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- EMDB-27840: Cryo-EM density of BIRC6/casp-7 (clusters) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27840
タイトルCryo-EM density of BIRC6/casp-7 (clusters)
マップデータmain map (consensus refine)
試料
  • 複合体: BIRC6/casp-7
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: caspase-7
キーワードUbiquitin / E3 ligase / Apoptosis / Autophagy / IAP / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of plasma membrane repair / labyrinthine layer development / cellular response to staurosporine / ALK mutants bind TKIs / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Flemming body ...caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of plasma membrane repair / labyrinthine layer development / cellular response to staurosporine / ALK mutants bind TKIs / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Flemming body / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Apoptotic cleavage of cellular proteins / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein maturation / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to UV / cysteine-type peptidase activity / striated muscle cell differentiation / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / trans-Golgi network / protein processing / spindle pole / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidase activity / heart development / regulation of cell population proliferation / midbody / cellular response to lipopolysaccharide / neuron apoptotic process / cell population proliferation / aspartic-type endopeptidase activity / protein ubiquitination / endosome / defense response to bacterium / cell cycle / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / protein phosphorylation / centrosome / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase-7 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Hunkeler M / Fischer ES
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA066996 米国
The Mark Foundation19-001-ELA 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases.
著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer /
要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli.
履歴
登録2022年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map (consensus refine)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.359
最小 - 最大-1.3773768 - 2.4984968
平均 (標準偏差)0.0016790534 (±0.0540623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_27840_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_27840_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cluster 1

ファイルemd_27840_additional_1.map
注釈cluster 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cluster 10

ファイルemd_27840_additional_10.map
注釈cluster 10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 2

ファイルemd_27840_additional_2.map
注釈cluster 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cluster 3

ファイルemd_27840_additional_3.map
注釈cluster 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 4

ファイルemd_27840_additional_4.map
注釈cluster 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 5

ファイルemd_27840_additional_5.map
注釈cluster 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: cluster 6

ファイルemd_27840_additional_6.map
注釈cluster 6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 7

ファイルemd_27840_additional_7.map
注釈cluster 7
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 8

ファイルemd_27840_additional_8.map
注釈cluster 8
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cluster 9

ファイルemd_27840_additional_9.map
注釈cluster 9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_27840_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_27840_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BIRC6/casp-7

全体名称: BIRC6/casp-7
要素
  • 複合体: BIRC6/casp-7
    • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: caspase-7

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超分子 #1: BIRC6/casp-7

超分子名称: BIRC6/casp-7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.132 MDa

-
分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 合成酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGDWSHPQFE KSGGGSGGLE VLFQGPSRTM VTGGGAAPPG TVTEPLPSVI VLSAGRKMAA AAAAASGPGC SSAAGAGAAG VSEWLVLRDG CMHCDADGLH SLSYHPALNA ILAVTSRGTI KVIDGTSGAT LQASALSAKP GGQVKCQYIS AVDKVIFVDD YAVGCRKDLN ...文字列:
MGDWSHPQFE KSGGGSGGLE VLFQGPSRTM VTGGGAAPPG TVTEPLPSVI VLSAGRKMAA AAAAASGPGC SSAAGAGAAG VSEWLVLRDG CMHCDADGLH SLSYHPALNA ILAVTSRGTI KVIDGTSGAT LQASALSAKP GGQVKCQYIS AVDKVIFVDD YAVGCRKDLN GILLLDTALQ TPVSKQDDVV QLELPVTEAQ QLLSACLEKV DISSTEGYDL FITQLKDGLK NTSHETAANH KVAKWATVTF HLPHHVLKSI ASAIVNELKK INQNVAALPV ASSVMDRLSY LLPSARPELG VGPGRSVDRS LMYSEANRRE TFTSWPHVGY RWAQPDPMAQ AGFYHQPASS GDDRAMCFTC SVCLVCWEPT DEPWSEHERH SPNCPFVKGE HTQNVPLSVT LATSPAQFPC TDGTDRISCF GSGSCPHFLA AATKRGKICI WDVSKLMKVH LKFEINAYDP AIVQQLILSG DPSSGVDSRR PTLAWLEDSS SCSDIPKLEG DSDDLLEDSD SEEHSRSDSV TGHTSQKEAM EVSLDITALS ILQQPEKLQW EIVANVLEDT VKDLEELGAN PCLTNSKSEK TKEKHQEQHN IPFPCLLAGG LLTYKSPATS PISSNSHRSL DGLSRTQGES ISEQGSTDNE SCTNSELNSP LVRRTLPVLL LYSIKESDEK AGKIFSQMNN IMSKSLHDDG FTVPQIIEME LDSQEQLLLQ DPPVTYIQQF ADAAANLTSP DSEKWNSVFP KPGTLVQCLR LPKFAEEENL CIDSITPCAD GIHLLVGLRT CPVESLSAIN QVEALNNLNK LNSALCNRRK GELESNLAVV NGANISVIQH ESPADVQTPL IIQPEQRNVS GGYLVLYKMN YATRIVTLEE EPIKIQHIKD PQDTITSLIL LPPDILDNRE DDCEEPIEDM QLTSKNGFER EKTSDISTLG HLVITTQGGY VKILDLSNFE ILAKVEPPKK EGTEEQDTFV SVIYCSGTDR LCACTKGGEL HFLQIGGTCD DIDEADILVD GSLSKGIEPS SEGSKPLSNP SSPGISGVDL LVDQPFTLEI LTSLVELTRF ETLTPRFSAT VPPCWVEVQQ EQQQRRHPQH LHQQHHGDAA QHTRTWKLQT DSNSWDEHVF ELVLPKACMV GHVDFKFVLN SNITNIPQIQ VTLLKNKAPG LGKVNALNIE VEQNGKPSLV DLNEEMQHMD VEESQCLRLC PFLEDHKEDI LCGPVWLASG LDLSGHAGML TLTSPKLVKG MAGGKYRSFL IHVKAVNERG TEEICNGGMR PVVRLPSLKH QSNKGYSLAS LLAKVAAGKE KSSNVKNENT SGTRKSENLR GCDLLQEVSV TIRRFKKTSI SKERVQRCAM LQFSEFHEKL VNTLCRKTDD GQITEHAQSL VLDTLCWLAG VHSNGPGSSK EGNENLLSKT RKFLSDIVRV CFFEAGRSIA HKCARFLALC ISNGKCDPCQ PAFGPVLLKA LLDNMSFLPA ATTGGSVYWY FVLLNYVKDE DLAGCSTACA SLLTAVSRQL QDRLTPMEAL LQTRYGLYSS PFDPVLFDLE MSGSSCKNVY NSSIGVQSDE IDLSDVLSGN GKVSSCTAAE GSFTSLTGLL EVEPLHFTCV STSDGTRIER DDAMSSFGVT PAVGGLSSGT VGEASTALSS AAQVALQSLS HAMASAEQQL QVLQEKQQQL LKLQQQKAKL EAKLHQTTAA AAAAASAVGP VHNSVPSNPV AAPGFFIHPS DVIPPTPKTT PLFMTPPLTP PNEAVSVVIN AELAQLFPGS VIDPPAVNLA AHNKNSNKSR MNPLGSGLAL AISHASHFLQ PPPHQSIIIE RMHSGARRFV TLDFGRPILL TDVLIPTCGD LASLSIDIWT LGEEVDGRRL VVATDISTHS LILHDLIPPP VCRFMKITVI GRYGSTNARA KIPLGFYYGH TYILPWESEL KLMHDPLKGE GESANQPEID QHLAMMVALQ EDIQCRYNLA CHRLETLLQS IDLPPLNSAN NAQYFLRKPD KAVEEDSRVF SAYQDCIQLQ LQLNLAHNAV QRLKVALGAS RKMLSETSNP EDLIQTSSTE QLRTIIRYLL DTLLSLLHAS NGHSVPAVLQ STFHAQACEE LFKHLCISGT PKIRLHTGLL LVQLCGGERW WGQFLSNVLQ ELYNSEQLLI FPQDRVFMLL SCIGQRSLSN SGVLESLLNL LDNLLSPLQP QLPMHRRTEG VLDIPMISWV VMLVSRLLDY VATVEDEAAA AKKPLNGNQW SFINNNLHTQ SLNRSSKGSS SLDRLYSRKI RKQLVHHKQQ LNLLKAKQKA LVEQMEKEKI QSNKGSSYKL LVEQAKLKQA TSKHFKDLIR LRRTAEWSRS NLDTEVTTAK ESPEIEPLPF TLAHERCISV VQKLVLFLLS MDFTCHADLL LFVCKVLARI ANATRPTIHL CEIVNEPQLE RLLLLLVGTD FNRGDISWGG AWAQYSLTCM LQDILAGELL APVAAEAMEE GTVGDDVGAT AGDSDDSLQQ SSVQLLETID EPLTHDITGA PPLSSLEKDK EIDLELLQDL MEVDIDPLDI DLEKDPLAAK VFKPISSTWY DYWGADYGTY NYNPYIGGLG IPVAKPPANT EKNGSQTVSV SVSQALDARL EVGLEQQAEL MLKMMSTLEA DSILQALTNT SPTLSQSPTG TDDSLLGGLQ AANQTSQLII QLSSVPMLNV CFNKLFSMLQ VHHVQLESLL QLWLTLSLNS SSTGNKENGA DIFLYNANRI PVISLNQASI TSFLTVLAWY PNTLLRTWCL VLHSLTLMTN MQLNSGSSSA IGTQESTAHL LVSDPNLIHV LVKFLSGTSP HGTNQHSPQV GPTATQAMQE FLTRLQVHLS STCPQIFSEF LLKLIHILST ERGAFQTGQG PLDAQVKLLE FTLEQNFEVV SVSTISAVIE SVTFLVHHYI TCSDKVMSRS GSDSSVGARA CFGGLFANLI RPGDAKAVCG EMTRDQLMFD LLKLVNILVQ LPLSGNREYS ARVSVTTNTT DSVSDEEKVS GGKDGNGSST SVQGSPAYVA DLVLANQQIM SQILSALGLC NSSAMAMIIG ASGLHLTKHE NFHGGLDAIS VGDGLFTILT TLSKKASTVH MMLQPILTYM ACGYMGRQGS LATCQLSEPL LWFILRVLDT SDALKAFHDM GGVQLICNNM VTSTRAIVNT ARSMVSTIMK FLDSGPNKAV DSTLKTRILA SEPDNAEGIH NFAPLGTITS SSPTAQPAEV LLQATPPHRR ARSAAWSYIF LPEEAWCDLT IHLPAAVLLK EIHIQPHLAS LATCPSSVSV EVSADGVNML PLSTPVVTSG LTYIKIQLVK AEVASAVCLR LHRPRDASTL GLSQIKLLGL TAFGTTSSAT VNNPFLPSED QVSKTSIGWL RLLHHCLTHI SDLEGMMASA AAPTANLLQT CAALLMSPYC GMHSPNIEVV LVKIGLQSTR IGLKLIDILL RNCAASGSDP TDLNSPLLFG RLNGLSSDST IDILYQLGTT QDPGTKDRIQ ALLKWVSDSA RVAAMKRSGR MNYMCPNSST VEYGLLMPSP SHLHCVAAIL WHSYELLVEY DLPALLDQEL FELLFNWSMS LPCNMVLKKA VDSLLCSMCH VHPNYFSLLM GWMGITPPPV QCHHRLSMTD DSKKQDLSSS LTDDSKNAQA PLALTESHLA TLASSSQSPE AIKQLLDSGL PSLLVRSLAS FCFSHISSSE SIAQSIDISQ DKLRRHHVPQ QCNKMPITAD LVAPILRFLT EVGNSHIMKD WLGGSEVNPL WTALLFLLCH SGSTSGSHNL GAQQTSARSA SLSSAATTGL TTQQRTAIEN ATVAFFLQCI SCHPNNQKLM AQVLCELFQT SPQRGNLPTS GNISGFIRRL FLQLMLEDEK VTMFLQSPCP LYKGRINATS HVIQHPMYGA GHKFRTLHLP VSTTLSDVLD RVSDTPSITA KLISEQKDDK EKKNHEEKEK VKAENGFQDN YSVVVASGLK SQSKRAVSAT PPRPPSRRGR TIPDKIGSTS GAEAANKIIT VPVFHLFHKL LAGQPLPAEM TLAQLLTLLY DRKLPQGYRS IDLTVKLGSR VITDPSLSKT DSYKRLHPEK DHGDLLASCP EDEALTPGDE CMDGILDESL LETCPIQSPL QVFAGMGGLA LIAERLPMLY PEVIQQVSAP VVTSTTQEKP KDSDQFEWVT IEQSGELVYE APETVAAEPP PIKSAVQTMS PIPAHSLAAF GLFLRLPGYA EVLLKERKHA QCLLRLVLGV TDDGEGSHIL QSPSANVLPT LPFHVLRSLF STTPLTTDDG VLLRRMALEI GALHLILVCL SALSHHSPRV PNSSVNQTEP QVSSSHNPTS TEEQQLYWAK GTGFGTGSTA SGWDVEQALT KQRLEEEHVT CLLQVLASYI NPVSSAVNGE AQSSHETRGQ NSNALPSVLL ELLSQSCLIP AMSSYLRNDS VLDMARHVPL YRALLELLRA IASCAAMVPL LLPLSTENGE EEEEQSECQT SVGTLLAKMK TCVDTYTNRL RSKRENVKTG VKPDASDQEP EGLTLLVPDI QKTAEIVYAA TTSLRQANQE KKLGEYSKKA AMKPKPLSVL KSLEEKYVAV MKKLQFDTFE MVSEDEDGKL GFKVNYHYMS QVKNANDANS AARARRLAQE AVTLSTSLPL SSSSSVFVRC DEERLDIMKV LITGPADTPY ANGCFEFDVY FPQDYPSSPP LVNLETTGGH SVRFNPNLYN DGKVCLSILN TWHGRPEEKW NPQTSSFLQV LVSVQSLILV AEPYFNEPGY ERSRGTPSGT QSSREYDGNI RQATVKWAML EQIRNPSPCF KEVIHKHFYL KRVEIMAQCE EWIADIQQYS SDKRVGRTMS HHAAALKRHT AQLREELLKL PCPEGLDPDT DDAPEVCRAT TGAEETLMHD QVKPSSSKEL PSDFQL

UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6

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分子 #2: caspase-7

分子名称: caspase-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: caspase-7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADDQGCIEE QGVEDSANED SVDAKPDRSS FVPSLFSKKK KNVTMRSIKT TRDRVPTYQY NMNFEKLGKC IIINNKNFDK VTGMGVRNGT DKDAEALFKC FRSLGFDVIV YNDCSCAKMQ DLLKKASEED HTNAACFACI LLSHGEENVI YGKDGVTPIK DLTAHFRGDR ...文字列:
MADDQGCIEE QGVEDSANED SVDAKPDRSS FVPSLFSKKK KNVTMRSIKT TRDRVPTYQY NMNFEKLGKC IIINNKNFDK VTGMGVRNGT DKDAEALFKC FRSLGFDVIV YNDCSCAKMQ DLLKKASEED HTNAACFACI LLSHGEENVI YGKDGVTPIK DLTAHFRGDR CKTLLEKPKL FFIQACRGTE LDDGIQADSG PINDTDANPR YKIPVEADFL FAYSTVPGYY SWRSPGRGSW FVQALCSILE EHGKDLEIMQ ILTRVNDRVA RHFESQSDDP HFHEKKQIPC VVSMLTKELY FSQLEHHHHH H

UniProtKB: Caspase-7

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
3.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細added CHAPSO to 0.4 mM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 2 movies per hole)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-51 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18216 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.387 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2420278
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 880343
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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