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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cGMP bound truncated human CNGA3/CNGB3 channel in lipid nanodisc, closed state | |||||||||
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![]() | CNGA3 / CNGB3 / ligand-bound / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / axon initial segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection ...inorganic cation import across plasma membrane / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / axon initial segment / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium channel activity / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic cation transport / glial cell projection / response to magnesium ion / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cGMP binding / photoreceptor outer segment / transmembrane transporter complex / response to cAMP / visual perception / calcium channel activity / perikaryon / cadherin binding / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
![]() | Hu Z / Yang J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational trajectory of allosteric gating of the human cone photoreceptor cyclic nucleotide-gated channel. 著者: Zhengshan Hu / Xiangdong Zheng / Jian Yang / ![]() 要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce chemical signals into electrical signals in sensory receptors and neurons. They are activated by cGMP or cAMP, which bind to the cyclic nucleotide- ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels transduce chemical signals into electrical signals in sensory receptors and neurons. They are activated by cGMP or cAMP, which bind to the cyclic nucleotide-binding domain (CNBD) to open a gate located 50-60 Å away in the central cavity. Structures of closed and open vertebrate CNG channels have been solved, but the conformational landscape of this allosteric gating remains to be elucidated and enriched. Here, we report structures of the cGMP-activated human cone photoreceptor CNGA3/CNGB3 channel in closed, intermediate, pre-open and open states in detergent or lipid nanodisc, all with fully bound cGMP. The pre-open and open states are obtained only in the lipid nanodisc, suggesting a critical role of lipids in tuning the energetic landscape of CNGA3/CNGB3 activation. The different states exhibit subunit-unique, incremental and distinct conformational rearrangements that originate in the CNBD, propagate through the gating ring to the transmembrane domain, and gradually open the S6 cavity gate. Our work illustrates a spatial conformational-change wave of allosteric gating of a vertebrate CNG channel by its natural ligand and provides an expanded framework for studying CNG properties and channelopathy. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 109.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 187 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 107.5 MB 107.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 945.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 944.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ev8MC ![]() 8etpC ![]() 8eu3C ![]() 8eucC ![]() 8ev9C ![]() 8evaC ![]() 8evbC ![]() 8evcC ![]() 28620 ![]() 28621 C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28622_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28622_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Truncated human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel C...
全体 | 名称: Truncated human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3 in complex with cGMP in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Truncated human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel C...
超分子 | 名称: Truncated human cone photoreceptor heterotetrameric CNG channel CNGA3/CNGB3 in complex with cGMP in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel alpha-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 63.402836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKK TKKKDAIVVD PSSNLYYRWL TAIALPVFYN WYLLICRACF DELQSEYLML WLVLDYSADV LYVLDVLVRA RTGFLEQGL MVSDTNRLWQ HYKTTTQFKL DVLSLVPTDL AYLKVGTNYP EVRFNRLLKF SRLFEFFDRT ETRTNYPNMF R IGNLVLYI ...文字列: MDYKDDDDKK TKKKDAIVVD PSSNLYYRWL TAIALPVFYN WYLLICRACF DELQSEYLML WLVLDYSADV LYVLDVLVRA RTGFLEQGL MVSDTNRLWQ HYKTTTQFKL DVLSLVPTDL AYLKVGTNYP EVRFNRLLKF SRLFEFFDRT ETRTNYPNMF R IGNLVLYI LIIIHWNACI YFAISKFIGF GTDSWVYPNI SIPEHGRLSR KYIYSLYWST LTLTTIGETP PPVKDEEYLF VV VDFLVGV LIFATIVGNV GSMISNMNAS RAEFQAKIDS IKQYMQFRKV TKDLETRVIR WFDYLWANKK TVDEKEVLKS LPD KLKAEI AINVHLDTLK KVRIFQDCEA GLLVELVLKL RPTVFSPGDY ICKKGDIGKE MYIINEGKLA VVADDGVTQF VVLS DGSYF GEISILNIKG SKSGNRRTAN IRSIGYSDLF CLSKDDLMEA LTEYPEAKKA LEEKGRQILM KDNLIDEELA RAGAD PKDL EEKVEQLGSS LDTLQTRFAR LLAEYNATQM KMKQRLSQLE SQVKGGGDKP LADGEVPGDA TKTEDKQQ UniProtKB: Cyclic nucleotide-gated channel alpha-3 |
-分子 #2: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 84.637156 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKS GDLTTNPDPQ NAAEPTGTVP EQKEMDPGKE GPNSPQNKPP AAPVINEYAD AQLHNLVKRM RQRTALYKKK LVEGDLSSP EASPQTAKPT AVPPVKESDD KPTEHYYRLL WFKVKKMPLT EYLKRIKLPN SIDSYTDRLY LLWLLLVTLA Y NWNCCFIP ...文字列: MDYKDDDDKS GDLTTNPDPQ NAAEPTGTVP EQKEMDPGKE GPNSPQNKPP AAPVINEYAD AQLHNLVKRM RQRTALYKKK LVEGDLSSP EASPQTAKPT AVPPVKESDD KPTEHYYRLL WFKVKKMPLT EYLKRIKLPN SIDSYTDRLY LLWLLLVTLA Y NWNCCFIP LRLVFPYQTA DNIHYWLIAD IICDIIYLYD MLFIQPRLQF VRGGDIIVDS NELRKHYRTS TKFQLDVASI IP FDICYLF FGFNPMFRAN RMLKYTSFFE FNHHLESIMD KAYIYRVIRT TGYLLFILHI NACVYYWASN YEGIGTTRWV YDG EGNEYL RCYYWAVRTL ITIGGLPEPQ TLFEIVFQLL NFFSGVFVFS SLIGQMRDVI GAATANQNYF RACMDDTIAY MNNY SIPKL VQKRVRTWYE YTWDSQRMLD ESDLLKTLPT TVQLALAIDV NFSIISKVDL FKGCDTQMIY DMLLRLKSVL YLPGD FVCK KGEIGKEMYI IKHGEVQVLG GPDGTKVLVT LKAGSVFGEI SLLAAGGGNR RTANVVAHGF ANLLTLDKKT LQEILV HYP DSERILMKKA RVLLKQKAKT AEATPPRKDL ALLFPPKEET PKLFKTLLGG TGKASLARLL KLKREQAAQK KENSEGG EE EGKENEDKQK ENEDKQKENE DKGKENEDKD KGREPEEKPL DRPECTASPI AVEEEPHSVR RTVLPRGTSR QSLIISMA P SAEGGEEVLT IEVKEKAKQ UniProtKB: Cyclic nucleotide-gated channel beta-3 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: PCG |
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分子量 | 理論値: 345.205 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PCG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8.58 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.05 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |