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- EMDB-28608: Cryo-EM structure of CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P Env -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28608
タイトルCryo-EM structure of CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P Env
マップデータFull map used for model refinement. Calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
試料
  • 複合体: CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P
    • タンパク質・ペプチド: CH848 10.17DT SOSIP Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Wrapp D / Acharya P / Haynes BF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5UM1AI144371 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Stabilization of SOSIP Env Enhances Recombinant Ectodomain Durability and Yield.
著者: Daniel Wrapp / Zekun Mu / Bhishem Thakur / Katarzyna Janowska / Oluwatobi Ajayi / Maggie Barr / Robert Parks / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / Beatrice H Hahn / Priyamvada Acharya / ...著者: Daniel Wrapp / Zekun Mu / Bhishem Thakur / Katarzyna Janowska / Oluwatobi Ajayi / Maggie Barr / Robert Parks / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / Beatrice H Hahn / Priyamvada Acharya / Kevin O Saunders / Barton F Haynes /
要旨: The envelope glycoprotein (Env) is the main focus of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vaccine development due to its critical role in viral entry. Despite advances in protein engineering, ...The envelope glycoprotein (Env) is the main focus of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vaccine development due to its critical role in viral entry. Despite advances in protein engineering, many Env proteins remain recalcitrant to recombinant expression due to their inherent metastability, making biochemical and immunological experiments impractical or impossible. Here, we report a novel proline stabilization strategy to facilitate the production of prefusion Env trimers. This approach, termed "2P," works synergistically with previously described SOSIP mutations and dramatically increases the yield of recombinantly expressed Env ectodomains without altering the antigenic or conformational properties of near-native Env. We determined that the 2P mutations function by enhancing the durability of the prefusion conformation and that this stabilization strategy is broadly applicable to evolutionarily and antigenically diverse Env constructs. These findings provide a new Env stabilization platform to facilitate biochemical research and expand the number of Env variants that can be developed as future HIV-1 vaccine candidates. Recent estimates have placed the number of new human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infections at approximately 1.5 million per year, emphasizing the ongoing and urgent need for an effective vaccine. The envelope (Env) glycoprotein is the main focus of HIV-1 vaccine development, but, due to its inherent metastability, many Env variants are difficult to recombinantly express in the relatively large quantities that are required for biochemical studies and animal trials. Here, we describe a novel structure-based stabilization strategy that works synergistically with previously described SOSIP mutations to increase the yield of prefusion HIV-1 Env.
履歴
登録2022年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map used for model refinement. Calculated in cryoSPARC and sharpened using DeepEMhancer.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.016316876 - 2.0112488
平均 (標準偏差)0.0018591227 (±0.030748026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Full map calculated in cryoSPARC (unsharpened).

ファイルemd_28608_additional_1.map
注釈Full map calculated in cryoSPARC (unsharpened).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_28608_half_map_1.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_28608_half_map_2.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P

全体名称: CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P
要素
  • 複合体: CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P
    • タンパク質・ペプチド: CH848 10.17DT SOSIP Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P

超分子名称: CH848 10.17DT DS-SOSIP-2P / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Prefusion conformation of HIV-1 Env (homotrimer of gp120/gp41 heterodimers)
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 233 KDa

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分子 #1: CH848 10.17DT SOSIP Envelope glycoprotein gp160

分子名称: CH848 10.17DT SOSIP Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 77.69507 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DARAYEKEVH NVWATHACVP TDPSPQELVL GNVTENFNM WKNDMVDQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLICSDAT VKTGTVEEMK NCSFNTTTEI RDKEKKEYAL F YKPDIVPL ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DARAYEKEVH NVWATHACVP TDPSPQELVL GNVTENFNM WKNDMVDQMH EDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLICSDAT VKTGTVEEMK NCSFNTTTEI RDKEKKEYAL F YKPDIVPL SETNNTSEYR LINCNTSACT QACPKVTFEP IPIHYCAPAG YAILKCNDET FNGTGPCSNV STVQCTHGIR PV VSTQLLL NGSLAEKEIV IRSENLTNNA KIIIVHLHTP VEIVCTRPNN NTRKSVRIGP GQTFYATGDI IGDIKQAHCN ISE EKWNDT LQKVGIELQK HFPNKTIKYN QSAGGDMEIT THSFNCGGEF FYCNTSNLFN GTYNGTYIST NSSANSTSTI TLQC RIKQI INMWQGVGRC MYAPPIAGNI TCRSNITGLL LTRDGGTNSN ETETFRPAGG DMRDNWRSEL YKYKVVKIEP LGVAP TRCK RRVVGRRRRR RAVGIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARNLLSGIVQ QQSNLLRAPE AQQHLLKPPV WGIKQL QAR VLAVERYLRD QQLLGIWGCS GKLICCTNVP WNSSWSNRNL SEIWDNMTWL QWDKEISNYT QIIYGLLEES QNQQEKN EQ DLLALDGSLE VLFQGPGHHH HHHHHSAWSH PQFEKGGGSG GGGSGGSAWS HPQFEK

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.80 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
0.085 mMC24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
詳細: Glow discharged using an easiGlow Glow Discharge Cleaning System (PELCO).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111026
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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