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- EMDB-28807: Cryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28807
タイトルCryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8* antigen
マップデータCryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8* antigen
試料
  • 複合体: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein
    • タンパク質・ペプチド: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードRotavirus / VP8* / lumazine synthase / nanoparticle / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mangala Prasad V / Lee KK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2023
タイトル: mRNA-based VP8* nanoparticle vaccines against rotavirus are highly immunogenic in rodents.
著者: Sandro Roier / Vidya Mangala Prasad / Monica M McNeal / Kelly K Lee / Benjamin Petsch / Susanne Rauch /
要旨: Despite the availability of live-attenuated oral vaccines, rotavirus remains a major cause of severe childhood diarrhea worldwide. Due to the growing demand for parenteral rotavirus vaccines, we ...Despite the availability of live-attenuated oral vaccines, rotavirus remains a major cause of severe childhood diarrhea worldwide. Due to the growing demand for parenteral rotavirus vaccines, we developed mRNA-based vaccine candidates targeting the viral spike protein VP8*. Our monomeric P2 (universal T cell epitope)-VP8* mRNA design is equivalent to a protein vaccine currently in clinical development, while LS (lumazine synthase)-P2-VP8* was designed to form nanoparticles. Cyro-electron microscopy and western blotting-based data presented here suggest that proteins derived from LS-P2-VP8* mRNA are secreted in vitro and self-assemble into 60-mer nanoparticles displaying VP8*. mRNA encoded VP8* was immunogenic in rodents and introduced both humoral and cellular responses. LS-P2-VP8* induced superior humoral responses to P2-VP8* in guinea pigs, both as monovalent and trivalent vaccines, with encouraging responses detected against the most prevalent P genotypes. Overall, our data provide evidence that trivalent LS-P2-VP8* represents a promising mRNA-based next-generation rotavirus vaccine candidate.
履歴
登録2022年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28807.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8* antigen
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-6.2372518 - 17.690763
平均 (標準偏差)0.000000000003827 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map2

ファイルemd_28807_half_map_1.map
注釈Half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map

ファイルemd_28807_half_map_2.map
注釈Half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein

全体名称: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein
要素
  • 複合体: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein
    • タンパク質・ペプチド: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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超分子 #1: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein

超分子名称: Lumazine synthase nanoparticle linked to rotatvirus VP8* protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
分子量理論値: 2.7 MDa

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分子 #1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

分子名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5
分子量理論値: 16.728186 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MEIYEGKLTA EGLRFGIVAS RFNHALVDRL VEGAIDCIVR HGGREEDITL VRVPGSWEIP VAAGELARKE DIDAVIAIGV LIRGATPHF DYIASEVSKG LANLSLELRK PITFGVITAD TLEQAIERAG TKHGNKGWEA ALSAIEMANL FKSLR

UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate Buffer Saline
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細monodisperse sample in PBS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 284.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 135718 / 詳細: Automated particle picking
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3538

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1936
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Rigid body fitting followed by default Real space refinement in phenix with only rigid body fitting and occupancy refinement
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8f25:
Cryo-EM structure of Lumazine synthase nanoparticle linked to VP8* antigen

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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