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- EMDB-27834: Cryo-EM structure of N-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 2) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of N-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 2) | |||||||||
![]() | main map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() spongiotrophoblast layer development / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / Flemming body / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hunkeler M / Fischer ES | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases. 著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer / ![]() 要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 398.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.1 KB 28.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 33.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 9.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 368.2 MB 391.8 MB 391.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e2fMC ![]() 8e2dC ![]() 8e2eC ![]() 8e2gC ![]() 8e2hC ![]() 8e2iC ![]() 8e2jC ![]() 8e2kC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: main map post-processed using deepEMhancer
ファイル | emd_27834_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | main map post-processed using deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_27834_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_27834_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
全体 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
超分子 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.067 MDa |
-分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
分子 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 534.158312 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGL TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAGA AGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF V DDYAVGCR ...文字列: MDYKDDDDKL AAANSSIDLI STSLYKKAGL TMVTGGGAAP PGTVTEPLPS VIVLSAGRKM AAAAAAASGP GCSSAAGAGA AGVSEWLVL RDGCMHCDAD GLHSLSYHPA LNAILAVTSR GTIKVIDGTS GATLQASALS AKPGGQVKCQ YISAVDKVIF V DDYAVGCR KDLNGILLLD TALQTPVSKQ DDVVQLELPV TEAQQLLSAC LEKVDISSTE GYDLFITQLK DGLKNTSHET AA NHKVAKW ATVTFHLPHH VLKSIASAIV NELKKINQNV AALPVASSVM DRLSYLLPSA RPELGVGPGR SVDRSLMYSE ANR RETFTS WPHVGYRWAQ PDPMAQAGFY HQPASSGDDR AMCFTCSVCL VCWEPTDEPW SEHERHSPNC PFVKGEHTQN VPLS VTLAT SPAQFPCTDG TDRISCFGSG SCPHFLAAAT KRGKICIWDV SKLMKVHLKF EINAYDPAIV QQLILSGDPS SGVDS RRPT LAWLEDSSSC SDIPKLEGDS DDLLEDSDSE EHSRSDSVTG HTSQKEAMEV SLDITALSIL QQPEKLQWEI VANVLE