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万見- EMDB-28882: Cryo-EM structure of a Zinc-loaded D51A mutant of the YiiP-Fab complex -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28882 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Zinc-loaded D51A mutant of the YiiP-Fab complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 zinc efflux active transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Redondo ML / Hussein AK / Stokes DL | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Characterization of individual Zn2+ binding sites of YiiP 著者: Lopez-Redondo ML / Hussein AK / Stokes DL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28882.map.gz | 129.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28882-v30.xml emd-28882.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28882_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28882.png | 43.4 KB | ||
マスクデータ | emd_28882_msk_1.map | 137.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28882_half_map_1.map.gz emd_28882_half_map_2.map.gz | 127.3 MB 127.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28882 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28882_validation.pdf.gz | 672.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28882_full_validation.pdf.gz | 672.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28882_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28882_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28882 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.079 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28882_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28882_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28882_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : D51A Zinc-loaded YiiP-Fab complex
全体 | 名称: D51A Zinc-loaded YiiP-Fab complex |
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要素 |
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-超分子 #1: D51A Zinc-loaded YiiP-Fab complex
超分子 | 名称: D51A Zinc-loaded YiiP-Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 163.024 KDa |
-分子 #1: Cadmium and zinc efflux pump FieF
分子 | 名称: Cadmium and zinc efflux pump FieF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) / 株: MR-1 |
分子量 | 理論値: 32.441199 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTQTSQYDFW VKLASRASVA TALTLITIKL LAWLYSGSAS MLASLTDSFA ATLASIINFI AIRYAIVPAD HDHRYGHGKA EPLAALAQS AFIMGSAFLL LFYGGERLLN PSPVENATLG VVVSVVAIVL TLALVLLQKR ALAATNSTVV EADSLHYKSD L FLNAAVLL ...文字列: MTQTSQYDFW VKLASRASVA TALTLITIKL LAWLYSGSAS MLASLTDSFA ATLASIINFI AIRYAIVPAD HDHRYGHGKA EPLAALAQS AFIMGSAFLL LFYGGERLLN PSPVENATLG VVVSVVAIVL TLALVLLQKR ALAATNSTVV EADSLHYKSD L FLNAAVLL ALVLSQYGWW WADGLFAVLI ACYIGQQAFD LGYRSIQALL DRELDEDTRQ RIKLIAKEDP RVLGLHDLRT RQ AGKTVFI QFHLELDGNL SLNEAHSITD TTGLRVKAAF EDAEVIIHQD PVQVEPTTQ |
-分子 #2: Fab2r light chain
分子 | 名称: Fab2r light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.580242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQIWSWPLIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQIWSWPLIT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #3: Fab2r heavy chain
分子 | 名称: Fab2r heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.406352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TIYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASIYSSSGS TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARQSYSGLSP RRHWSYGAMD YWGQGTLVTV FNQIKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF TIYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASIYSSSGS TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARQSYSGLSP RRHWSYGAMD YWGQGTLVTV FNQIKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTHT |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa / 詳細: pelco easiGlow | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4058 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |