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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28815 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the S. cerevisiae chromatin remodeler Yta7 hexamer bound to nucleosome | |||||||||
マップデータ | EM map un sharpen and vop gaussian processed | |||||||||
試料 |
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キーワード | AAA+ ATPase / chromatin remodeler / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent histone chaperone activity / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / CENP-A containing chromatin assembly / nucleosome disassembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome, centromeric region / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / DNA-templated DNA replication / nucleosome assembly ...ATP-dependent histone chaperone activity / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / CENP-A containing chromatin assembly / nucleosome disassembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome, centromeric region / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / DNA-templated DNA replication / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Feng X / Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023 タイトル: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 ATPase hexamer contains a unique bromodomain tier that functions in nucleosome disassembly. 著者: Feng Wang / Xiang Feng / Qing He / Hua Li / Huilin Li / 要旨: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to ...The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to promote nucleosome disassembly for DNA replication or RNA transcription. By cryo-EM analysis, here we show that Yta7 assembles a three-tiered hexamer with a top BRD tier, a middle AAA1 tier, and a bottom AAA2 tier. Unexpectedly, the Yta7 BRD stabilizes a four-stranded β-helix, termed BRD-interacting motif (BIM), of the largely disordered N-terminal region. The BIM motif is unique to the baker's yeast, and we show both BRD and BIM contribute to nucleosome recognition. We found that Yta7 binds both acetylated and nonacetylated H3 peptides but with a higher affinity for the unmodified peptide. This property is consistent with the absence of key residues of canonical BRDs involved in acetylated peptide recognition and the role of Yta7 in general nucleosome remodeling. Interestingly, the BRD tier exists in a spiral and a flat-ring form on top of the Yta7 AAA+ hexamer. The spiral is likely in a nucleosome-searching mode because the bottom BRD blocks the entry to the AAA+ chamber. The flat ring may be in a nucleosome disassembly state because the entry is unblocked and the H3 peptide has entered the AAA+ chamber and is stabilized by the AAA1 pore loops 1 and 2. Indeed, we show that the BRD tier is a flat ring when bound to the nucleosome. Overall, our study sheds light on the nucleosome disassembly by Yta7. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28815.map.gz | 13.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28815-v30.xml emd-28815.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28815_fsc.xml | 5.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28815.png | 22.9 KB | ||
その他 | emd_28815_half_map_1.map.gz emd_28815_half_map_2.map.gz | 14.4 MB 14.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28815 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28815_validation.pdf.gz | 644.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28815_full_validation.pdf.gz | 643.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28815_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28815_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map un sharpen and vop gaussian processed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.312 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_28815_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_28815_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Yta7 and nucleosome complex
全体 | 名称: Yta7 and nucleosome complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Yta7 and nucleosome complex
超分子 | 名称: Yta7 and nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Gra-fix fractions that contain Yta7 and nucleosome |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 930 KDa |
-分子 #1: Yta7
分子 | 名称: Yta7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MARNLRNRRG SDVEDASNAK VGYETQIKDE NGIIHTTTRS LRKINYAEIE KVFDFLEDDQ VMDKDETPVD VTSDEHHNNN QKGDDEDDDV DLVSPHENAR TNEELTNERN LRKRKAHDPE EDDESFHEED VDDDEEEEEA DEFEDEYLDE DSKDNNRRRR AADRKFVVPD ...文字列: MARNLRNRRG SDVEDASNAK VGYETQIKDE NGIIHTTTRS LRKINYAEIE KVFDFLEDDQ VMDKDETPVD VTSDEHHNNN QKGDDEDDDV DLVSPHENAR TNEELTNERN LRKRKAHDPE EDDESFHEED VDDDEEEEEA DEFEDEYLDE DSKDNNRRRR AADRKFVVPD PDDDEEYDED DEEGDRISHS ASSKRLKRAN SRRTRSSRHP ETPPPVRRAL RSRTRHSRTS NEENDDENDN SRNEALTLAD EIRELQEDSP IREKRFLRER TKPVNYKLPP PLTASNAEEF IDKNNNALSF HNPSPARRGR GGWNASQNSG PTRRLFPTGG PFGGNDVTTI FGKNTNFYNQ VPSAFSDNNN NKLILDSDSS DDEILPLGVT PKTKKENTQK KKKKKPEIAD LDPLGVDMNV NFDDIGGLDN YIDQLKEMVA LPLLYPELYQ NFNITPPRGV LFHGPPGTGK TLMARALAAS CSSDERKITF FMRKGADILS KWVGEAERQL RLLFEEAKKH QPSIIFFDEI DGLAPVRSSK QEQIHASIVS TLLALMDGMD NRGQVIVIGA TNRPDAVDPA LRRPGRFDRE FYFPLPDVKA RFKILQIQTR KWSSPLSTNF IDKLAFLTKG YGGADLRSLC TEAALISIQR SFPQIYRSND KLLVDPSKIK VKVSDFMLAL KKIVPSSARS TGSSPQPLPE LIKPLLADQL NNLKNKLDYM LNIKDTTFQR NTSLLQNFID YEEYSGEEEE HDKYGGNEDT SSFRSYEFFE SMAESQICKP RLLINGPKGN GQQYVGAAIL NYLEEFNVQN LDLASLVSES SRTIEAAVVQ SFMEAKKRQP SVVFIPNLDI WINTIPENVI LVLSGLFRSL QSNEKILLLC LAENLDISEV KNGILSDFAF DKNIFQLHKP SKENITRYFS NLIELLKTKP SDIPMKKRRV KPLPELQKVT SNAAPTNFDE NGEPLSEKVV LRRKLKSFQH QDMRLKNVLK IKLSGLMDLF KNRYKRFRKP PIDDAFLVHL FEPETSNDPN WQPAYIKDEN MILEVSTGRK FFNMDLDIVE ERLWNGYYSE PKQFLKDIEL IYRDANTIGD RERVIKASEM FANAQMGIEE ISTPDFIQEC KATRQRDLER QELFLEDEEK RAAMELEAKE QSQENILQEP DLKDNKANEF GVAAGNQLQA QLQTTINTAS IVNNSEVPQP IDTNLYKKEI PAAIPSAVDK EKAVIPEDSG ANEEYTTELI QATCTSEITT DDDERARKEP KENEDSLQTQ VTEENFSKID ANTNNINHVK EIQSVNKPNS LHETVEKRER SPIPKEVVEP EQGKKSDKEL ILTPEQIKKV SACLIEHCQN FTVSQLEDVH SSVAKIIWKS KSAWDKTGTV DEIIKFLSE UniProtKB: ATPase histone chaperone YTA7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
詳細: Solution was made fresh and detergent was added to solve a preference orientation issue. | ||||||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3 seconds, blot force 3. | ||||||||||||||||||||||||
詳細 | The sample was a novel chromatin remodeler and an AAA+ ATPase. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 193.0 K / 最高: 193.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 詳細: A total of 75 frames was recorded for each micrograph stack. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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