DTV KDLEELGANP CLTNSKSEKT KEKHQEQHNI PFPCLLAGGL LTYKSPATSP ISSNSHRSLD GLSRTQGESI SEQGSTD NE SCTNSELNSP LVRRTLPVLL LYSIKESDEK AGKIFSQMNN IMSKSLHDDG FTVPQIIEME LDSQEQLLLQ DPPVTYIQ Q FADAAANLTS PDSEKWNSVF PKPGTLVQCL RLPKFAEEEN LCIDSITPCA DGIHLLVGLR TCPVESLSAI NQVEALNNL NKLNSALCNR RKGELESNLA VVNGANISVI QHESPADVQT PLIIQPEQRN VSGGYLVLYK MNYATRIVTL EEEPIKIQHI KDPQDTITS LILLPPDILD NREDDCEEPI EDMQLTSKNG FEREKTSDIS TLGHLVITTQ GGYVKILDLS NFEILAKVEP P KKEGTEEQ DTFVSVIYCS GTDRLCACTK GGELHFLQIG GTCDDIDEAD ILVDGSLSKG IEPSSEGSKP LSNPSSPGIS GV DLLVDQP FTLEILTSLV ELTRFETLTP RFSATVPPCW VEVQQEQQQR RHPQHLHQQH HGDAAQHTRT WKLQTDSNSW DEH VFELVL PKACMVGHVD FKFVLNSNIT NIPQIQVTLL KNKAPGLGKV NALNIEVEQN GKPSLVDLNE EMQHMDVEES QCLR LCPFL EDHKEDILCG PVWLASGLDL SGHAGMLTLT SPKLVKGMAG GKYRSFLIHV KAVNERGTEE ICNGGMRPVV RLPSL KHQS NKGYSLASLL AKVAAGKEKS SNVKNENTSG TRKSENLRGC DLLQEVSVTI RRFKKTSISK ERVQRCAMLQ FSEFHE KLV NTLCRKTDDG QITEHAQSLV LDTLCWLAGV HSNGPGSSKE GNENLLSKTR KFLSDIVRVC FFEAGRSIAH KCARFLA LC ISNGKCDPCQ PAFGPVLLKA LLDNMSFLPA ATTGGSVYWY FVLLNYVKDE DLAGCSTACA SLLTAVSRQL QDRLTPME A LLQTRYGLYS SPFDPVLFDL EMSGSSCKNV YNSSIGVQSD EIDLSDVLSG NGKVSSCTAA EGSFTSLTGL LEVEPLHFT CVSTSDGTRI ERDDAMSSFG VTPAVGGLSS GTVGEASTAL SSAAQVALQS LSHAMASAEQ QLQVLQEKQQ QLLKLQQQKA KLEAKLHQT TAAAAAAASA VGPVHNSVPS NPVAAPGFFI HPSDVIPPTP KTTPLFMTPP LTPPNEAVSV VINAELAQLF P GSVIDPPA VNLAAHNKNS NKSRMNPLGS GLALAISHAS HFLQPPPHQS IIIERMHSGA RRFVTLDFGR PILLTDVLIP TC GDLASLS IDIWTLGEEV DGRRLVVATD ISTHSLILHD LIPPPVCRFM KITVIGRYGS TNARAKIPLG FYYGHTYILP WES ELKLMH DPLKGEGESA NQPEIDQHLA MMVALQEDIQ CRYNLACHRL ETLLQSIDLP PLNSANNAQY FLRKPDKAVE EDSR VFSAY QDCIQLQLQL NLAHNAVQRL KVALGASRKM LSETSNPEDL IQTSSTEQLR TIIRYLLDTL LSLLHASNGH SVPAV LQST FHAQACEELF KHLCISGTPK IRLHTGLLLV QLCGGERWWG QFLSNVLQEL YNSEQLLIFP QDRVFMLLSC IGQRSL SNS GVLESLLNLL DNLLSPLQPQ LPMHRRTEGV LDIPMISWVV MLVSRLLDYV ATVEDEAAAA KKPLNGNQWS FINNNLH TQ SLNRSSKGSS SLDRLYSRKI RKQLVHHKQQ LNLLKAKQKA LVEQMEKEKI QSNKGSSYKL LVEQAKLKQA TSKHFKDL I RLRRTAEWSR SNLDTEVTTA KESPEIEPLP FTLAHERCIS VVQKLVLFLL SMDFTCHADL LLFVCKVLAR IANATRPTI HLCEIVNEPQ LERLLLLLVG TDFNRGDISW GGAWAQYSLT CMLQDILAGE LLAPVAAEAM EEGTVGDDVG ATAGDSDDSL QQSSVQLLE TIDEPLTHDI TGAPPLSSLE KDKEIDLELL QDLMEVDIDP LDIDLEKDPL AAKVFKPISS TWYDYWGADY G TYNYNPYI GGLGIPVAKP PANTEKNGSQ TVSVSVSQAL DARLEVGLEQ QAELMLKMMS TLEADSILQA LTNTSPTLSQ SP TGTDDSL LGGLQAANQT SQLIIQLSSV PMLNVCFNKL FSMLQVHHVQ LESLLQLWLT LSLNSSSTGN KENGADIFLY NAN RIPVIS LNQASITSFL TVLAWYPNTL LRTWCLVLHS LTLMTNMQLN SGSSSAIGTQ ESTAHLLVSD PNLIHVLVKF LSGT SPHGT NQHSPQVGPT ATQAMQEFLT RLQVHLSSTC PQIFSEFLLK LIHILSTERG AFQTGQGPLD AQVKLLEFTL EQNFE VVSV STISAVIESV TFLVHHYITC SDKVMSRSGS DSSVGARACF GGLFANLIRP GDAKAVCGEM TRDQLMFDLL KLVNIL VQL PLSGNREYSA RVSVTTNTTD SVSDEEKVSG GKDGNGSSTS VQGSPAYVAD LVLANQQIMS QILSALGLCN SSAMAMI IG ASGLHLTKHE NFHGGLDAIS VGDGLFTILT TLSKKASTVH MMLQPILTYM ACGYMGRQGS LATCQLSEPL LWFILRVL D TSDALKAFHD MGGVQLICNN MVTSTRAIVN TARSMVSTIM KFLDSGPNKA VDSTLKTRIL ASEPDNAEGI HNFAPLGTI TSSSPTAQPA EVLLQATPPH RRARSAAWSY IFLPEEAWCD LTIHLPAAVL LKEIHIQPHL ASLATCPSSV SVEVSADGVN MLPLSTPVV TSGLTYIKIQ LVKAEVASAV CLRLHRPRDA STLGLSQIKL LGLTAFGTTS SATVNNPFLP SEDQVSKTSI G WLRLLHHC LTHISDLEGM MASAAAPTAN LLQTCAALLM SPYCGMHSPN IEVVLVKIGL QSTRIGLKLI DILLRNCAAS GS DPTDLNS PLLFGRLNGL SSDSTIDILY QLGTTQDPGT KDRIQALLKW VSDSARVAAM KRSGRMNYMC PNSSTVEYGL LMP SPSHLH CVAAILWHSY ELLVEYDLPA LLDQELFELL FNWSMSLPCN MVLKKAVDSL LCSMCHVHPN YFSLLMGWMG ITPP PVQCH HRLSMTDDSK KQDLSSSLTD DSKNAQAPLA LTESHLATLA SSSQSPEAIK QLLDSGLPSL LVRSLASFCF SHISS SESI AQSIDISQDK LRRHHVPQQC NKMPITADLV APILRFLTEV GNSHIMKDWL GGSEVNPLWT ALLFLLCHSG STSGSH NLG AQQTSARSAS LSSAATTGLT TQQRTAIENA TVAFFLQCIS CHPNNQKLMA QVLCELFQTS PQRGNLPTSG NISGFIR RL FLQLMLEDEK VTMFLQSPCP LYKGRINATS HVIQHPMYGA GHKFRTLHLP VSTTLSDVLD RVSDTPSITA KLISEQKD D KEKKNHEEKE KVKAENGFQD NYSVVVASGL KSQSKRAVSA TPPRPPSRRG RTIPDKIGST SGAEAANKII TVPVFHLFH KLLAGQPLPA EMTLAQLLTL LYDRKLPQGY RSIDLTVKLG SRVITDPSLS KTDSYKRLHP EKDHGDLLAS CPEDEALTPG DECMDGILD ESLLETCPIQ SPLQVFAGMG GLALIAERLP MLYPEVIQQV SAPVVTSTTQ EKPKDSDQFE WVTIEQSGEL V YEAPETVA AEPPPIKSAV QTMSPIPAHS LAAFGLFLRL PGYAEVLLKE RKHAQCLLRL VLGVTDDGEG SHILQSPSAN VL PTLPFHV LRSLFSTTPL TTDDGVLLRR MALEIGALHL ILVCLSALSH HSPRVPNSSV NQTEPQVSSS HNPTSTEEQQ LYW AKGTGF GTGSTASGWD VEQALTKQRL EEEHVTCLLQ VLASYINPVS SAVNGEAQSS HETRGQNSNA LPSVLLELLS QSCL IPAMS SYLRNDSVLD MARHVPLYRA LLELLRAIAS CAAMVPLLLP LSTENGEEEE EQSECQTSVG TLLAKMKTCV DTYTN RLRS KRENVKTGVK PDASDQEPEG LTLLVPDIQK TAEIVYAATT SLRQANQEKK LGEYSKKAAM KPKPLSVLKS LEEKYV AVM KKLQFDTFEM VSEDEDGKLG FKVNYHYMSQ VKNANDANSA ARARRLAQEA VTLSTSLPLS SSSSVFVRCD EERLDIM KV LITGPADTPY ANGCFEFDVY FPQDYPSSPP LVNLETTGGH SVRFNPNLYN DGKVCLSILN TWHGRPEEKW NPQTSSFL Q VLVSVQSLIL VAEPYFNEPG YERSRGTPSG TQSSREYDGN IRQATVKWAM LEQIRNPSPC FKEVIHKHFY LKRVEIMAQ CEEWIADIQQ YSSDKRVGRT MSHHAAALKR HTAQLREELL KLPCPEGLDP DTDDAPEVCR ATTGAEETLM HDQVKPSSSK ELPSDFQL UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP | ||||||||||||
詳細 | added CHAPSO to 0.8 mM |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19647 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 52.5 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-8e2f: |