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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28607 | ||||||||||||
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タイトル | Acheta domesticus segmented densovirus VP-ORF1 virus-like particle | ||||||||||||
マップデータ | Acheta domesticus segmented densovirus VP-ORF1 virus-like particle | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | parvovirus / densovirus / virus capsid / virion / insect virus / capsid / invertebrate / virus / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Solenopsis invicta-associated densovirus (ウイルス) / unclassified Densovirinae (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Penzes JJ / McKenna R / Tijssen P | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Bipartite genome and structural organization of the parvovirus Acheta domesticus segmented densovirus. 著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Emmanuel W Smith / Robert McKenna / Peter Tijssen / 要旨: Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression ...Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression cassettes within their genome. We report the discovery of a parvovirus with a bipartite genome, Acheta domesticus segmented densovirus (AdSDV), isolated from house crickets (Acheta domesticus), in which it is pathogenic. We found that the AdSDV harbors its NS and VP cassettes on two separate genome segments. Its vp segment acquired a phospholipase A2-encoding gene, vpORF3, via inter-subfamily recombination, coding for a non-structural protein. We showed that the AdSDV evolved a highly complex transcription profile in response to its multipartite replication strategy compared to its monopartite ancestors. Our structural and molecular examinations revealed that the AdSDV packages one genome segment per particle. The cryo-EM structures of two empty- and one full-capsid population (3.3, 3.1 and 2.3 Å resolution) reveal a genome packaging mechanism, which involves an elongated C-terminal tail of the VP, "pinning" the ssDNA genome to the capsid interior at the twofold symmetry axis. This mechanism fundamentally differs from the capsid-DNA interactions previously seen in parvoviruses. This study provides new insights on the mechanism behind ssDNA genome segmentation and on the plasticity of parvovirus biology. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28607.map.gz | 69.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28607-v30.xml emd-28607.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28607.png | 216.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28607.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28607 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28607_validation.pdf.gz | 544.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28607_full_validation.pdf.gz | 544.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28607_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28607_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28607 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 211 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Acheta domesticus segmented densovirus VP-ORF1 virus-like particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.049 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : unclassified Densovirinae
全体 | 名称: unclassified Densovirinae (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: unclassified Densovirinae
超分子 | 名称: unclassified Densovirinae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 185880 / 生物種: unclassified Densovirinae / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Acheta domesticus (昆虫) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 210.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Solenopsis invicta-associated densovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 36.291906 KDa |
組換発現 | 生物種: Acheta domesticus (昆虫) |
配列 | 文字列: EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP ...文字列: EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP TREKWCHTWD LDVLNHNYLW EPNNLDSQWT LIPGAQAVQP TATPIGPTYQ EIVIATKAIG ANESALVTTI QD RRSYPRL MLSQPQIKDE TDTMKFKYQI RISTELEMEH HIKPDIANPW LTRQTLPLPA LSGDGTTRYV PCVPYETHVS Q UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Recombinantly expressed by the Bac-to-Bac expression system, purified on a sucrose step gradient |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1700 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.57 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.5700000000000001 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |