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- EMDB-27776: Vaccine elicited Antibody MU89+S27Y bound to CH848.D949.10.17_N13... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27776
タイトルVaccine elicited Antibody MU89+S27Y bound to CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV-1 Env trimer
マップデータSharpened map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
試料
  • 複合体: V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: MU89+S27Y Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MU89+S27Y Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 envelope / vaccine-induced antibody / broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Stalls V / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI144371 米国
引用
ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2024
タイトル: Mutation-guided vaccine design: A process for developing boosting immunogens for HIV broadly neutralizing antibody induction.
著者: Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Victoria Stalls / Derek W Cain / Sravani Venkatayogi / Joshua S Martin Beem / Madison Berry / Tyler Evangelous / Rory Henderson / Bhavna Hora / Shi-Mao Xia / ...著者: Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Victoria Stalls / Derek W Cain / Sravani Venkatayogi / Joshua S Martin Beem / Madison Berry / Tyler Evangelous / Rory Henderson / Bhavna Hora / Shi-Mao Xia / Chuancang Jiang / Amanda Newman / Cindy Bowman / Xiaozhi Lu / Mary E Bryan / Joena Bal / Aja Sanzone / Haiyan Chen / Amanda Eaton / Mark A Tomai / Christopher B Fox / Ying K Tam / Christopher Barbosa / Mattia Bonsignori / Hiromi Muramatsu / S Munir Alam / David C Montefiori / Wilton B Williams / Norbert Pardi / Ming Tian / Drew Weissman / Frederick W Alt / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: A major goal of HIV-1 vaccine development is the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Although success has been achieved in initiating bnAb B cell lineages, design of boosting ...A major goal of HIV-1 vaccine development is the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Although success has been achieved in initiating bnAb B cell lineages, design of boosting immunogens that select for bnAb B cell receptors with improbable mutations required for bnAb affinity maturation remains difficult. Here, we demonstrate a process for designing boosting immunogens for a V3-glycan bnAb B cell lineage. The immunogens induced affinity-matured antibodies by selecting for functional improbable mutations in bnAb precursor knockin mice. Moreover, we show similar success in prime and boosting with nucleoside-modified mRNA-encoded HIV-1 envelope trimer immunogens, with improved selection by mRNA immunogens of improbable mutations required for bnAb binding to key envelope glycans. These results demonstrate the ability of both protein and mRNA prime-boost immunogens for selection of rare B cell lineage intermediates with neutralizing breadth after bnAb precursor expansion, a key proof of concept and milestone toward development of an HIV-1 vaccine.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Mutation-Guided Vaccine Design: A Strategy for Developing Boosting Immunogens for HIV Broadly Neutralizing Antibody Induction
著者: Wiehe K / Saunders KO / Stalls V / Cain D / Venkatayogi S / Martin Beem JS / Berry M / Evangelous T / Henderson R / Hora B / Xia S / Jiang C / Newman A / Bowman C / Lu X / Bryan ME / Bal J / ...著者: Wiehe K / Saunders KO / Stalls V / Cain D / Venkatayogi S / Martin Beem JS / Berry M / Evangelous T / Henderson R / Hora B / Xia S / Jiang C / Newman A / Bowman C / Lu X / Bryan ME / Bal J / Sanzone A / Chen H / Eaton A / Tomai MA / Fox CB / Tam Y / Barbosa C / Bonsignori M / Muramatsu H / Alam SM / Montefiori D / Williams WB / Pardi N / Tian M / Weisman D / Alt FW / Acharya P / Haynes BF
履歴
登録2022年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27776.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.05
最小 - 最大-0.43932295 - 2.7434394
平均 (標準偏差)0.006073775 (±0.12829138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A map from homogeneous C3 refinement in cryosparc

ファイルemd_27776_half_map_1.map
注釈Half A map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map from homogeneous C3 refinement in cryosparc

ファイルemd_27776_half_map_2.map
注釈Half B map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH84...

全体名称: V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV Env trimer
要素
  • 複合体: V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV Env trimer
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: MU89+S27Y Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MU89+S27Y Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH84...

超分子名称: V3-glycan vaccine induced antibody MU89+S27Y in complex with CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV-1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 72.208086 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MGSLQPLATL YLLGMLVASV LAAENLWVTV YYGVPVWKEA KTTLFCASDA RAYEKEVHNV WATHACVPTD PSPQELVLGN VTENFNMWK NDMVDQMHED IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLICSDATVK TGTVEEMKNC SFNTTTEIRD KEKKEYALFY K PDIVPLSE ...文字列:
MGSLQPLATL YLLGMLVASV LAAENLWVTV YYGVPVWKEA KTTLFCASDA RAYEKEVHNV WATHACVPTD PSPQELVLGN VTENFNMWK NDMVDQMHED IISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLICSDATVK TGTVEEMKNC SFNTTTEIRD KEKKEYALFY K PDIVPLSE TNNTSEYRLI NCNTSACTQA CPKVTFEPIP IHYCAPAGYA ILKCNDETFN GTGPCSNVST VQCTHGIRPV VS TQLLLNG SLAEKEIVIR SENLTNNAKI IIVHLHTPVE IVCTRPNNNT RKSVRIGPGQ TFYATGDIIG DIKQAHCNIS EEK WNDTLQ KVGIELQKHF PNKTIKYNQS AGGDMEITTH SFNCGGEFFY CNTSNLFNGT YNGTYISTNS SANSTSTITL QCRI KQIIN MWQGVGRCMY APPIAGNITC RSNITGLLLT RDGGTNSNET ETFRPAGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTR CKRR VVGRRRRRRA VGIGAVFLGF LGAAGSTMGA ASMTLTVQAR NLLSGIVQQQ SNLLRAPEAQ QHLLKLTVWG IKQLQA RVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQ DL LALD

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分子 #2: MU89+S27Y Heavy Chain

分子名称: MU89+S27Y Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.162116 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYRFTD HYIHWVRQAP GQGPEWMGWI NTSSGRSNFA QKFQGRVTM TRDTSISTAY MELNRLKSDD TAVYYCTTGS WISLYYDSSG YPNFDYWGQG TLVTVT

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分子 #3: MU89+S27Y Light Chain

分子名称: MU89+S27Y Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.464601 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQPITI SCTGTSYDVG NYDLVSWYQQ HPGNAPKYMI YEVTKRPAGI SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDAADYY CCSYAGSSTV IFGGGTKVTV L

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1801 / 平均電子線量: 59.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1002697
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 65441
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6um6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8dto

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8dy6:
Vaccine elicited Antibody MU89+S27Y bound to CH848.D949.10.17_N133D_N138T.DS.SOSIP.664 HIV-1 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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