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万見
- EMDB-28523: Structure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28523
タイトルStructure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma) in complex with two antibodies
マップデータStructure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma) in complex with two antibodies
試料
  • 複合体: Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of antibodies REGN7257 and REGN9432
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: REGN7257 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7257 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN9432 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN9432 Fab light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway ...mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / interleukin-15-mediated signaling pathway / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of B cell differentiation / cytokine binding / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / Interleukin-7 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / gene expression / T cell differentiation in thymus / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / endosome / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Franklin MC / Romero Hernandez A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Blocking common γ chain cytokine signaling ameliorates T cell-mediated pathogenesis in disease models.
著者: Audrey Le Floc'h / Kirsten Nagashima / Dylan Birchard / George Scott / Li-Hong Ben / Dharani Ajithdoss / Kaitlyn Gayvert / Annabel Romero Hernandez / Olivier Herbin / Amanda Tay / Pamela ...著者: Audrey Le Floc'h / Kirsten Nagashima / Dylan Birchard / George Scott / Li-Hong Ben / Dharani Ajithdoss / Kaitlyn Gayvert / Annabel Romero Hernandez / Olivier Herbin / Amanda Tay / Pamela Farrales / Chandrashekhar K Korgaonkar / Hao Pan / Sweta Shah / Vishal Kamat / Ishita Chatterjee / Jon Popke / Adelekan Oyejide / Wei Keat Lim / Jee H Kim / Tammy Huang / Matthew Franklin / William Olson / Thomas Norton / Lorah Perlee / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Matthew A Sleeman / Jamie M Orengo /
要旨: The common γ chain (γc; IL-2RG) is a subunit of the interleukin (IL) receptors for the γc cytokines IL-2, IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, and IL-21. The lack of appropriate neutralizing antibodies ...The common γ chain (γc; IL-2RG) is a subunit of the interleukin (IL) receptors for the γc cytokines IL-2, IL-4, IL-7, IL-9, IL-15, and IL-21. The lack of appropriate neutralizing antibodies recognizing IL-2RG has made it difficult to thoroughly interrogate the role of γc cytokines in inflammatory and autoimmune disease settings. Here, we generated a γc cytokine receptor antibody, REGN7257, to determine whether γc cytokines might be targeted for T cell-mediated disease prevention and treatment. Biochemical, structural, and in vitro analysis showed that REGN7257 binds with high affinity to IL-2RG and potently blocks signaling of all γc cytokines. In nonhuman primates, REGN7257 efficiently suppressed T cells without affecting granulocytes, platelets, or red blood cells. Using REGN7257, we showed that γc cytokines drive T cell-mediated disease in mouse models of graft-versus-host disease (GVHD) and multiple sclerosis by affecting multiple aspects of the pathogenic response. We found that our xenogeneic GVHD mouse model recapitulates hallmarks of acute and chronic GVHD, with T cell expansion/infiltration into tissues and liver fibrosis, as well as hallmarks of immune aplastic anemia, with bone marrow aplasia and peripheral cytopenia. Our findings indicate that γc cytokines contribute to GVHD and aplastic anemia pathology by promoting these characteristic features. By demonstrating that broad inhibition of γc cytokine signaling with REGN7257 protects from immune-mediated disorders, our data provide evidence of γc cytokines as key drivers of pathogenic T cell responses, offering a potential strategy for the management of T cell-mediated diseases.
履歴
登録2022年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma) in complex with two antibodies
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.104
最小 - 最大-0.15274912 - 0.5845377
平均 (標準偏差)-0.00026405262 (±0.012225482)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_28523_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_28523_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of a...

全体名称: Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of antibodies REGN7257 and REGN9432
要素
  • 複合体: Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of antibodies REGN7257 and REGN9432
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: REGN7257 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN7257 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN9432 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: REGN9432 Fab light chain

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超分子 #1: Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of a...

超分子名称: Complex of IL2Rgamma extracellular domain with Fab fragments of antibodies REGN7257 and REGN9432
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Cytokine receptor common subunit gamma

分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.617098 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWNSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR ...文字列:
LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWNSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPFLFAL EA EQKLISE EDLGGEQKLI SEEDLHHHHH H

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分子 #2: REGN7257 Fab heavy chain

分子名称: REGN7257 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.607463 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFIFS SYEMHWVRQA PGKGLEWISY ISSSGTTIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LHMNSLRAE DTAVYYCTRA RITGTFDVFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFIFS SYEMHWVRQA PGKGLEWISY ISSSGTTIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LHMNSLRAE DTAVYYCTRA RITGTFDVFD IWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPCSRST SESTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TKTYTCNVDH KPSNTKVDKR VE

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分子 #3: REGN7257 Fab light chain

分子名称: REGN7257 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.541125 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKLLIFA ASNLQSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QNYNIPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIS SYLNWYQQKP GKAPKLLIFA ASNLQSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QNYNIPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: REGN9432 Fab heavy chain

分子名称: REGN9432 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.323006 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
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分子 #5: REGN9432 Fab light chain

分子名称: REGN9432 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.247803 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generation in CryoSparc
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 435563
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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