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万見
- EMDB-28681: Single-Molecule 3D Image of 16 Helix RNA Origami Satellite by Ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28681
タイトルSingle-Molecule 3D Image of 16 Helix RNA Origami Satellite by Individual Particle Electron Tomography (No. 13)
マップデータ3D Image of 16 Helix RNA Origami Satellite by Individual Particle Electron Tomography (No. 13)
試料
  • 複合体: 16 Helix RNA origami satellite
    • RNA: 16 Helix RNA origami satellite
キーワードRNA / origami / Individual Particle Electron Tomography / Single-Molecule 3D Image
生物種unidentified (未定義)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Liu J / Ren G
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042667 米国
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023
タイトル: Structure, folding and flexibility of co-transcriptional RNA origami.
著者: Ewan K S McRae / Helena Østergaard Rasmussen / Jianfang Liu / Andreas Bøggild / Michael T A Nguyen / Nestor Sampedro Vallina / Thomas Boesen / Jan Skov Pedersen / Gang Ren / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen /
要旨: RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the ...RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the method further, an improved understanding of RNA structural properties and folding principles is required. Here we use cryogenic electron microscopy to study RNA origami sheets and bundles at sub-nanometre resolution revealing structural parameters of kissing-loop and crossover motifs, which are used to improve designs. In RNA bundle designs, we discover a kinetic folding trap that forms during folding and is only released after 10 h. Exploration of the conformational landscape of several RNA designs reveal the flexibility of helices and structural motifs. Finally, sheets and bundles are combined to construct a multidomain satellite shape, which is characterized by individual-particle cryo-electron tomography to reveal the domain flexibility. Together, the study provides a structural basis for future improvements to the design cycle of genetically encoded RNA nanodevices.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28681.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Image of 16 Helix RNA Origami Satellite by Individual Particle Electron Tomography (No. 13)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 537.6 Å		2.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 537.6 Å		2.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 537.6 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.633494 - 3.5346315
平均 (標準偏差)0.026483929 (±0.18055138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 16 Helix RNA origami satellite

全体名称: 16 Helix RNA origami satellite
要素
  • 複合体: 16 Helix RNA origami satellite
    • RNA: 16 Helix RNA origami satellite

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超分子 #1: 16 Helix RNA origami satellite

超分子名称: 16 Helix RNA origami satellite / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In vitro purified RNA.
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 590 KDa

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分子 #1: 16 Helix RNA origami satellite

分子名称: 16 Helix RNA origami satellite / タイプ: rna / ID: 1
配列文字列: GGAACAAGCA UAACCCGUCC AGGUUCUCAA GACCAAAGAG AACUUGGACC UAUAGUCGGC GUCUACCCGU GUCGCCACGG GUGGACGCCG GCUAUAGGCU UCCCUUUCAU CGCACCUCGC GUUCGCACGC GGGGUGCGCU GACGGUGGGG CUAGCGCCCC AUCGUCAGCC ...文字列:
GGAACAAGCA UAACCCGUCC AGGUUCUCAA GACCAAAGAG AACUUGGACC UAUAGUCGGC GUCUACCCGU GUCGCCACGG GUGGACGCCG GCUAUAGGCU UCCCUUUCAU CGCACCUCGC GUUCGCACGC GGGGUGCGCU GACGGUGGGG CUAGCGCCCC AUCGUCAGCC CUAUCCCGUU ACUUUACAGA GGUCCCGCGC AAUUUGUGGA CCUUGGCAGG UCCGCAAAUU GCGUGGGACG GUGCGGGGUU UCAUGGCUGA AACCUCGCAC CGUAAUAGCG GUGAUUAACG AGCUAGCGCU CGUUGAUCAC CCACUUCGGU AACUCAAGAA CCGGAGUGCG UUUGGAUCUU CAAUCCUAGA GAAGGUCCAA ACGGCUGUUA CCUCUGUGAA GUAACGACGC GUCACAAUGG ACUAGUGAUG CGUCGCACGC UACCCCAAAA CCAGAGGGGU GGCGUGCGGG GUAGGGAUGA AGGGGAAGCG GGUUGUGUUU GUUCCCAAAU ACCUUCUUCG GGCCUCUCUU CCAUGAUACU AUUGAUUAUU UCGCUUCUAA UAUACCCCGU AGUCUCCGGA CUACGCCCGA CGUCCGCGUC GGGGAGGGGC UAACAGACUA AGCUCCUCGG CCCGUAAUAC CGAAACGGGG UAAUACCCAC CCGCAGUUCC CGGGACUGUA AUCGGUAAAC AGUCGGCGCA AAGUCUGAGC GCCCUUACUC UUCGGAGUAA GCCGGCAGUA UACGUACUGC CCGAGGGUGC UCGUAUUUGU GCGCAAAUAC CGCAUAUGGU ACGCCAUAUG GGAGUGGUGA CUUUCGAGUC AUCACUCCCA CGUUUGAAGG AUGAACAAGC GUGCGCCCUU GAAAUCGUCA CAAGGGGAGC GCCCUCGGGG AAUUGCGGCG GUCACAAGAC GAUAGUGACG GCCCAAUCAU CCAGGGCCCC AACUCUACGG AGUUGGCGCU AGUCUUACGA GACUAGGUGG GUGUUACGUA UAUUGGAAGC GAGAUAAUCA AUGGUAUCCU GGUUAAUGGA GGAGAGGGGC GUUUUAUAGU GAAAGUCCAA CACUAUGAAA CCGGGCUCCG GGAUCAACUA GGAAGAUCUC GGAGCGGCGC AUUUUCUAUU CGCCUUCUCU UACAUAUCUA AAUACUCUUU UCUCGCGCUG GUAUCCGUAC CAGCCGGAUG AUACGUCAUC CGCAGCUGAG AAUAGGUGAC UCAGCUGGCG CGGAAAUCCU GUAUCCGCCU UACUUCCGCC UACGCUCUAG GCGUGGAUAA ACAGGAAAUC CACGACCCAA CACCUAAGGG UCGAGCAAUU CCGAUUGCUC GCCCUCGAAU ACGUUCGAGG CUGGCGUGCU GGGUGGUGUC CGCACCACCG GGAUCCUGUA CGCAGGAUCG GCGAGGAGGG UUUCGACCCU UCUCGCCGAG UGAAUAACUG UUGAAUUCGC UCCCCGUCCC AAGUCUUGAG GGACGCAGCA UGCCAGCUAG GGCGUAGCGG CCUUAACAAG ACAAAGGCGA GGUAACAACA GAACCUCCCC UGUCUGCGGA CAGGGCGGUU GCUCUCCGGA GCAACGCGGA GGUAAGGAGA GAAGAGUGUU UAGAUGUGUA AGAGGAGGCG CUUGAGAAAU AGAGAAUGCC AUAGCCGUAU GUAAAUUGGU CAUACAUAUG GCUAUGGGUC UGCAGUUACG ACUGCGGACC GCCCUGAUGU AGGUACGCCU AUAUCAGCCG GGCUGCUCCG UACGCGGAGU AGCCGCCGUC GGGUGGCUAC GGCCAUCCGA CCCCGCAGUC AUGAUUCGUC AUGGCUGCCA GACGUGCGGA UUACGAUCCG UACGUCUGGA AGGAGGUGUU UG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHEPES
5.0 mMMgCl2MgCl2
100.0 mMKClKCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細In vitro transcribed RNA was purified by size exclusion chromatography and spin concentrated in amicon spin columns.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 6.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Motion correction of the multi-frame movie was conducted by MotionCor2. The tilt series of whole micrographs were initial aligned by IMOD. Additionally, to reduce the image noise, tilt series were further conducted by a machine learning, a median-filter process and a contrast enhancement method.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET
詳細: The targeted images of individual particle were reconstructed by Individual-Particle Electron Tomography (IPET). To reduce the missing-wedge artifact caused by the limited tilt angle range, ...詳細: The targeted images of individual particle were reconstructed by Individual-Particle Electron Tomography (IPET). To reduce the missing-wedge artifact caused by the limited tilt angle range, the final 3D map was submitted to a low-tilt tomographic 3D reconstruction method (LoTToR). IPET 3D map was low-pass filtered to 6 nm, and displayed by Chimera with applied the hidden dust function.
使用した粒子像数: 11
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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