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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28596 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with G2394 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | NLRP3 / NACHT / inhibitor / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / osmosensory signaling pathway ...molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / osmosensory signaling pathway / positive regulation of type 2 immune response / peptidoglycan binding / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / microtubule organizing center / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of acute inflammatory response / protein maturation / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ADP binding / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to virus / Metalloprotease DUBs / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Murray JM / Johnson MC | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J Med Chem / 年: 2022 タイトル: Overcoming Preclinical Safety Obstacles to Discover ()--((1,2,3,5,6,7-Hexahydro--indacen-4-yl)carbamoyl)-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5-pyrazolo[5,1-][1,3]oxazine-3-sulfonamide (GDC-2394) ...タイトル: Overcoming Preclinical Safety Obstacles to Discover ()--((1,2,3,5,6,7-Hexahydro--indacen-4-yl)carbamoyl)-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5-pyrazolo[5,1-][1,3]oxazine-3-sulfonamide (GDC-2394): A Potent and Selective NLRP3 Inhibitor. 著者: Christopher McBride / Lynnie Trzoss / Davide Povero / Milos Lazic / Geza Ambrus-Aikelin / Angelina Santini / Rama Pranadinata / Gretchen Bain / Ryan Stansfield / Jeffrey A Stafford / James ...著者: Christopher McBride / Lynnie Trzoss / Davide Povero / Milos Lazic / Geza Ambrus-Aikelin / Angelina Santini / Rama Pranadinata / Gretchen Bain / Ryan Stansfield / Jeffrey A Stafford / James Veal / Ryan Takahashi / Justin Ly / Shu Chen / Liling Liu / Marika Nespi / Robert Blake / Arna Katewa / Tracy Kleinheinz / Swathi Sujatha-Bhaskar / Nandhini Ramamoorthi / Jessica Sims / Brent McKenzie / Mark Chen / Mark Ultsch / Matthew Johnson / Jeremy Murray / Claudio Ciferri / Steven T Staben / Michael J Townsend / Craig E Stivala / 要旨: Inappropriate activation of the NLRP3 inflammasome has been implicated in multiple inflammatory and autoimmune diseases. Herein, we aimed to develop novel NLRP3 inhibitors that could minimize the ...Inappropriate activation of the NLRP3 inflammasome has been implicated in multiple inflammatory and autoimmune diseases. Herein, we aimed to develop novel NLRP3 inhibitors that could minimize the risk of drug-induced liver injury. Lipophilic ligand efficiency was used as a guiding metric to identify a series of 6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-][1,3]oxazinesulfonylureas. A leading compound from this series was advanced into safety studies in cynomolgus monkeys, and renal toxicity, due to compound precipitation, was observed. To overcome this obstacle, we focused on improving the solubility of our compounds, specifically by introducing basic amine substituents into the scaffold. This led to the identification of GDC-2394, a potent and selective NLRP3 inhibitor, with an in vitro and in vivo safety profile suitable for advancement into human clinical trials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28596.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28596-v30.xml emd-28596.xml | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28596_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28596.png | 179.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28596.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_28596_half_map_1.map.gz emd_28596_half_map_2.map.gz | 8 MB 8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28596 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28596 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8etrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1093 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28596_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28596_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NLRP3 NACHT domain
全体 | 名称: NLRP3 NACHT domain |
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要素 |
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-超分子 #1: NLRP3 NACHT domain
超分子 | 名称: NLRP3 NACHT domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: NACHT domain only |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
分子 | 名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.38034 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: KDYRKKYRKY VRSRFQCIED RNARLGESVS LNKRYTRLRL IKEHRSQQER EQELLAIGKT KTCESPVSPI KMELLFDPDD EHSEPVHTV VFQGAAGIGK TILARKMMLD WASGTLYQDR FDYLFYIHCR EVSLVTQRSL GDLIMSCCPD PNPPIHKIVR K PSRILFLM ...文字列: KDYRKKYRKY VRSRFQCIED RNARLGESVS LNKRYTRLRL IKEHRSQQER EQELLAIGKT KTCESPVSPI KMELLFDPDD EHSEPVHTV VFQGAAGIGK TILARKMMLD WASGTLYQDR FDYLFYIHCR EVSLVTQRSL GDLIMSCCPD PNPPIHKIVR K PSRILFLM DGFDELQGAF DEHIGPLCTD WQKAERGDIL LSSLIRKKLL PEASLLITTR PVALEKLQHL LDHPRHVEIL GF SEAKRKE YFFKYFSDEA QARAAFSLIQ ENEVLFTMCF IPLVCWIVCT GLKQQMESGK SLAQTSKTTT AVYVFFLSSL LQP RGGSQE HGLCAHLWGL CSLAADGIWN QKILFEESDL RNHGLQKADV SAFLRMNLFQ KEVDCEKFYS FIHMTFQEFF AAMY YLLEE EKEGRTNVPG SRLKLPSRDV TVLLENYGKF EKGYLIFVVR FLFGLVNQER TSYLEKKLSC KISQQIRLEL LKWIE VKAK AKKLQIQPSQ LELFYCLYEM QEEDFVQRAM DYFPKIEINL STRMDHMVSS FCIENCHRV UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #4: (6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(me...
分子 | 名称: (6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-b][1,3]oxazine-3-sulfonamide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: WTN |
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分子量 | 理論値: 431.509 Da |
Chemical component information | ChemComp-WTN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 0.15M NaCl, 20mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM TCEP, 2.5mM ATP, 2mM MgCl2. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 25 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa 詳細: Holey gold grids (UltrAuFoil 25 nm R 1.2/1.3) were glow discharged for 20 seconds using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Pleasanton, CA, USA), and grids were blotted and plunge frozen in ...詳細: Holey gold grids (UltrAuFoil 25 nm R 1.2/1.3) were glow discharged for 20 seconds using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Pleasanton, CA, USA), and grids were blotted and plunge frozen in liquid ethane using a Vitrobot (ThermoFisher Scientific, Waltham, MA), operating at 4C, 100 relative humidity, blot force 7, and with a 4 second blot time. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III | |||||||||||||||
詳細 | mono disperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: SerialEM |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: Coot |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8etr: |