS SSKSQIRRSS VEAQKYVQDK LLPWPQEIIQ ESQRLQDSIQ KEVKH FSAI CLPALLKVST DGFNLLPSRE LSINRMSNTH APYYGIFKGI YESVRLPLYK APESVLSHVA DMKKQLFFLR SQLSSR SEA ISKTQRALQK NTNPDTDALL KSLSDHYSLE LDEMVPKMQR LIQQCEKHQE YGKEVQATVM DWWEQPVQLC LPSEERG GL TLRQWRERWT VAVTALQRAT GSRS

UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 5

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分子 #5: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent ...

分子名称: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 53.505473 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA ...文字列:
MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA LMRMESLEAE MEEVTEQILT WREQQKTAFQ MNSDANSSCI TAQTSYLSIE NLHPVDMVSK GEELFTGVVP IL VELDGDV NGHKFSVSGE GEGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSAMPEGY VQE RTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGS VQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL KEFVTAAGIT LGMDELYKVD HHHHHHH

UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein

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分子 #6: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog

分子名称: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 50.927965 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPASGSTRGA EFMQSGSRPH LAWQREHMWL ALQGLGFESG AEAANAGKTL VHVTFGVNMF DKPNKDAFYV VFHFLFGKLD NVRCKEVFR YCWPPLDKKR DAEFRKACCE WLKKISDEVG AGFPQVVASI FLSPGGPKFV HLLYHFARYV MLQHIKRDAD A GNVFISEA ...文字列:
GPASGSTRGA EFMQSGSRPH LAWQREHMWL ALQGLGFESG AEAANAGKTL VHVTFGVNMF DKPNKDAFYV VFHFLFGKLD NVRCKEVFR YCWPPLDKKR DAEFRKACCE WLKKISDEVG AGFPQVVASI FLSPGGPKFV HLLYHFARYV MLQHIKRDAD A GNVFISEA LQSKIQDPQK ALARNKLARQ KYLKVLQKEN LVIEEYQRKA QLLIKQIRDM RSEHVALQNQ QKLAEKVDRK IS DKDENIQ KTRCMWNTIM QMLKEMEKEV DVVDAVVRGN IDQYCLDGTN ATLNIPNLLI SRIESEMHRL QMDNVYEAGK VNL ITVVQL LNEALKLVSG ERSLYDCKGV RLDLQYLHGK AKFESEVLTR LRNMRHKIKR EDLVSIEKII ADREREWERK WEKI LGKCP FSLLKGLNPA LELNPPMAPF SFDPASEEVL KSSVFCH

UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog

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分子 #7: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog

分子名称: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 39.379605 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ...文字列:
MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ECNPWPADFK PLLNAEESLQ KRATQSSKGK DMSNSVEALL EISSSLKALK EECVDLCSSV TDGDKVIQSL RL ALTDFHQ LTIAFNQIYA NEFQEHCGHP APHMSPMGPF FQFVHQSLST CFKELESIAQ FTETSENIVD VVRERHQSKE KWA GSTIST LCEKMKELRQ SYEAFQQSSL QD

UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog

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分子 #8: HAUS augmin-like complex subunit 8

分子名称: HAUS augmin-like complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 41.144852 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL ...文字列:
MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL LLTYLTIKMQ KNLFRLEEKA ERNLLLVNDQ KDQLQETIHM MKRDLTLLQR EERLRDLIEK QDEVLTPVVT SK DPFKDNY TTFATALDST RHQLAIKNIH ITGNRHRYLE ELQKHLAITK SLLEEIMPSH ASENAESFDT IKDLENIVLK TDE ELARSF RQILDLSFKV NKEISLQSQK AVEETCESAL VRQWYFDGSL P

UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 8

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 7.7
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES
100.0 mMKCl
5.0 mMEGTA
2.0 mMMgCl2
1.0 mMDTT
0.05 % (v/v)NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 10 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 8 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2350 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 39.903 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.105 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2046060
詳細: Template picks, trained on evenly-spaced templates from ab initio model
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2+220824) / 使用した粒子像数: 114000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2+220824)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2+220824)
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2+220824)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8fck:
Structure of the vertebrate augmin complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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