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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28650 | |||||||||
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タイトル | Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation (state 1) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Ahmed S / Zhao H / Dai Y / Lee CH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structural and functional insights into Spns2-mediated transport of sphingosine-1-phosphate. 著者: Hongwen Chen / Shahbaz Ahmed / Hongtu Zhao / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Yaxin Dai / Jae Hun Kim / Jeffrey G McDonald / Xiaochun Li / Chia-Hsueh Lee / 要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster homolog 2 (Spns2) is an S1P transporter that exports S1P to initiate lipid signaling cascades. Modulating Spns2 activity can be beneficial in treatments of cancer, inflammation, and immune diseases. However, the transport mechanism of Spns2 and its inhibition remain unclear. Here, we present six cryo-EM structures of human Spns2 in lipid nanodiscs, including two functionally relevant intermediate conformations that link the inward- and outward-facing states, to reveal the structural basis of the S1P transport cycle. Functional analyses suggest that Spns2 exports S1P via facilitated diffusion, a mechanism distinct from other MFS lipid transporters. Finally, we show that the Spns2 inhibitor 16d attenuates the transport activity by locking Spns2 in the inward-facing state. Our work sheds light on Spns2-mediated S1P transport and aids the development of advanced Spns2 inhibitors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28650.map.gz | 203.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28650-v30.xml emd-28650.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28650.png | 60.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28650.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_28650_half_map_1.map.gz emd_28650_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28650 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28650_validation.pdf.gz | 931.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28650_full_validation.pdf.gz | 931.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28650_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28650_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28650 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.649 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28650_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28650_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation...
全体 | 名称: Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation (state 1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation...
超分子 | 名称: Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation (state 1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
分子 | 名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.896184 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EKRKAAAAIL SLGNVLNYLD RYTVAGVLLD IQQHFGVKDR GAGLLQSVFI CSFMVAAPIF GYLGDRFNRK VILSCGIFFW SAVTFSSSF IPQQYFWLLV LSRGLVGIGE ASYSTIAPTI IGDLFTKNTR TLMLSVFYFA IPLGSGLGYI TGSSVKQAAG D WHWALRVS ...文字列: EKRKAAAAIL SLGNVLNYLD RYTVAGVLLD IQQHFGVKDR GAGLLQSVFI CSFMVAAPIF GYLGDRFNRK VILSCGIFFW SAVTFSSSF IPQQYFWLLV LSRGLVGIGE ASYSTIAPTI IGDLFTKNTR TLMLSVFYFA IPLGSGLGYI TGSSVKQAAG D WHWALRVS PVLGMITGTL ILILVPATKR GHADQLGDQL KARTSWLRDM KALIRNRSYV FSSLATSAVS FATGALGMWI PL YLHRAQV VQKTAETCNS PPCGAKDSLI FGAITCFTGF LGVVTGAGAT RWCRLKTQRA DPLVCAVGML GSAIFICLIF VAA KSSIVG AYICIFVGET LLFSNWAITA DILMYVVIPT RRATAVALQS FTSHLLGDAG SPYLIGFISD LIRQSTKDSP LWEF LSLGY ALMLCPFVVV LGGMFFLATA LFFVSDRARA EQQVNQLAMP PASVKV UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 |
-分子 #2: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate
分子 | 名称: (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: S1P |
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分子量 | 理論値: 379.472 Da |
Chemical component information | ChemComp-S1P: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 842662 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |