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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2873 | |||||||||
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タイトル | Negative stain electron microscopy asymmetric reconstruction of human minichromosome maintenance bound to a DNA substrate | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of hMCM bound DNA | |||||||||
試料 |
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キーワード | minichromosome maintenance / MCM2-7 / hMCM / DNA helicase / eukaryote | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hesketh EL / Parker-Manuel RP / Chaban Y / Satti R / Coverley D / Orlova EV / Chong JPJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015 タイトル: DNA induces conformational changes in a recombinant human minichromosome maintenance complex. 著者: Emma L Hesketh / Richard P Parker-Manuel / Yuriy Chaban / Rabab Satti / Dawn Coverley / Elena V Orlova / James P J Chong / 要旨: ATP-dependent DNA unwinding activity has been demonstrated for recombinant archaeal homohexameric minichromosome maintenance (MCM) complexes and their yeast heterohexameric counterparts, but in ...ATP-dependent DNA unwinding activity has been demonstrated for recombinant archaeal homohexameric minichromosome maintenance (MCM) complexes and their yeast heterohexameric counterparts, but in higher eukaryotes such as Drosophila, MCM-associated DNA helicase activity has been observed only in the context of a co-purified Cdc45-MCM-GINS complex. Here, we describe the production of the recombinant human MCM (hMCM) complex in Escherichia coli. This protein displays ATP hydrolysis activity and is capable of unwinding duplex DNA. Using single-particle asymmetric EM reconstruction, we demonstrate that recombinant hMCM forms a hexamer that undergoes a conformational change when bound to DNA. Recombinant hMCM produced without post-translational modifications is functional in vitro and provides an important tool for biochemical reconstitution of the human replicative helicase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2873.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2873-v30.xml emd-2873.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 4.tif | 187.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2873 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2873_validation.pdf.gz | 189.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2873_full_validation.pdf.gz | 188.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2873_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2873 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of hMCM bound DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a ...
全体 | 名称: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate |
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要素 |
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-超分子 #1000: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a ...
超分子 | 名称: Recombinant human mini chromosome maintenance complex bound to a DNA substrate タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterohexamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 567 KDa |
-分子 #1: human minichromosome maintenance (2-7) complex
分子 | 名称: human minichromosome maintenance (2-7) complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hMCM, MCM2-7 / コピー数: 1 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 567 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pET-32, PCDF-2, pRSF-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.999 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 25 mM HEPES pH 8, 200 mM sodium glutamate, 1 mM DTT, 0.1 mM AEBSF |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Stained with methylamine tungstate, pH 7 |
グリッド | 詳細: Carbon coated grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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日付 | 2012年5月10日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 72 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 67000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
詳細 | Particles were selected using Boxer |
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CTF補正 | 詳細: EACH MICROGRAPH |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 1550 |
最終 2次元分類 | クラス数: 155 |