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- EMDB-28154: cryo-EM structure of TMEM63B in LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28154
タイトルcryo-EM structure of TMEM63B in LMNG
マップデータ
試料
  • 複合体: TMEM63B purified protein in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 2
キーワードion channel / mechanosensitive / monomeric / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alveolar lamellar body membrane / surfactant secretion / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / exocytosis / sensory perception of sound / actin cytoskeleton / early endosome membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zheng W / Fu TM / Holt JR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01DC013521 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2023
タイトル: TMEM63 proteins function as monomeric high-threshold mechanosensitive ion channels.
著者: Wang Zheng / Shaun Rawson / Zhangfei Shen / Elakkiya Tamilselvan / Harper E Smith / Julia Halford / Chen Shen / Swetha E Murthy / Maximilian H Ulbrich / Marcos Sotomayor / Tian-Min Fu / Jeffrey R Holt /
要旨: OSCA/TMEM63s form mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively. OSCAs and related TMEM16s and transmembrane channel-like (TMC) proteins form homodimers with two pores. ...OSCA/TMEM63s form mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively. OSCAs and related TMEM16s and transmembrane channel-like (TMC) proteins form homodimers with two pores. Here, we uncover an unanticipated monomeric configuration of TMEM63 proteins. Structures of TMEM63A and TMEM63B (referred to as TMEM63s) revealed a single highly restricted pore. Functional analyses demonstrated that TMEM63s are bona fide mechanosensitive ion channels, characterized by small conductance and high thresholds. TMEM63s possess evolutionary variations in the intracellular linker IL2, which mediates dimerization in OSCAs. Replacement of OSCA1.2 IL2 with TMEM63A IL2 or mutations to key variable residues resulted in monomeric OSCA1.2 and MA currents with significantly higher thresholds. Structural analyses revealed substantial conformational differences in the mechano-sensing domain IL2 and gating helix TM6 between TMEM63s and OSCA1.2. Our studies reveal that mechanosensitivity in OSCA/TMEM63 channels is affected by oligomerization and suggest gating mechanisms that may be shared by OSCA/TMEM63, TMEM16, and TMC channels.
履歴
登録2022年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月23日-
マップ公開2023年8月23日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.163
最小 - 最大-1.0110935 - 1.3349612
平均 (標準偏差)0.0004001488 (±0.023876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28154_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28154_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMEM63B purified protein in LMNG

全体名称: TMEM63B purified protein in LMNG
要素
  • 複合体: TMEM63B purified protein in LMNG
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein 2

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超分子 #1: TMEM63B purified protein in LMNG

超分子名称: TMEM63B purified protein in LMNG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110 KDa

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分子 #1: CSC1-like protein 2

分子名称: CSC1-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.051203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPFLLATLG TTALNNSNPK DYCYSARIRS TVLQGLPFGG VPTVLALDFM CFLALLFLFS ILRKVAWDYG RLALVTDADR LRRQERDRV EQEYVASAMH GDSHDRYERL TSVSSSVDFD QRDNGFCSWL TAIFRIKDDE IRDKCGGDAV HYLSFQRHII G LLVVVGVL ...文字列:
MLPFLLATLG TTALNNSNPK DYCYSARIRS TVLQGLPFGG VPTVLALDFM CFLALLFLFS ILRKVAWDYG RLALVTDADR LRRQERDRV EQEYVASAMH GDSHDRYERL TSVSSSVDFD QRDNGFCSWL TAIFRIKDDE IRDKCGGDAV HYLSFQRHII G LLVVVGVL SVGIVLPVNF SGDLLENNAY SFGRTTIANL KSGNNLLWLH TSFAFLYLLL TVYSMRRHTS KMRYKEDDLV KR TLFINGI SKYAESEKIK KHFEEAYPNC TVLEARPCYN VARLMFLDAE RKKAERGKLY FTNLQSKENV PTMINPKPCG HLC CCVVRG CEQVEAIEYY TKLEQKLKED YKREKEKVNE KPLGMAFVTF HNETITAIIL KDFNVCKCQG CTCRGEPRPS SCSE SLHIS NWTVSYAPDP QNIYWEHLSI RGFIWWLRCL VINVVLFILL FFLTTPAIII TTMDKFNVTK PVEYLNNPII TQFFP TLLL WCFSALLPTI VYYSAFFEAH WTRSGENRTT MHKCYTFLIF MVLLLPSLGL SSLDLFFRWL FDKKFLAEAA IRFECV FLP DNGAFFVNYV IASAFIGNAM DLLRIPGLLM YMIRLCLARS AAERRNVKRH QAYEFQFGAA YAWMMCVFTV VMTYSIT CP IIVPFGLMYM LLKHLVDRYN LYYAYLPAKL DKKIHSGAVN QVVAAPILCL FWLLFFSTMR TGFLAPTSMF TFVVLVIT I VICLCHVCFG HFKYLSAHNY KIEHTETDTV DPRSNGRPPT AAAVPKSAKY IAQVLQDSEV DGDGDGAPGS SGDEPPSSS SQDEELLMPP DALTDTDFQS CEDSLIENEI HQTRLEVLFQ

UniProtKB: CSC1-like protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.8 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 198144
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8ehx:
cryo-EM structure of TMEM63B in LMNG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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