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万見
- EMDB-27841: Cryo-EM structure of BIRC6/HtrA2-S306A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27841
タイトルCryo-EM structure of BIRC6/HtrA2-S306A
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Serine protease HTRA2, mitochondrial
キーワードUbiquitin (ユビキチン) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / Apoptosis (アポトーシス) / Autophagy (オートファジー) / IAP / LIGASE (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrial protein catabolic process / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / CD40 receptor complex / : ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrial protein catabolic process / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / CD40 receptor complex / : / labyrinthine layer development / プログラム細胞死 / ALK mutants bind TKIs / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Flemming body / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / 微小管形成中心 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / Mitochondrial protein degradation / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / serine-type peptidase activity / regulation of cytokinesis / ミトコンドリア / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein catabolic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / ゴルジ体 / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / peptidase activity / regulation of cell population proliferation / midbody / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / 細胞骨格 / protein ubiquitination / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / serine-type endopeptidase activity / 中心体 / apoptotic process / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / PDZ domain 6 / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / PDZ domain 6 / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA066996 米国
The Mark Foundation19-001-ELA 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer /
要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli.
履歴
登録2022年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27841.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.215
最小 - 最大-0.5303137 - 1.3841721
平均 (標準偏差)0.0012512876 (±0.04191831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27841_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_27841_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_27841_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_27841_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

全体名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
要素
  • 複合体: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Serine protease HTRA2, mitochondrial

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超分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

超分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.174 MDa

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分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 合成酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 535.317188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKGGGSGG LEVLFQGPSR TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAG AAGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ Y ISAVDKVI ...文字列:
MGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKGGGSGG LEVLFQGPSR TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAG AAGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ Y ISAVDKVI FVDDYAVGCR KDLNGILLLD TALQTPVSKQ DDVVQLELPV TEAQQLLSAC LEKVDISSTE GYDLFITQLK DG LKNTSHE TAANHKVAKW ATVTFHLPHH VLKSIASAIV NELKKINQNV AALPVASSVM DRLSYLLPSA RPELGVGPGR SVD RSLMYS EANRRETFTS WPHVGYRWAQ PDPMAQAGFY HQPASSGDDR AMCFTCSVCL VCWEPTDEPW SEHERHSPNC PFVK GEHTQ NVPLSVTLAT SPAQFPCTDG TDRISCFGSG SCPHFLAAAT KRGKICIWDV SKLMKVHLKF EINAYDPAIV QQLIL SGDP SSGVDSRRPT LAWLEDSSSC SDIPKLEGDS DDLLEDSDSE EHSRSDSVTG HTSQKEAMEV SLDITALSIL QQPEKL QWE IVANVLEDTV KDLEELGANP CLTNSKSEKT KEKHQEQHNI PFPCLLAGGL LTYKSPATSP ISSNSHRSLD GLSRTQG ES ISEQGSTDNE SCTNSELNSP LVRRTLPVLL LYSIKESDEK AGKIFSQMNN IMSKSLHDDG FTVPQIIEME LDSQEQLL L QDPPVTYIQQ FADAAANLTS PDSEKWNSVF PKPGTLVQCL RLPKFAEEEN LCIDSITPCA DGIHLLVGLR TCPVESLSA INQVEALNNL NKLNSALCNR RKGELESNLA VVNGANISVI QHESPADVQT PLIIQPEQRN VSGGYLVLYK MNYATRIVTL EEEPIKIQH IKDPQDTITS LILLPPDILD NREDDCEEPI EDMQLTSKNG FEREKTSDIS TLGHLVITTQ GGYVKILDLS N FEILAKVE PPKKEGTEEQ DTFVSVIYCS GTDRLCACTK GGELHFLQIG GTCDDIDEAD ILVDGSLSKG IEPSSEGSKP LS NPSSPGI SGVDLLVDQP FTLEILTSLV ELTRFETLTP RFSATVPPCW VEVQQEQQQR RHPQHLHQQH HGDAAQHTRT WKL QTDSNS WDEHVFELVL PKACMVGHVD FKFVLNSNIT NIPQIQVTLL KNKAPGLGKV NALNIEVEQN GKPSLVDLNE EMQH MDVEE SQCLRLCPFL EDHKEDILCG PVWLASGLDL SGHAGMLTLT SPKLVKGMAG GKYRSFLIHV KAVNERGTEE ICNGG MRPV VRLPSLKHQS NKGYSLASLL AKVAAGKEKS SNVKNENTSG TRKSENLRGC DLLQEVSVTI RRFKKTSISK ERVQRC AML QFSEFHEKLV NTLCRKTDDG QITEHAQSLV LDTLCWLAGV HSNGPGSSKE GNENLLSKTR KFLSDIVRVC FFEAGRS IA HKCARFLALC ISNGKCDPCQ PAFGPVLLKA LLDNMSFLPA ATTGGSVYWY FVLLNYVKDE DLAGCSTACA SLLTAVSR Q LQDRLTPMEA LLQTRYGLYS SPFDPVLFDL EMSGSSCKNV YNSSIGVQSD EIDLSDVLSG NGKVSSCTAA EGSFTSLTG LLEVEPLHFT CVSTSDGTRI ERDDAMSSFG VTPAVGGLSS GTVGEASTAL SSAAQVALQS LSHAMASAEQ QLQVLQEKQQ QLLKLQQQK AKLEAKLHQT TAAAAAAASA VGPVHNSVPS NPVAAPGFFI HPSDVIPPTP KTTPLFMTPP LTPPNEAVSV V INAELAQL FPGSVIDPPA VNLAAHNKNS NKSRMNPLGS GLALAISHAS HFLQPPPHQS IIIERMHSGA RRFVTLDFGR PI LLTDVLI PTCGDLASLS IDIWTLGEEV DGRRLVVATD ISTHSLILHD LIPPPVCRFM KITVIGRYGS TNARAKIPLG FYY GHTYIL PWESELKLMH DPLKGEGESA NQPEIDQHLA MMVALQEDIQ CRYNLACHRL ETLLQSIDLP PLNSANNAQY FLRK PDKAV EEDSRVFSAY QDCIQLQLQL NLAHNAVQRL KVALGASRKM LSETSNPEDL IQTSSTEQLR TIIRYLLDTL LSLLH ASNG HSVPAVLQST FHAQACEELF KHLCISGTPK IRLHTGLLLV QLCGGERWWG QFLSNVLQEL YNSEQLLIFP QDRVFM LLS CIGQRSLSNS GVLESLLNLL DNLLSPLQPQ LPMHRRTEGV LDIPMISWVV MLVSRLLDYV ATVEDEAAAA KKPLNGN QW SFINNNLHTQ SLNRSSKGSS SLDRLYSRKI RKQLVHHKQQ LNLLKAKQKA LVEQMEKEKI QSNKGSSYKL LVEQAKLK Q ATSKHFKDLI RLRRTAEWSR SNLDTEVTTA KESPEIEPLP FTLAHERCIS VVQKLVLFLL SMDFTCHADL LLFVCKVLA RIANATRPTI HLCEIVNEPQ LERLLLLLVG TDFNRGDISW GGAWAQYSLT CMLQDILAGE LLAPVAAEAM EEGTVGDDVG ATAGDSDDS LQQSSVQLLE TIDEPLTHDI TGAPPLSSLE KDKEIDLELL QDLMEVDIDP LDIDLEKDPL AAKVFKPISS T WYDYWGAD YGTYNYNPYI GGLGIPVAKP PANTEKNGSQ TVSVSVSQAL DARLEVGLEQ QAELMLKMMS TLEADSILQA LT NTSPTLS QSPTGTDDSL LGGLQAANQT SQLIIQLSSV PMLNVCFNKL FSMLQVHHVQ 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YFSL LMGWM GITPPPVQCH HRLSMTDDSK KQDLSSSLTD DSKNAQAPLA LTESHLATLA SSSQSPEAIK QLLDSGLPSL LVRSL ASFC FSHISSSESI AQSIDISQDK LRRHHVPQQC NKMPITADLV APILRFLTEV GNSHIMKDWL GGSEVNPLWT ALLFLL CHS GSTSGSHNLG AQQTSARSAS LSSAATTGLT TQQRTAIENA TVAFFLQCIS CHPNNQKLMA QVLCELFQTS PQRGNLP TS GNISGFIRRL FLQLMLEDEK VTMFLQSPCP LYKGRINATS HVIQHPMYGA GHKFRTLHLP VSTTLSDVLD RVSDTPSI T AKLISEQKDD KEKKNHEEKE KVKAENGFQD NYSVVVASGL KSQSKRAVSA TPPRPPSRRG RTIPDKIGST SGAEAANKI ITVPVFHLFH KLLAGQPLPA EMTLAQLLTL LYDRKLPQGY RSIDLTVKLG SRVITDPSLS KTDSYKRLHP EKDHGDLLAS CPEDEALTP GDECMDGILD ESLLETCPIQ SPLQVFAGMG GLALIAERLP MLYPEVIQQV SAPVVTSTTQ EKPKDSDQFE W VTIEQSGE LVYEAPETVA AEPPPIKSAV QTMSPIPAHS LAAFGLFLRL PGYAEVLLKE RKHAQCLLRL VLGVTDDGEG SH ILQSPSA NVLPTLPFHV LRSLFSTTPL TTDDGVLLRR MALEIGALHL ILVCLSALSH HSPRVPNSSV NQTEPQVSSS HNP TSTEEQ QLYWAKGTGF GTGSTASGWD VEQALTKQRL EEEHVTCLLQ VLASYINPVS SAVNGEAQSS HETRGQNSNA LPSV LLELL SQSCLIPAMS SYLRNDSVLD MARHVPLYRA LLELLRAIAS CAAMVPLLLP LSTENGEEEE EQSECQTSVG TLLAK MKTC VDTYTNRLRS KRENVKTGVK PDASDQEPEG LTLLVPDIQK TAEIVYAATT SLRQANQEKK LGEYSKKAAM KPKPLS VLK SLEEKYVAVM KKLQFDTFEM VSEDEDGKLG FKVNYHYMSQ VKNANDANSA ARARRLAQEA VTLSTSLPLS SSSSVFV RC DEERLDIMKV LITGPADTPY ANGCFEFDVY FPQDYPSSPP LVNLETTGGH SVRFNPNLYN DGKVCLSILN TWHGRPEE K WNPQTSSFLQ VLVSVQSLIL VAEPYFNEPG YERSRGTPSG TQSSREYDGN IRQATVKWAM LEQIRNPSPC FKEVIHKHF YLKRVEIMAQ CEEWIADIQQ YSSDKRVGRT MSHHAAALKR HTAQLREELL KLPCPEGLDP DTDDAPEVCR ATTGAEETLM HDQVKPSSS KELPSDFQL

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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分子 #2: Serine protease HTRA2, mitochondrial

分子名称: Serine protease HTRA2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HtrA2 peptidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.961887 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAVPSPPPAS PRSQYNFIAD VVEKTAPAVV YIEILDRHPF LGREVPISNG SGFVVAADGL IVTNAHVVAD RRRVRVRLLS GDTYEAVVT AVDPVADIAT LRIQTKEPLP TLPLGRSADV RQGEFVVAMG SPFALQNTIT SGIVSSAQRP ARDLGLPQTN V EYIQTDAA ...文字列:
MAVPSPPPAS PRSQYNFIAD VVEKTAPAVV YIEILDRHPF LGREVPISNG SGFVVAADGL IVTNAHVVAD RRRVRVRLLS GDTYEAVVT AVDPVADIAT LRIQTKEPLP TLPLGRSADV RQGEFVVAMG SPFALQNTIT SGIVSSAQRP ARDLGLPQTN V EYIQTDAA IDFGNAGGPL VNLDGEVIGV NTMKVTAGIS FAIPSDRLRE FLHRGEKKNS SSGISGSQRR YIGVMMLTLS PS ILAELQL REPSFPDVQH GVLIHKVILG SPAHRAGLRP GDVILAIGEQ MVQNAEDVYE AVRTQSQLAV QIRRGRETLT LYV TPEVTE HHHHHH

UniProtKB: Serine protease HTRA2, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
3.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細added CHAPSO to 0.4 mM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15309 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 60.659 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2049607
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 73712
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8e2k:
Cryo-EM structure of BIRC6/HtrA2-S306A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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