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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28140 | |||||||||
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タイトル | Toxoplasma gondii apical complex (non-stimulated) | |||||||||
マップデータ | Toxoplasma gondii apical complex (non-stimulated) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Toxoplasma gondii / apical complex / non-stimulated / CELL INVASION | |||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Segev-Zarko L / Sun SY / Chiu W / Boothroyd JC | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022 タイトル: Cryo-electron tomography with mixed-scale dense neural networks reveals key steps in deployment of invasion machinery. 著者: Li-Av Segev-Zarko / Peter D Dahlberg / Stella Y Sun / Daniël M Pelt / Chi Yong Kim / Elizabeth S Egan / James A Sethian / Wah Chiu / John C Boothroyd / 要旨: Host cell invasion by intracellular, eukaryotic parasites within the phylum Apicomplexa is a remarkable and active process involving the coordinated action of apical organelles and other structures. ...Host cell invasion by intracellular, eukaryotic parasites within the phylum Apicomplexa is a remarkable and active process involving the coordinated action of apical organelles and other structures. To date, capturing how these structures interact during invasion has been difficult to observe in detail. Here, we used cryogenic electron tomography to image the apical complex of tachyzoites under conditions that mimic resting parasites and those primed to invade through stimulation with calcium ionophore. Through the application of mixed-scale dense networks for image processing, we developed a highly efficient pipeline for annotation of tomograms, enabling us to identify and extract densities of relevant subcellular organelles and accurately analyze features in 3-D. The results reveal a dramatic change in the shape of the anteriorly located apical vesicle upon its apparent fusion with a rhoptry that occurs only in the stimulated parasites. We also present information indicating that this vesicle originates from the vesicles that parallel the intraconoidal microtubules and that the latter two structures are linked by a novel tether. We show that a rosette structure previously proposed to be involved in rhoptry secretion is associated with apical vesicles beyond just the most anterior one. This result, suggesting multiple vesicles are primed to enable rhoptry secretion, may shed light on the mechanisms employs to enable repeated invasion attempts. Using the same approach, we examine merozoites and show that they too possess an apical vesicle just beneath a rosette, demonstrating evolutionary conservation of this overall subcellular organization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28140.map.gz | 179 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28140-v30.xml emd-28140.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28140.png | 135.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28140.cif.gz | 4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28140 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28140 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28140_validation.pdf.gz | 451.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28140_full_validation.pdf.gz | 450.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28140_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28140_validation.cif.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28140 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28140 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 355.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Toxoplasma gondii apical complex (non-stimulated) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The apical complex of Toxoplasma gondii (non-stimulated)
全体 | 名称: The apical complex of Toxoplasma gondii (non-stimulated) |
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要素 |
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-超分子 #1: The apical complex of Toxoplasma gondii (non-stimulated)
超分子 | 名称: The apical complex of Toxoplasma gondii (non-stimulated) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: RH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: Endo buffer 詳細: 45 mM potassium sulfate, 106 mM sucrose, 10 mM magnesium sulfate, 20 mM Tris buffer pH 7.2, 5 mM glucose and 0.35% bovine serum albumin |
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | Tachyzoites were released from heavily infected monolayers of HFFs by mechanical disruption of the monolayers using disposable scrapers and passage through a 25-gauge syringe into HPEB |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: EMS / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 26000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61 |
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