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- EMDB-28176: Tail tip structure of Staphylococcus phage Andhra -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28176
タイトルTail tip structure of Staphylococcus phage Andhra
マップデータ
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: gp1, tail tip protein
    • タンパク質・ペプチド: gp10, tail tip lysin (spike)
キーワードphage tail / VIRUS
機能・相同性CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Peptidase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Kizziah JL / Hawkins NC / Dokland T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI156636 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure and host specificity of bacteriophage Andhra.
著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / Asma Hatoum-Aslan / Terje Dokland /
要旨: is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages ... is an opportunistic pathogen of the human skin, often associated with infections of implanted medical devices. Staphylococcal picoviruses are a group of strictly lytic, short-tailed bacteriophages with compact genomes that are attractive candidates for therapeutic use. Here, we report the structure of the complete virion of -infecting phage Andhra, determined using high-resolution cryo-electron microscopy, allowing atomic modeling of 11 capsid and tail proteins. The capsid is a = 4 icosahedron containing a unique stabilizing capsid lining protein. The tail includes 12 trimers of a unique receptor binding protein (RBP), a lytic protein that also serves to anchor the RBPs to the tail stem, and a hexameric tail knob that acts as a gatekeeper for DNA ejection. Using structure prediction with AlphaFold, we identified the two proteins that comprise the tail tip heterooctamer. Our findings elucidate critical features for virion assembly, host recognition, and penetration.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.328 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.048139088 - 0.07593109
平均 (標準偏差)0.000016834068 (±0.0032397346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 339.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28176_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28176_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage Andhra

全体名称: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: gp1, tail tip protein
    • タンパク質・ペプチド: gp10, tail tip lysin (spike)

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超分子 #1: Staphylococcus phage Andhra

超分子名称: Staphylococcus phage Andhra / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1 / NCBI-ID: 1958907 / 生物種: Staphylococcus phage Andhra / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

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分子 #1: gp10, tail tip lysin (spike)

分子名称: gp10, tail tip lysin (spike) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 51.675402 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列: MNDKEKIDKF IHSNLNDDFG LSVDDLVGKV KGIGRFSAWC GNSSTKIKQV LNAVKSIGVS PALFAAYEKN EGYNGSWGWL NHTSPQGNY LTDAQFVARK LVSQSRQAGT PSWIDAGNPV DFVPASVKRK GNYDFSHNMK NGKVGRAYIP LTAAATWAAY Y PEGLQASY ...文字列:
MNDKEKIDKF IHSNLNDDFG LSVDDLVGKV KGIGRFSAWC GNSSTKIKQV LNAVKSIGVS PALFAAYEKN EGYNGSWGWL NHTSPQGNY LTDAQFVARK LVSQSRQAGT PSWIDAGNPV DFVPASVKRK GNYDFSHNMK NGKVGRAYIP LTAAATWAAY Y PEGLQASY NRVQNYGNPF LDAANTILGW GGKIDGKGGS SSGSSSSSSG TSGGLDVVAR AFEEFLKKLQ DSMQWDLHSI GT DKFFSNQ MFTITKTYNN TYRLNMNQKL LDEMKDLISR IDGGSGNDTG ADDSDGDHGG KAGKSVAPNG KSGRKIGGNW TYS NLPQKY KDAIEVPKFD PKYLAGSPFV NTGDTGQCTE LTWAYMHQIW GKRQPAWDNQ VTNGQRVWVV YRNQGARVTH RPTV GYGFS SKPNYLQAML PGVGHTGVVV AVFKDGSFLT ANYNVPPYWA PSRVVEYALI DGVPENAGDN IMFFSGIK

UniProtKB: Peptidase

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分子 #2: gp1, tail tip protein

分子名称: gp1, tail tip protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
分子量理論値: 10.640743 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus phage Andhra (ファージ)
配列文字列:
VTNEKGQAYT EMLQLFNLLQ QWNDFYTAEN ANNLLVACQQ LLINYNEPVI KFINDENEDK SLLQYLAGDD GLAQWQFYKG FYNNYNVHI F

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98203
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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