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- EMDB-27963: Mycobacterial respiratory complex I with both quinone positions m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27963
タイトルMycobacterial respiratory complex I with both quinone positions modelled
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterial respiratory complex I, consensus map
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 7種
キーワードComplex / Oxidative Phosphorylation / NADH-quinone oxidoreductase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase (quinone) / : / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / molybdopterin cofactor binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / phosphorelay signal transduction system / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I ...NADH dehydrogenase (quinone) / : / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / molybdopterin cofactor binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / phosphorelay signal transduction system / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Soluble ligand binding domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / : ...Soluble ligand binding domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / : / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / cheY-homologous receiver domain / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / CheY-like superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH-quinone oxidoreductase, M subunit / NADH-quinone oxidoreductase, L subunit / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase chain e ...NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH-quinone oxidoreductase, M subunit / NADH-quinone oxidoreductase, L subunit / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH-quinone oxidoreductase chain e / NADH-quinone oxidoreductase subunit D / NADH-quinone oxidoreductase subunit C / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / Two-component system response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liang Y / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT451412 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT173353 カナダ
Canada Research Chairs カナダ
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure of mycobacterial respiratory complex I.
著者: Yingke Liang / Alicia Plourde / Stephanie A Bueler / Jun Liu / Peter Brzezinski / Siavash Vahidi / John L Rubinstein /
要旨: Oxidative phosphorylation, the combined activity of the electron transport chain (ETC) and adenosine triphosphate synthase, has emerged as a valuable target for the treatment of infection by and ...Oxidative phosphorylation, the combined activity of the electron transport chain (ETC) and adenosine triphosphate synthase, has emerged as a valuable target for the treatment of infection by and other mycobacteria. The mycobacterial ETC is highly branched with multiple dehydrogenases transferring electrons to a membrane-bound pool of menaquinone and multiple oxidases transferring electrons from the pool. The proton-pumping type I nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) dehydrogenase (Complex I) is found in low abundance in the plasma membranes of mycobacteria in typical in vitro culture conditions and is often considered dispensable. We found that growth of in carbon-limited conditions greatly increased the abundance of Complex I and allowed isolation of a rotenone-sensitive preparation of the enzyme. Determination of the structure of the complex by cryoEM revealed the "orphan" two-component response regulator protein MSMEG_2064 as a subunit of the assembly. MSMEG_2064 in the complex occupies a site similar to the proposed redox-sensing subunit NDUFA9 in eukaryotic Complex I. An apparent purine nucleoside triphosphate within the NuoG subunit resembles the GTP-derived molybdenum cofactor in homologous formate dehydrogenase enzymes. The membrane region of the complex binds acyl phosphatidylinositol dimannoside, a characteristic three-tailed lipid from the mycobacterial membrane. The structure also shows menaquinone, which is preferentially used over ubiquinone by gram-positive bacteria, in two different positions along the quinone channel, comparable to ubiquinone in other structures and suggesting a conserved quinone binding mechanism.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structure of mycobacterial respiratory Complex I
著者: Liang Y / Plourde A / Bueler SA / Liu J / Brzezinski P / Vahidi S / Rubinstein JL
履歴
登録2022年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27963.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 384 pix.
= 453.2 Å		1.18 Å/pix.
x 384 pix.
= 453.2 Å		1.18 Å/pix.
x 384 pix.
= 453.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18021 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-0.6017861 - 8.819921000000001
平均 (標準偏差)0.036085602 (±0.18185923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 453.19986 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27963_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27963_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterial respiratory complex I, consensus map

全体名称: Mycobacterial respiratory complex I, consensus map
要素
  • 複合体: Mycobacterial respiratory complex I, consensus map
    • タンパク質・ペプチド: Two-component system response regulator
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase, L subunit
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase subunit N
    • タンパク質・ペプチド: NADH-quinone oxidoreductase, M subunit
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: (2R)-3-{[(R)-hydroxy({(1S,2R,3R,4R,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-2-(alpha-D-mannopyranosyloxy)-6-[(6-O-undecanoyl-beta-D-mannopyranosyl)oxy]cyclohexyl}oxy)phosphoryl]oxy}-2-(octanoyloxy)propyl undecanoate

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超分子 #1: Mycobacterial respiratory complex I, consensus map

超分子名称: Mycobacterial respiratory complex I, consensus map / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
細胞中の位置: Inner membrane
分子量理論値: 560 KDa

+
分子 #1: Two-component system response regulator

分子名称: Two-component system response regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 14.119161 KDa
配列文字列:
MAGSAPLRIL VYSDNPRTRE QVRLALGKRI HPELPEIEYV DVATAPMAIS QMDAGGFDLA ILDGEATPAG GMGVAKQVKD EIDDCPPIL VLTGRADDAW LAKWSRAEAA VPHPIDPIRL SDAVVSLLRA PAQ

UniProtKB: Two-component system response regulator

+
分子 #2: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 20.123703 KDa
配列文字列:
MGLEERLPGG ILLSTVETVA GYVRKGSLWP ATFGLACCAI EMMSTAGPRF DIARFGMERF SATPRQADLM IVAGRVSQKM APVLRQIYD QMVEPKWVLA MGVCASSGGM FNNYAVVQGV DHVVPVDIYL PGCPPRPEML LHAILKLHDK IQQMPLGVNR E EAIREAEQ AALAVPPTIE LKGLLR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit B

+
分子 #3: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 13.628287 KDa
配列文字列:
MALYTPILIL GAIAAVFAVV SVGIALVIGP RRFNRSKLEA YECGIDPLPP VAAGLTGQRI PIRYYLIAML FIVFDIEIVF LYPWAVAFD SLGLFAVIEM LLFMLTVFVA YAYVWRRGGL NWD

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit A

+
分子 #4: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 26.610689 KDa
配列文字列: MSTSNGSANG TNGVGLPRGD EPEIIAVRRG MFGNRDTGDT SGYGRLVRPV ALPGSTPRPY GGYFDAVMDR LAEVLGEERY AMSIERVVV YRDQLTIEVS RVQLPAVASV LRDDPDLRFE LCLGVSGVHY PEDTGRELHA VYPLMSITHN RRIQLEVAAP D ADPHIPSL ...文字列:
MSTSNGSANG TNGVGLPRGD EPEIIAVRRG MFGNRDTGDT SGYGRLVRPV ALPGSTPRPY GGYFDAVMDR LAEVLGEERY AMSIERVVV YRDQLTIEVS RVQLPAVASV LRDDPDLRFE LCLGVSGVHY PEDTGRELHA VYPLMSITHN RRIQLEVAAP D ADPHIPSL YAVYPTTDWH ERETYDFFGI IFDGHPSLTR IEMPDDWEGH PQRKDYPLGG IPVEYHGAQI PPPDQRRSYS

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit C

+
分子 #5: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 48.55675 KDa
配列文字列: MSTSTVPPDG GEKVVVVGGN DWHEVVAAAR AGAAAQAGER IVVNMGPQHP STHGVLRLIL EIEGEIITEA RCGIGYLHTG IEKNLEYRN WTQGVTFVTR MDYLSPFFNE TAYCLGVEKL LGITDDIPER ASVIRVMLME LNRISSHLVA LATGGMELGA M SAMFYGFR ...文字列:
MSTSTVPPDG GEKVVVVGGN DWHEVVAAAR AGAAAQAGER IVVNMGPQHP STHGVLRLIL EIEGEIITEA RCGIGYLHTG IEKNLEYRN WTQGVTFVTR MDYLSPFFNE TAYCLGVEKL LGITDDIPER ASVIRVMLME LNRISSHLVA LATGGMELGA M SAMFYGFR EREEILRVFE SITGLRMNHA YIRPGGLAAD LPDDAITQVR RLVEILPKRL KDLEDLLNEN YIWKARTVGV GY LDLTGCM ALGITGPILR STGLPHDLRK AQPYCGYENY EFDVITDDRC DSYGRYIIRV KEMHESVKIV EQCLARLKPG PVM ISDKKL AWPADLKLGP DGLGNSPEHI AKIMGRSMEG LIHHFKLVTE GIRVPPGQVY VAVESPRGEL GVHMVSDGGT RPYR VHYRD PSFTNLQAVA ATCEGGMVAD AIAAVASIDP VMGGVDR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit D

+
分子 #6: NADH-quinone oxidoreductase subunit E

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 25.746746 KDa
配列文字列: MSEVFLELGQ RPDEAGPPIS GPATYPDDVT ESLRADAEQI IARYPDARSA LLPLLHLVQA QDGYLTPAGI GFCAAQLGLT EAEVTAVAT FYSMYRRTPT GDYLVGVCTN TLCAIMGGDA ILEALEDHLG VHPGQTTPDG RVTLEHVECN AACDYAPVVM V NWEFYDNQ ...文字列:
MSEVFLELGQ RPDEAGPPIS GPATYPDDVT ESLRADAEQI IARYPDARSA LLPLLHLVQA QDGYLTPAGI GFCAAQLGLT EAEVTAVAT FYSMYRRTPT GDYLVGVCTN TLCAIMGGDA ILEALEDHLG VHPGQTTPDG RVTLEHVECN AACDYAPVVM V NWEFYDNQ TPSSARDLVD GLRSGSPPPP TRGSLCTFRE TARTLAGLTD PNAPGGAPGA ATLAGLRLAR ERGMTAPTPP QT NGSAS

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase chain e

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分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase subunit G

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 83.894773 KDa
配列文字列: MTLAEPTKDT PPVEMVSLTI DDHEISVPKG TLLIRAAELM GIQIPRFCDH PLLDPVGACR QCLVEVEGQR KPMASCTTTV MPDMVVRTQ FTSEAADKAQ RGVMELLLIN HPLDCPICDK GGECPLQNQA MSNGRPETRF EDVKRTFPKP ISISSQVLLD R ERCVLCAR ...文字列:
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UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase

+
分子 #8: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 47.831078 KDa
配列文字列: MTPLTPVLSR FWDEPEPWTL ETYRRHDGYQ GLQRALSMGP DDVIAFVKDS GLRGRGGAGF PTGTKWSFIP QERGDQPAGG PAAKPHYLV INADESEPGT CKDIPLLLTT PHFLVEGAII AAYAIRARHA FIYVRGEVLP VLRRLQAAVA EAYAAGYLGT D IMGSGFDL ...文字列:
MTPLTPVLSR FWDEPEPWTL ETYRRHDGYQ GLQRALSMGP DDVIAFVKDS GLRGRGGAGF PTGTKWSFIP QERGDQPAGG PAAKPHYLV INADESEPGT CKDIPLLLTT PHFLVEGAII AAYAIRARHA FIYVRGEVLP VLRRLQAAVA EAYAAGYLGT D IMGSGFDL DLIVHAGAGA YICGEETALL DSLEGRRGQP RLRPPFPAVA GLYACPTVVN NVESIASVPP IMVNGVDWFR SM GSEKSPG FTLYSLSGHV TRPGQYEAPL GITLRELLEY AGGVRAGHQL KFWTPGGSST PLLTAEHLDV PLDYEGMASV GSM LGTKAL QIFDETTCVV RAVRRWTQFY AHESCGKCTP CREGTYWLAQ IYARLENGAG TEADIDKLLD ISDNIFGKSF CALG DGAAS PIMSSIKHFR DEYVAHLDGG CPFDPHASTL MATEGAGV

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit F

+
分子 #9: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 19.86051 KDa
配列文字列:
MPKFLDALAG FAVTLGSMFK KPITEGYPEK PGPVAPRYHG RHQLNRYPDG LEKCIGCELC AWACPADAIY VEGADNTADE RYSPGERYG RVYQINYLRC IGCGLCIEAC PTRALTMTTE YEMADDNRAD LIWGKDKLLA PLQEGMQAPP HDMAPGKTDD D YYLGNVTP ITPVPSGTED AR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit I

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分子 #10: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 44.477293 KDa
配列文字列: MTHPDPTLFG HDPWWLMLAK AVAIFVFLLL TVLSAILIER KLLGRMQMRF GPNRVGPAGL LQSLADGIKL ALKEGLVPAG VDKPIYLLA PVISVIPAFV AFSVIPLGGA VSVFGHRTPL QLTDLPVAVL FILAATSIGV YGIVLAGWAS GSTYPLLGGL R SSAQVVSY ...文字列:
MTHPDPTLFG HDPWWLMLAK AVAIFVFLLL TVLSAILIER KLLGRMQMRF GPNRVGPAGL LQSLADGIKL ALKEGLVPAG VDKPIYLLA PVISVIPAFV AFSVIPLGGA VSVFGHRTPL QLTDLPVAVL FILAATSIGV YGIVLAGWAS GSTYPLLGGL R SSAQVVSY EIAMGLSFVA VFLYAGTMST SGIVAAQDRT WFVFLLLPSF LVYVVSMVGE TNRAPFDLPE AEGELVGGFH TE YSSLKFA MFMLAEYVNM TTVSALATTM FLGGWHAPFP FNLIDGANSG WWPLLWFTAK VWTFMFLYFW LRATLPRLRY DQF MALGWK VLIPVSLLWI MVVAITRSLR QHGEGTWAAW LLTAAVVVVV ALIWGLATSL RRRTVQPPPP QSTGAYPVPP LPSV GTKET ADA

