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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28101 | |||||||||
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タイトル | Structure of single homo-hexameric Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB motor | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Holliday Junction / AAA+ ATPase / RuvB / Homo-hexamer / DNA recombination / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen ZF / Rish AD / Fu TM | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of single homo-hexameric Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB motor 著者: Shen ZF / Rish AD / Fu TM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28101.map.gz | 36.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28101-v30.xml emd-28101.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28101_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28101.png | 66.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28101.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_28101_half_map_1.map.gz emd_28101_half_map_2.map.gz | 35.7 MB 35.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28101 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28101_validation.pdf.gz | 908.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28101_full_validation.pdf.gz | 907.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28101_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28101_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28101 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8efvMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28101_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28101_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor
全体 | 名称: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor |
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要素 |
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-超分子 #1: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor
超分子 | 名称: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
-分子 #1: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
分子 | 名称: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 |
分子量 | 理論値: 36.024688 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEDLALRPKT LDEYIGQERL KQKLRVYLEA AKARKEPLEH LLLFGPPGLG KTTLAHVIAH ELGVNLRVTS GPAIEKPGDL AAILANSLE EGDILFIDEI HRLSRQAEEH LYPAMEDFVM DIVIGQGPAA RTIRLELPRF TLIGATTRPG LITAPLLSRF G IVEHLEYY ...文字列: MEDLALRPKT LDEYIGQERL KQKLRVYLEA AKARKEPLEH LLLFGPPGLG KTTLAHVIAH ELGVNLRVTS GPAIEKPGDL AAILANSLE EGDILFIDEI HRLSRQAEEH LYPAMEDFVM DIVIGQGPAA RTIRLELPRF TLIGATTRPG LITAPLLSRF G IVEHLEYY TPEELAQGVM RDARLLGVRI TEEAALEIGR RSRGTMRVAK RLFRRVRDFA QVAGEEVITR ERALEALAAL GL DELGLEK RDREILEVLI LRFGGGPVGL ATLATALSED PGTLEEVHEP YLIRQGLLKR TPRGRVATEL AYRHLGYPPP VGP LLEP UniProtKB: Holliday junction branch migration complex subunit RuvB |
-分子 #2: 49-mer DNA
分子 | 名称: 49-mer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 15.146732 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG) |
-分子 #3: 51-mer DNA
分子 | 名称: 51-mer DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 15.69107 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT) ...文字列: (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA) |
-分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |