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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27755 | ||||||||||||
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タイトル | Molecular Mechanism of Sialic Acid Transport Mediated by Sialin | ||||||||||||
マップデータ | human Sialin | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | sialic acid transport / solute carrier transporter / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sialic acid:proton symporter activity / sialic acid transport / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport ...sialic acid:proton symporter activity / sialic acid transport / D-glucuronate transmembrane transporter activity / Defective SLC17A5 causes Salla disease (SD) and ISSD / Organic anion transporters / sialic acid transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / Sialic acid metabolism / monoatomic anion transport / amino acid transport / monoatomic ion transport / response to bacterium / synaptic vesicle membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hu W / Zheng H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: The molecular mechanism of sialic acid transport mediated by Sialin. 著者: Wenxin Hu / Congwu Chi / Kunhua Song / Hongjin Zheng / 要旨: Malfunction of the sialic acid transporter caused by various genetic mutations in the gene encoding Sialin leads to a spectrum of neurodegenerative conditions called free sialic acid storage ...Malfunction of the sialic acid transporter caused by various genetic mutations in the gene encoding Sialin leads to a spectrum of neurodegenerative conditions called free sialic acid storage disorders. Unfortunately, how Sialin transports sialic acid/proton (H) and how pathogenic mutations impair its function are poorly defined. Here, we present the structure of human Sialin in an inward-facing partially open conformation determined by cryo-electron microscopy, representing the first high-resolution structure of any human SLC17 member. Our analysis reveals two unique features in Sialin: (i) The H coupling/sensing requires two highly conserved Glu residues (E171 and E175) instead of one (E175) as implied in previous studies; and (ii) the normal function of Sialin requires the stabilization of a cytosolic helix, which has not been noticed in the literature. By mapping known pathogenic mutations, we provide mechanistic explanations for corresponding functional defects. We propose a structure-based mechanism for sialic acid transport mediated by Sialin. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27755.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27755-v30.xml emd-27755.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27755.png | 61.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27755.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_27755_half_map_1.map.gz emd_27755_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27755 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27755 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dwiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | human Sialin | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27755_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27755_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Sialin complex with Fab 8B1
全体 | 名称: Sialin complex with Fab 8B1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Sialin complex with Fab 8B1
超分子 | 名称: Sialin complex with Fab 8B1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sialin
分子 | 名称: Sialin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 54.684168 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRSPVRDLAR NDGEESTDRT PLLPGAPRAE AAPVCCSARY NLAILAFFGF FIVYALRVNL SVALVDMVDS NTTLEDNRTS KACPEHSAP IKVHHNQTGK KYQWDAETQG WILGSFFYGY IITQIPGGYV ASKIGGKMLL GFGILGTAVL TLFTPIAADL G VGPLIVLR ...文字列: MRSPVRDLAR NDGEESTDRT PLLPGAPRAE AAPVCCSARY NLAILAFFGF FIVYALRVNL SVALVDMVDS NTTLEDNRTS KACPEHSAP IKVHHNQTGK KYQWDAETQG WILGSFFYGY IITQIPGGYV ASKIGGKMLL GFGILGTAVL TLFTPIAADL G VGPLIVLR ALEGLGEGVT FPAMHAMWSS WAPPLERSKL LSISYAGAQL GTVISLPLSG IICYYMNWTY VFYFFGTIGI FW FLLWIWL VSDTPQKHKR ISHYEKEYIL SSLRNQLSSQ KSVPWVPILK SLPLWAIVVA HFSYNWTFYT LLTLLPTYMK EIL RFNVQE NGFLSSLPYL GSWLCMILSG QAADNLRAKW NFSTLCVRRI FSLIGMIGPA VFLVAAGFIG CDYSLAVAFL TIST TLGGF CSSGFSINHL DIAPSYAGIL LGITNTFATI PGMVGPVIAK SLTPDNTVGE WQTVFYIAAA INVFGAIFFT LFAKG EVQN WALNDHHGHR H UniProtKB: Sialin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 57.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 394078 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |