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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | RNA-free Human Dis3L2 | |||||||||
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![]() | 3'-5' exonuclease / RNA-free exonuclease / human exonuclease / RNA BIND PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / P-body / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / negative regulation of cell population proliferation / cell division / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Meze K / Thomas DR / Joshua-Tor L | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A shape-shifting nuclease unravels structured RNA. 著者: Katarina Meze / Armend Axhemi / Dennis R Thomas / Ahmet Doymaz / Leemor Joshua-Tor / ![]() 要旨: RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. ...RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. Dis3L2 independently degrades structured substrates, including coding and noncoding 3' uridylated RNAs. While the basis for Dis3L2's substrate recognition has been well characterized, the mechanism of structured RNA degradation by this family of enzymes is unknown. We characterized the discrete steps of the degradation cycle by determining cryogenic electron microscopy structures representing snapshots along the RNA turnover pathway and measuring kinetic parameters for RNA processing. We discovered a dramatic conformational change that is triggered by double-stranded RNA (dsRNA), repositioning two cold shock domains by 70 Å. This movement exposes a trihelix linker region, which acts as a wedge to separate the two RNA strands. Furthermore, we show that the trihelix linker is critical for dsRNA, but not single-stranded RNA, degradation. These findings reveal the conformational plasticity of Dis3L2 and detail a mechanism of structured RNA degradation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 49.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.2 MB 95.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27827_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27827_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Inactive RNA-free HsDis3L2 (D391N)
全体 | 名称: Inactive RNA-free HsDis3L2 (D391N) |
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要素 |
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-超分子 #1: Inactive RNA-free HsDis3L2 (D391N)
超分子 | 名称: Inactive RNA-free HsDis3L2 (D391N) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: DIS3-like exonuclease 2
分子 | 名称: DIS3-like exonuclease 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 96.54332 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSHPDYRMNL RPLGTPRGVS AVAGPHDIGA SPGDKKSKNR STRGKKKSIF ETYMSKEDVS EGLKRGTLIQ GVLRINPKKF HEAFIPSPD GDRDIFIDGV VARNRALNGD LVVVKLLPEE HWKVVKPESN DKETEAAYES DIPEELCGHH LPQQSLKSYN D SPDVIVEA ...文字列: MSHPDYRMNL RPLGTPRGVS AVAGPHDIGA SPGDKKSKNR STRGKKKSIF ETYMSKEDVS EGLKRGTLIQ GVLRINPKKF HEAFIPSPD GDRDIFIDGV VARNRALNGD LVVVKLLPEE HWKVVKPESN DKETEAAYES DIPEELCGHH LPQQSLKSYN D SPDVIVEA QFDGSDSEDG HGITQNVLVD GVKKLSVCVS EKGREDGDAP VTKDETTCIS QDTRALSEKS LQRSAKVVYI LE KKHSRAA TGFLKLLADK NSELFRKYAL FSPSDHRVPR IYVPLKDCPQ DFVARPKDYA NTLFICRIVD WKEDCNFALG QLA KSLGQA GEIEPETEGI LTEYGVDFSD FSSEVLECLP QGLPWTIPPE EFSKRRDLRK DCIFTIDPST ARDLNDALSC KPLA DGNFK VGVHIADVSY FVPEGSDLDK VAAERATSVY LVQKVVPMLP RLLCEELCSL NPMSDKLTFS VIWTLTPEGK ILDEW FGRT IIRSCTKLSY EHAQSMIESP TEKIPAKELP PISPEHSSEE VHQAVLNLHG IAKQLRQQRF VDGALRLDQL KLAFTL DHE TGLPQGCHIY EYRESNKLVE EFMLLANMAV AHKIHRAFPE QALLRRHPPP QTRMLSDLVE FCDQMGLPVD FSSAGAL NK SLTQTFGDDK YSLARKEVLT NMCSRPMQMA LYFCSGLLQD PAQFRHYALN VPLYTHFTSP IRRFADVLVH RLLAAALG Y RERLDMAPDT LQKQADHCND RRMASKRVQE LSTSLFFAVL VKESGPLESE AMVMGILKQA FDVLVLRYGV QKRIYCNAL ALRSHHFQKV GKKPELTLVW EPEDMEQEPA QQVITIFSLV EVVLQAESTA LKYSAILK UniProtKB: DIS3-like exonuclease 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.042 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4095 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 51.75 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Chain A of PDB 4PMW (MmDis3L2) was fit into the map via rigid body fitting. Residues were then mutated to match the human protein and manual building done to correct for differences. Next rounds of refinement and building were done in PHENIX and Coot, respectively, until the final structure was obtained. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8e27: |