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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | E. coli 50S ribosome bound to compound streptogramin analogs SA1 and SB1 | ||||||||||||
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![]() | E. coli ribosome / streptogramin A / streptogramin B / antibiotics / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å | ||||||||||||
![]() | Pellegrino J / Lee DJ / Fraser JS / Seiple IB | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potential for clicked streptogramin analogs 著者: Takahashi Y / Pellegrino J / Lee DJ / Fraser JS / Seiple IB | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 576.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 170.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 112.5 MB 112.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.665 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27854_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27854_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : 50S E. coli ribosome
+超分子 #1: 50S E. coli ribosome
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L15
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L3
+分子 #7: 50S ribosomal protein L13
+分子 #8: 50S ribosomal protein L22
+分子 #9: 50S ribosomal protein L32
+分子 #10: 50S ribosomal protein L34
+分子 #11: (3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23S,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methy...
+分子 #12: ~{N}-[(3~{S},6~{S},12~{R},15~{S},16~{R},19~{S},22~{S},24~{R})-12-...
+分子 #13: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 47.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161222 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |