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万見
- EMDB-2845: 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lac... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2845
タイトル40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri
マップデータStructure of the Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
試料
  • 試料: Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
  • 複合体: 40S
  • タンパク質・ペプチド: eIF1
  • タンパク質・ペプチド: eIF1A
  • タンパク質・ペプチド: eIF3a
  • タンパク質・ペプチド: eIF3b
  • タンパク質・ペプチド: eIF3c
  • タンパク質・ペプチド: eIF3g
  • タンパク質・ペプチド: eIF3i
  • タンパク質・ペプチド: eIF3j
キーワードeIF3 / translation initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus ...: / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / : / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4C / ES31 / 40S ribosomal protein S0 / US3 / US4 / US5 / eIF1 / US7 / US8 / US9 ...Eukaryotic translation initiation factor 4C / ES31 / 40S ribosomal protein S0 / US3 / US4 / US5 / eIF1 / US7 / US8 / US9 / ES28 / US10 / US11 / US13 / US14 / US15 / US17 / Rack1 / US19 / 40S ribosomal protein S8 / ES19 / 40S ribosomal protein S12 / ES17 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S21 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S1 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S27 / ES10 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S24 / RPS23
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea kluyveri (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.47 Å
データ登録者Aylett CHS / Boehringer D / Erzberger JP / Schaefer T / Ban N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structure of a yeast 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex.
著者: Christopher H S Aylett / Daniel Boehringer / Jan P Erzberger / Tanja Schaefer / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic translation initiation requires cooperative assembly of a large protein complex at the 40S ribosomal subunit. We have resolved a budding yeast initiation complex by cryo-EM, allowing ...Eukaryotic translation initiation requires cooperative assembly of a large protein complex at the 40S ribosomal subunit. We have resolved a budding yeast initiation complex by cryo-EM, allowing placement of prior structures of eIF1, eIF1A, eIF3a, eIF3b and eIF3c. Our structure highlights differences in initiation-complex binding to the ribosome compared to that of mammalian eIF3, demonstrates a direct contact between eIF3j and eIF1A and reveals the network of interactions between eIF3 subunits.
履歴
登録2014年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年1月21日-
マップ公開2015年2月11日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4uer
  • 表面レベル: 0.015
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emdb-2845.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0193239 - 0.11476482
平均 (標準偏差)0.00174344 (±0.01196989)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 355.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.840355.840355.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0190.1150.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex

全体名称: Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
要素
  • 試料: Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
  • 複合体: 40S
  • タンパク質・ペプチド: eIF1
  • タンパク質・ペプチド: eIF1A
  • タンパク質・ペプチド: eIF3a
  • タンパク質・ペプチド: eIF3b
  • タンパク質・ペプチド: eIF3c
  • タンパク質・ペプチド: eIF3g
  • タンパク質・ペプチド: eIF3i
  • タンパク質・ペプチド: eIF3j

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超分子 #1000: Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex

超分子名称: Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j initiation complex
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 9
分子量理論値: 1.6 MDa

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超分子 #1: 40S

超分子名称: 40S / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: eIF1

分子名称: eIF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

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分子 #2: eIF1A

分子名称: eIF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

+
分子 #3: eIF3a

分子名称: eIF3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

+
分子 #4: eIF3b

分子名称: eIF3b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 90 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

+
分子 #5: eIF3c

分子名称: eIF3c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 90 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

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分子 #6: eIF3g

分子名称: eIF3g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

+
分子 #7: eIF3i

分子名称: eIF3i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

+
分子 #8: eIF3j

分子名称: eIF3j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類) / 細胞中の位置: Cytoplasmic
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 25 mM K-HEPES, 10 mM MgCl2, 75 mM KCl, 0.5 mM TCEP
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil R 2/2 holey carbon grids with a thin continuous carbon support film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: carbon floated on the sample prior to recovery onto the grid and flash-freezing.
手法: 5 seconds blotting before plunging.

+
電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2014年4月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 7200 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Single movie frame readout. 7 frames per exposure. 4 images per hole.
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
日付2014年7月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 8828 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: Single movie frame readout. 7 frames per exposure. Drift corrected in post-processing. 4 images per hole.
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細For full details see the supplemental materials and methods in the accompanying publication which provides processing details and the classification schema.
CTF補正詳細: By image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.47 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION, 1.2 / 使用した粒子像数: 27354

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u5b
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3u5g
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

4u1c

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

4u1d

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 5

初期モデルPDB ID:

4u1f

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 6

初期モデルPDB ID:

3ns6

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

+
原子モデル構築 7

初期モデルPDB ID:

4bpp
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-4uer:
40S-eIF1-eIF1A-eIF3-eIF3j translation initiation complex from Lachancea kluyveri

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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