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit H

+
分子 #11: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 26.398791 KDa
配列文字列: MNSDLMLLAA EGARTSTSEA VVFWVVGTVA LVGAIGVVAA RKAVYSAVFL ACTMISLAVL YIAQDAPFLG VVQIVVYTGA VMMLFLFVL MLIGVDLTES LVETIKGHRI AALIAGAGFG ILVIAGIGNV SVAGFSGLAA ANSGGNVEGL AALIFTRYLW A FELTSALL ...文字列:
MNSDLMLLAA EGARTSTSEA VVFWVVGTVA LVGAIGVVAA RKAVYSAVFL ACTMISLAVL YIAQDAPFLG VVQIVVYTGA VMMLFLFVL MLIGVDLTES LVETIKGHRI AALIAGAGFG ILVIAGIGNV SVAGFSGLAA ANSGGNVEGL AALIFTRYLW A FELTSALL ITAALGAMVL AHRERFERRK TQRELAIERF QTGGHPTPLP NPGVYARHNS VDVPARLPDG SESPLSVSTI LP HRTVGSA TNGKR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit J

+
分子 #12: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 10.876923 KDa
配列文字列:
MNPDNYLYLS ALLFTIGAAG VLLRRNAIVM FMCVELMLNA ANLAFVNFSR MHGQLDGQVV AFFTMVVAAC EVVVGLAIIM AIFRTRRSA SVDDANLLKH

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit K

+
分子 #13: NADH-quinone oxidoreductase, L subunit

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase, L subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 65.446609 KDa
配列文字列: MITDWLPVWL LIALPAAGAT ILLLAGRRSD RWGHLLGCAM SLAAFAVGTV LFAGMLGRSG EERAVHEALF SWVPVGGLQV DFGLQLDQL SVCFVLLITG VGSLIHIYSI GYMAEDPDRR RFFAYLNLFL AAMLLLVLAD NYLGLYAGWE GVGLASYLLI G FWSHKPSA ...文字列:
MITDWLPVWL LIALPAAGAT ILLLAGRRSD RWGHLLGCAM SLAAFAVGTV LFAGMLGRSG EERAVHEALF SWVPVGGLQV DFGLQLDQL SVCFVLLITG VGSLIHIYSI GYMAEDPDRR RFFAYLNLFL AAMLLLVLAD NYLGLYAGWE GVGLASYLLI G FWSHKPSA ATAAKKAFVV NRVGDMGLAI ALMIMFATIG SISFAGVFAA APGLSEATLS AIGLLLLLGA CGKSAQVPLQ SW LGDAMEG PTPVSALIHA ATMVTAGVYL IVRSGPIFDL APTAQTGVVI VGAVTLLFGA IIGCAKDDIK KALAASTMSQ IGY MVLAAG LGPAGYAFAI MHLLTHGFFK AGLFLGAGSV MHAMNDEVNM RRYGGLRKVL PVTFATFGLG YLAIIGVPPL AGFF SKDGI IEAALGAGGA RGVILGGAAI LGAGITAFYM TRVMLMTFFG EKRWAANSHP HEAPAVMTWP MILLAVGSVV SGGAL AIGG TLSHWLEPVV GTHEAHHAVP VWVVTAIVLA VVAVGIAVAY RMYARQAVPE EVPEGSALTV AARRDLYGDA FNEAVF MRG GQTLTAAMVT VDDKAVDGTA GGLAALVSRT SDALRQVQTG FARSYALSML GGSALVVAAI LAVQLW

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase, L subunit

+
分子 #14: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 54.013266 KDa
配列文字列: MITPSIEYGL LSPMLIVFGV AIAGVLIEAL APRQSRYPLQ VTLALGGLIA TVVAVVFVAR GLSGTPGRPA VLGAVVLDAP AVFLQGTIA LVGILGIMLI AERQKATVSA GEARGLEDFT PQASAVAGSV AEQLATKTGV MQTEVFPLTM FAIGGMLLFP A ADDLLTMF ...文字列:
MITPSIEYGL LSPMLIVFGV AIAGVLIEAL APRQSRYPLQ VTLALGGLIA TVVAVVFVAR GLSGTPGRPA VLGAVVLDAP AVFLQGTIA LVGILGIMLI AERQKATVSA GEARGLEDFT PQASAVAGSV AEQLATKTGV MQTEVFPLTM FAIGGMLLFP A ADDLLTMF VALEVLSLPL YLLCGLARRR RLLSQEAALK YFLLGAFSSA FFIYGAAMLY GSAGTLDLSG IAESVAAGSG NT SLALLGV ALLLVGVLFK VGAVPFHSWI PDVYQGAPTS ITAFMAAATK IAAFGAMLRI FYVAVPALRD DWRPVLWAIA ILT MVVGTV TAVTQTDVKR MLAYSAVAHS GFILTGVIAA NPAGVSSTLF YLFAYGFSTL GAFAVVGLIR NAAGDEETSM AQWA GLGRR YPIVGVVFSL FLLAFAGIPL TSGFVSKFAV FKAAGEGGAI PLVIIGVIAS AVAAYFYVRV IVLMFFTEPP DDAPE LVVP SGLSTAVVTV TAAVTFALGA LPQPLLDLAN SAETFLH

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase subunit N

+
分子 #15: NADH-quinone oxidoreductase, M subunit

分子名称: NADH-quinone oxidoreductase, M subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH dehydrogenase (quinone)
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 56.338316 KDa
配列文字列: MVSTFPWLTV LWAVPVVGAA VVILLPAAQQ VLAKWLALAV SVLTLAVTAV VAIGFDPAAA QYQFVESHRW IPSFGTGYIL GVDGIALAL VVLTAVLVPL LIIAGWNDAS RQTGLAGRSV QAYLALTLAV EGMVLMSLVA LDILLFYVFF EAMLIPMYFL I GGFGGENR ...文字列:
MVSTFPWLTV LWAVPVVGAA VVILLPAAQQ VLAKWLALAV SVLTLAVTAV VAIGFDPAAA QYQFVESHRW IPSFGTGYIL GVDGIALAL VVLTAVLVPL LIIAGWNDAS RQTGLAGRSV QAYLALTLAV EGMVLMSLVA LDILLFYVFF EAMLIPMYFL I GGFGGENR SRAAVKFLLY NLFGGLIMLA AVIGLYVVTA GSDAFAAGTF DFREIVAAVS SGEFAVNPAI MNFLFLGFMF AF AVKAPLW PFHRWLPDAA VEATPASAVL MMAVMDKVGT FGMLRYCLQL FPDASTYFRP VVITLAAIGI VYGAVLAIGQ TDV MRLIAY TSISHFGFII LGIFVMTSQG QSGSTLYMIN HGISTAALFL IAGFLVSRRG SRLIDSYGGV QKVAPVLAGT FLVA GLATL SLPGLAPFIS EFLVLIGTFT RYPVVAVFAA TALVLSAVYI LWTYQRMMTG PVRDGIGDGD RPVRDLVPRE LVVVA PLLA LLLVLGIYPK PALDVINPAV EHTLTTIGQT DPEPTVPPTI AEGAR

UniProtKB: NADH-quinone oxidoreductase, M subunit

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 7 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #17: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #18: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #19: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #21: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #22: (2R)-3-{[(R)-hydroxy({(1S,2R,3R,4R,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-2-(alp...

分子名称: (2R)-3-{[(R)-hydroxy({(1S,2R,3R,4R,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-2-(alpha-D-mannopyranosyloxy)-6-[(6-O-undecanoyl-beta-D-mannopyranosyl)oxy]cyclohexyl}oxy)phosphoryl]oxy}-2-(octanoyloxy)propyl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: XP2
分子量理論値: 1.121243 KDa
Chemical component information

ChemComp-XP2:
(2R)-3-{[(R)-hydroxy({(1S,2R,3R,4R,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-2-(alpha-D-mannopyranosyloxy)-6-[(6-O-undecanoyl-beta-D-mannopyranosyl)oxy]cyclohexyl}oxy)phosphoryl]oxy}-2-(octanoyloxy)propyl undecanoate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 36 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 357064
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 61177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る