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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28756 | |||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibody Fab 1C3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu X / Zyla D / Hastie KM / Saphire EO | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Potent Omicron-neutralizing antibodies isolated from a patient vaccinated 6 months before Omicron emergence. 著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth ...著者: Kathryn M Hastie / Xiaoying Yu / Fernanda Ana-Sosa-Batiz / Dawid S Zyla / Stephanie S Harkins / Chitra Hariharan / Hal Wasserman / Michelle A Zandonatti / Robyn Miller / Erin Maule / Kenneth Kim / Kristen M Valentine / Sujan Shresta / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly ...Therapeutic antibodies are an important tool in the arsenal against coronavirus infection. However, most antibodies developed early in the pandemic have lost most or all efficacy against newly emergent strains of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), particularly those of the Omicron lineage. Here, we report the identification of a panel of vaccinee-derived antibodies that have broad-spectrum neutralization activity. Structural and biochemical characterization of the three broadest-spectrum antibodies reveal complementary footprints and differing requirements for avidity to overcome variant-associated mutations in their binding footprints. In the K18 mouse model of infection, these three antibodies exhibit protective efficacy against BA.1 and BA.2 infection. This study highlights the resilience and vulnerabilities of SARS-CoV-2 antibodies and provides road maps for further development of broad-spectrum therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28756.map.gz | 123.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28756-v30.xml emd-28756.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28756_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28756.png | 41 KB | ||
その他 | emd_28756_half_map_1.map.gz emd_28756_half_map_2.map.gz | 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28756 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28756_validation.pdf.gz | 949 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28756_full_validation.pdf.gz | 948.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28756_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28756_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28756 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f0gMC 8e1gC 8f0hC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28756_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28756_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibo...
全体 | 名称: Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibody 1C3 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibo...
超分子 | 名称: Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike in complex with antibody 1C3 Fab タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Antibody 1C3 Fab Heavy Chain,Antibody 1C3 Fab Light Chain
超分子 | 名称: Antibody 1C3 Fab Heavy Chain,Antibody 1C3 Fab Light Chain タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Spike glycoprotein
超分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Antibody 1C3 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: Antibody 1C3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.718235 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLLESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQP PGKGLEWVSG SSWNSGSVVY ADSVKGRFTI SRDSAKNSLH LQMNSLRVE DTALYYCAKA VDPTRGSYSP DYGFDIWGQG TMVTVSS |
-分子 #2: Antibody 1C3 Fab Light Chain
分子 | 名称: Antibody 1C3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.554764 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DAIRMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSI SSYLNWYQQK PGKAPNLLIY AASSLESGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYSTPLTF GGGTKVEIK |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 134.224359 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MGVKVLFALI CIAVAEAQCV NLTTRTQLPP AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH VISGTNGTKR FDNPVLPFN DGVYFASIEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDHKNNK SWMESEFRVY S SANNCTFE ...文字列: MGVKVLFALI CIAVAEAQCV NLTTRTQLPP AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH VISGTNGTKR FDNPVLPFN DGVYFASIEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLDHKNNK SWMESEFRVY S SANNCTFE YVSQPFLMDL EGKQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP IIVREPEDLP QGFSALEPLV DLPIGINITR FQ TLLALHR SYLTPGDSSS GWTAGAAAYY VGYLQPRTFL LKYNENGTIT DAVDCALDPL SETKCTLKSF TVEKGIYQTS NFR VQPTES IVRFPNITNL CPFDEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNLAPFF TFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADS FVIRG DEVRQIAPGQ TGNIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNKLDSK VSGNYNYLYR LFRKSNLKPF ERDISTEIYQ AGNKP CNGV AGFNCYFPLR SYSFRPTYGV GHQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKKSTNL VKNKCVNFNF NGLKGTGVLT ESNKKF LPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQVAVLY QGVNCTEVPV AIHADQLTPT WRVYSTG SN VFQTRAGCLI GAEYVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTQTKSH GSASSVASQS IIAYTMSLGA ENSVAYSNNS IAIPTNFT I SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLKRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKYFGG FNFSQILPDP SKPSKRSPIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFKGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALLA GTITSGWTF GAGPALQIPF PMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN SAIGKIQDSL SSTPSALGKL QDVVNHNAQA L NTLVKQLS SKFGAISSVL NDIFSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KR VDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHFPREGVFV SNGTHWFVTQ RNFYEPQIIT TDN TFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLID LQELG KYEQ |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 18 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer pH 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: home-made GO grids with continues graphene oxide layer |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |