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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core | |||||||||
![]() | BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core - Main Map | |||||||||
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![]() | glycoprotein / BG505 / UFO / vaccine design / nanoparticle / protein design / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Antanasijevic A / Zhang YN / Zhu J / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single-component multilayered self-assembling protein nanoparticles presenting glycan-trimmed uncleaved prefusion optimized envelope trimmers as HIV-1 vaccine candidates. 著者: Yi-Nan Zhang / Jennifer Paynter / Aleksandar Antanasijevic / Joel D Allen / Mor Eldad / Yi-Zong Lee / Jeffrey Copps / Maddy L Newby / Linling He / Deborah Chavez / Pat Frost / Anna Goodroe / ...著者: Yi-Nan Zhang / Jennifer Paynter / Aleksandar Antanasijevic / Joel D Allen / Mor Eldad / Yi-Zong Lee / Jeffrey Copps / Maddy L Newby / Linling He / Deborah Chavez / Pat Frost / Anna Goodroe / John Dutton / Robert Lanford / Christopher Chen / Ian A Wilson / Max Crispin / Andrew B Ward / Jiang Zhu / ![]() ![]() 要旨: Uncleaved prefusion-optimized (UFO) design can stabilize diverse HIV-1 envelope glycoproteins (Envs). Single-component, self-assembling protein nanoparticles (1c-SApNP) can display 8 or 20 native- ...Uncleaved prefusion-optimized (UFO) design can stabilize diverse HIV-1 envelope glycoproteins (Envs). Single-component, self-assembling protein nanoparticles (1c-SApNP) can display 8 or 20 native-like Env trimers as vaccine candidates. We characterize the biophysical, structural, and antigenic properties of 1c-SApNPs that present the BG505 UFO trimer with wildtype and modified glycans. For 1c-SApNPs, glycan trimming improves recognition of the CD4 binding site without affecting broadly neutralizing antibodies (bNAbs) to major glycan epitopes. In mice, rabbits, and nonhuman primates, glycan trimming increases the frequency of vaccine responders (FVR) and steers antibody responses away from immunodominant glycan holes and glycan patches. The mechanism of vaccine-induced immunity is examined in mice. Compared with the UFO trimer, the multilayered E2p and I3-01v9 1c-SApNPs show 420 times longer retention in lymph node follicles, 20-32 times greater presentation on follicular dendritic cell dendrites, and up-to-4 times stronger germinal center reactions. These findings can inform future HIV-1 vaccine development. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 498.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 191 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 536.4 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 430.9 MB 429.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core - Main Map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with...
ファイル | emd_28540_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core - Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with...
ファイル | emd_28540_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core - Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinemen...
全体 | 名称: BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinemen...
超分子 | 名称: BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle reconstructed by focused refinement with a mask around the nanoparticle core タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The map was generated by focused refinement of the BG505 UFO-E2p-L4P nanoparticle dataset using a mask around the nanoparticle core (masking out the flexibly linked antigens). |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: BG505 UFO-E2p-L4P
分子 | 名称: BG505 UFO-E2p-L4P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 109.370852 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSRAEN LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYDT EKHNVWATHA CVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNITDDM RGELKNCSFN M TTELRDKK ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSRAEN LWVTVYYGVP VWKDAETTLF CASDAKAYDT EKHNVWATHA CVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNITDDM RGELKNCSFN M TTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY RLINCNTSAI TQACPKVSFE PIPIHYCAPA GFAILKCKDK KF NGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MIRSENITNN AKNILVQFNT PVQINCTRPN NNTRKSIRIG PGQ AFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHFGNNTIIR FANSSGGDLE VTTHSFNCGG EFFYCNTSGL FNST WISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAMYAPPIQ GVIRCVSNIT GLILTRDGGS TNSTTETFRP GGGDM RDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGGG GGSGGGGSAV GIGAVFLGFL GAAGSTMGAA SMTLTVQARN LLSGNP DWL PDMTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLGI WGCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQII YG LLEESQNQQE KNEQDLLALD ASGAAAKPAT TEGEFPETRE KMSGIRRAIA KAMVHSKHTA PHVTLMDEAD VTKLVAHR K KFKAIAAEKG IKLTFLPYVV KALVSALREY PVLNTSIDDE TEEIIQKHYY NIGIAADTDR GLLVPVIKHA DRKPIFALA QEINELAEKA RDGKLTPGEM KGASCTITNI GSAGGQWFTP VINHPEVAIL GIGRIAEKPI VRDGEIVAAP MLALSLSFDH RMIDGATAQ KALNHIKRLL SDPELLLMGG GGSFSEEQKK ALDLAFYFDR RLTPEWRRYL SQRLGLNEEQ IERWFRRKEQ Q IGWSHPQF EKGSAKFVAA WTLKAAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds.. | |||||||||
詳細 | The nanoparticle was expressed in ExpiCHO cells and purified using a combination of immuno-affinity chromatography and SEC. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-41 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2300 / 平均露光時間: 10.25 sec. / 平均電子線量: 50.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |