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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27631 | |||||||||
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タイトル | SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman J / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of prefusion SIV envelope trimer. 著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi ...著者: Jason Gorman / Chunyan Wang / Rosemarie D Mason / Alexandra F Nazzari / Hugh C Welles / Tongqing Zhou / Julian W Bess / Tatsiana Bylund / Myungjin Lee / Yaroslav Tsybovsky / Raffaello Verardi / Shuishu Wang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Brandon F Keele / Jeffrey D Lifson / Jun Liu / Mario Roederer / Peter D Kwong / 要旨: Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion ...Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are lentiviruses that naturally infect non-human primates of African origin and seeded cross-species transmissions of HIV-1 and HIV-2. Here we report prefusion stabilization and cryo-EM structures of soluble envelope (Env) trimers from rhesus macaque SIV (SIV) in complex with neutralizing antibodies. These structures provide residue-level definition for SIV-specific disulfide-bonded variable loops (V1 and V2), which we used to delineate variable-loop coverage of the Env trimer. The defined variable loops enabled us to investigate assembled Env-glycan shields throughout SIV, which we found to comprise both N- and O-linked glycans, the latter emanating from V1 inserts, which bound the O-link-specific lectin jacalin. We also investigated in situ SIV-Env trimers on virions, determining cryo-electron tomography structures at subnanometer resolutions for an antibody-bound complex and a ligand-free state. Collectively, these structures define the prefusion-closed structure of the SIV-Env trimer and delineate variable-loop and glycan-shielding mechanisms of immune evasion conserved throughout SIV evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27631.map.gz | 17.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27631-v30.xml emd-27631.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27631.png | 115.9 KB | ||
マスクデータ | emd_27631_msk_1.map | 35.3 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27631_half_map_1.map.gz emd_27631_half_map_2.map.gz | 32.8 MB 32.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27631 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27631_validation.pdf.gz | 770.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27631_full_validation.pdf.gz | 770.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27631_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27631_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27631 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27631 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.166 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27631_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27631_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27631_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin
全体 | 名称: SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin |
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要素 |
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-超分子 #1: SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin
超分子 | 名称: SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Artocarpus heterophyllus (ジャックフルーツ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | SIV mac239 SOS-2P K169T Env trimer with bNAb PGT145 and jacalin |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 52.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 8589 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) |