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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28197 | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA | |||||||||
マップデータ | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Antibiotic / Thermorubin / cryo-EM / Ribosome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Rybak MY / Gagnon MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Insights into the molecular mechanism of translation inhibition by the ribosome-targeting antibiotic thermorubin. 著者: Madhura N Paranjpe / Valeria I Marina / Aleksandr A Grachev / Tinashe P Maviza / Olga A Tolicheva / Alena Paleskava / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Andrey L Konevega / Yury S Polikanov / ...著者: Madhura N Paranjpe / Valeria I Marina / Aleksandr A Grachev / Tinashe P Maviza / Olga A Tolicheva / Alena Paleskava / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Andrey L Konevega / Yury S Polikanov / Matthieu G Gagnon / 要旨: Thermorubin (THR) is an aromatic anthracenopyranone antibiotic active against both Gram-positive and Gram-negative bacteria. It is known to bind to the 70S ribosome at the intersubunit bridge B2a and ...Thermorubin (THR) is an aromatic anthracenopyranone antibiotic active against both Gram-positive and Gram-negative bacteria. It is known to bind to the 70S ribosome at the intersubunit bridge B2a and was thought to inhibit factor-dependent initiation of translation and obstruct the accommodation of tRNAs into the A site. Here, we show that thermorubin causes ribosomes to stall in vivo and in vitro at internal and termination codons, thereby allowing the ribosome to initiate protein synthesis and translate at least a few codons before stalling. Our biochemical data show that THR affects multiple steps of translation elongation with a significant impact on the binding stability of the tRNA in the A site, explaining premature cessation of translation. Our high-resolution crystal and cryo-EM structures of the 70S-THR complex show that THR can co-exist with P- and A-site tRNAs, explaining how ribosomes can elongate in the presence of the drug. Remarkable is the ability of THR to arrest ribosomes at the stop codons. Our data suggest that by causing structural re-arrangements in the decoding center, THR interferes with the accommodation of tRNAs or release factors into the ribosomal A site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28197.map.gz | 255.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28197-v30.xml emd-28197.xml | 79.6 KB 79.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28197.png | 210.3 KB | ||
マスクデータ | emd_28197_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28197.cif.gz | 15.4 KB | ||
その他 | emd_28197_additional_1.map.gz emd_28197_half_map_1.map.gz emd_28197_half_map_2.map.gz | 264.2 MB 475.1 MB 475.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28197 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28197_validation.pdf.gz | 1005.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28197_full_validation.pdf.gz | 1004.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28197_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28197_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28197 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28197 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ekcMC 8ekbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28197_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated...
ファイル | emd_28197_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA. Sharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated...
ファイル | emd_28197_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA. Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated...
ファイル | emd_28197_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-site tRNAfMet and aminoacylated A-site Phe-tRNA. Half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-...
+超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome bound to thermorubin, deacylated P-...
+分子 #1: 16S Ribosomal RNA
+分子 #22: A-site phenylalanine tRNA
+分子 #23: P-site initiator tRNA
+分子 #24: M-F-Stop mRNA
+分子 #25: 23S Ribosomal RNA
+分子 #26: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #27: 50S ribosomal protein L2
+分子 #28: 50S ribosomal protein L3
+分子 #29: 50S ribosomal protein L4
+分子 #30: 50S ribosomal protein L5
+分子 #31: 50S ribosomal protein L6
+分子 #32: 50S ribosomal protein L9
+分子 #33: 50S ribosomal protein L13
+分子 #34: 50S ribosomal protein L14
+分子 #35: 50S Ribosomal Protein L15
+分子 #36: 50S ribosomal protein L16
+分子 #37: 50S ribosomal protein L17
+分子 #38: 50S ribosomal protein L18
+分子 #39: 50S ribosomal protein L19
+分子 #40: 50S ribosomal protein L20
+分子 #41: Ribosomal protein L21
+分子 #42: 50S ribosomal protein L22
+分子 #43: 50S ribosomal protein L23
+分子 #44: 50S ribosomal protein L24
+分子 #45: 50S ribosomal protein L25
+分子 #46: 50S ribosomal protein L27
+分子 #47: 50S ribosomal protein L28
+分子 #48: 50S ribosomal protein L29
+分子 #49: 50S ribosomal protein L30
+分子 #50: 50S ribosomal protein L31
+分子 #51: 50S ribosomal protein L32
+分子 #52: 50S ribosomal protein L33
+分子 #53: 50S ribosomal protein L34
+分子 #54: 50S ribosomal protein L35
+分子 #55: 50S ribosomal protein L36
+分子 #56: MAGNESIUM ION
+分子 #57: Thermorubin
+分子 #58: PHENYLALANINE
+分子 #59: ZINC ION
+分子 #60: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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ソフトウェア | 名称: EPU (ver. 2.11.1) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10032 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |