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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | FAM46C/BCCIPalpha/Nanobody complex | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA stabilization / negative regulation of cell differentiation / in utero embryonic development / centrosome / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Liu S / Chen H / Yin Y / Bai X / Zhang X | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Inhibition of FAM46/TENT5 activity by BCCIPα adopting a unique fold. 著者: Shun Liu / Hua Chen / Yan Yin / Defen Lu / Guoming Gao / Jie Li / Xiao-Chen Bai / Xuewu Zhang / ![]() 要旨: The FAM46 (also known as TENT5) proteins are noncanonical poly(A) polymerases (PAPs) implicated in regulating RNA stability. The regulatory mechanisms of FAM46 are poorly understood. Here, we report ...The FAM46 (also known as TENT5) proteins are noncanonical poly(A) polymerases (PAPs) implicated in regulating RNA stability. The regulatory mechanisms of FAM46 are poorly understood. Here, we report that the nuclear protein BCCIPα, but not the alternatively spliced isoform BCCIPβ, binds FAM46 and inhibits their PAP activity. Unexpectedly, our structures of the FAM46A/BCCIPα and FAM46C/BCCIPα complexes show that, despite sharing most of the sequence and differing only at the C-terminal portion, BCCIPα adopts a unique structure completely different from BCCIPβ. The distinct C-terminal segment of BCCIPα supports the adoption of the unique fold but does not directly interact with FAM46. The β sheets in BCCIPα and FAM46 pack side by side to form an extended β sheet. A helix-loop-helix segment in BCCIPα inserts into the active site cleft of FAM46, thereby inhibiting the PAP activity. Our results together show that the unique fold of BCCIPα underlies its interaction with and functional regulation of FAM46. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 57.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 22.3 MB 22.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 797 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 796.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eqbMC ![]() 8exeC ![]() 8exfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28536_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28536_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : the complex between FAM46C and BCCIPalpha
全体 | 名称: the complex between FAM46C and BCCIPalpha |
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要素 |
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-超分子 #1: the complex between FAM46C and BCCIPalpha
超分子 | 名称: the complex between FAM46C and BCCIPalpha / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Synthetic nanobody 1
分子 | 名称: Synthetic nanobody 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.719396 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPHMQVQLQE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG TISPRGVMGW YRQAPGKERE FVAAINYGGT TYYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC AVYYYINSQR KVLLYWGQGT QVTVSS |
-分子 #2: Terminal nucleotidyltransferase 5C
分子 | 名称: Terminal nucleotidyltransferase 5C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: polynucleotide adenylyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.533254 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPGAPSVLNW DQVSRLHEVL TEVVPIHGRG NFPTLEITLK DIVQTVRSRL EEAGIKVHDV RLNGSAAGHV LVKDNGLGCK DLDLIFHVA LPTEAEFQLV RDVVLCSLLN FLPEGVNKLK ISPVTLKEAY VQKLVKVCTD TDRWSLISLS NKNGKNVQLK F VDSIRRQF ...文字列: GPGAPSVLNW DQVSRLHEVL TEVVPIHGRG NFPTLEITLK DIVQTVRSRL EEAGIKVHDV RLNGSAAGHV LVKDNGLGCK DLDLIFHVA LPTEAEFQLV RDVVLCSLLN FLPEGVNKLK ISPVTLKEAY VQKLVKVCTD TDRWSLISLS NKNGKNVQLK F VDSIRRQF EFSVDSFQII LDSLLFFYDC SNNPISEHFH PTVIGES(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: Isoform 2 of BRCA2 and CDKN1A-interacting protein
分子 | 名称: Isoform 2 of BRCA2 and CDKN1A-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.190066 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPGAPDEVID EEVNIEFEAY SLSDNDYDGI KKLLQQLFLK APVNTAELTD LLIQQNHIGS VIKQTDVEVF GFISLLNLTE RKGTQCVEQ IQELVLRFCE KNCEKSMVEQ LDKFLNDTTK PVGLLLSERF INVPPQIALP MYQQLQKELA GAHRTNKPCG K CYFYLLIS ...文字列: GPGAPDEVID EEVNIEFEAY SLSDNDYDGI KKLLQQLFLK APVNTAELTD LLIQQNHIGS VIKQTDVEVF GFISLLNLTE RKGTQCVEQ IQELVLRFCE KNCEKSMVEQ LDKFLNDTTK PVGLLLSERF INVPPQIALP MYQQLQKELA GAHRTNKPCG K CYFYLLIS KTFVEAGKNN SAALMFANAE EEFFYEEQGK PEVLGGPDTR PVPIQHNGGS RGQVTALVSL KAGLIQSRST LS DFQGTFM TVGIALS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |