+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2763 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of a partial 48S preinitiation complex from yeast. In order to see all the components it is recommended to apply a gaussian filter of 1.5 width and then visualize it at a contour level of 0.02. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Eukaryotic translation initiation / 48S / small ribosome subunit. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase ...formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / double-stranded RNA binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hussain T / Llacer JL / Fernandez IS / Savva CG / Ramakrishnan V | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2014 タイトル: Structural changes enable start codon recognition by the eukaryotic translation initiation complex. 著者: Tanweer Hussain / Jose L Llácer / Israel S Fernández / Antonio Munoz / Pilar Martin-Marcos / Christos G Savva / Jon R Lorsch / Alan G Hinnebusch / V Ramakrishnan / 要旨: During eukaryotic translation initiation, initiator tRNA does not insert fully into the P decoding site on the 40S ribosomal subunit. This conformation (POUT) is compatible with scanning mRNA for the ...During eukaryotic translation initiation, initiator tRNA does not insert fully into the P decoding site on the 40S ribosomal subunit. This conformation (POUT) is compatible with scanning mRNA for the AUG start codon. Base pairing with AUG is thought to promote isomerization to a more stable conformation (PIN) that arrests scanning and promotes dissociation of eIF1 from the 40S subunit. Here, we present a cryoEM reconstruction of a yeast preinitiation complex at 4.0 Å resolution with initiator tRNA in the PIN state, prior to eIF1 release. The structure reveals stabilization of the codon-anticodon duplex by the N-terminal tail of eIF1A, changes in the structure of eIF1 likely instrumental in its subsequent release, and changes in the conformation of eIF2. The mRNA traverses the entire mRNA cleft and makes connections to the regulatory domain of eIF2?, eIF1A, and ribosomal elements that allow recognition of context nucleotides surrounding the AUG codon. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2763.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2763-v30.xml emd-2763.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_2763_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | EMD-2763.png emd_2763.png | 151.3 KB 151.3 KB | ||
その他 | emd_2763_additional_1.map.gz | 96.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2763 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2763_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2763_full_validation.pdf.gz | 429.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2763_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2763 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of a partial 48S preinitiation complex from yeast. In order to see all the components it is recommended to apply a gaussian filter of 1.5 width and then visualize it at a contour level of 0.02. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-添付マップデータ: emd 2763 additional 1.map
ファイル | emd_2763_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Partial yeast 48S preinitiation complex
全体 | 名称: Partial yeast 48S preinitiation complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Partial yeast 48S preinitiation complex
超分子 | 名称: Partial yeast 48S preinitiation complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 6 |
---|---|
分子量 | 理論値: 1.4 MDa |
-超分子 #1: Ribosome small subunit
超分子 | 名称: Ribosome small subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S, SSU RNA 18S |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Kluyveromyces lactis (酵母) |
分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: Eukaryotic initiation factor 1
分子 | 名称: Eukaryotic initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 12.3 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pTYB2 |
配列 | UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 |
-分子 #2: Eukaryotic initiation factor 1A
分子 | 名称: Eukaryotic initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF1A / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast |
分子量 | 理論値: 17.4 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pTYB2 |
配列 | UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 1A |
-分子 #3: Eukaryotic initiation factor 2
分子 | 名称: Eukaryotic initiation factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: eIF2 詳細: Uniprot codes are: alpha-P20459 beta-P09064 gamma-P32481 コピー数: 1 / 集合状態: Three subunits, alpha, beta, gamma / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 124 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: GP3511 |
-分子 #4: Initiator transfer RNA
分子 | 名称: Initiator transfer RNA / タイプ: rna / ID: 4 / Name.synonym: Met-tRNAi 詳細: Doble mutation (G31U:C39A) when compared with yeast WT initiator tRNA. 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 23 KDa |
配列 | 文字列: AGCGCCGUGG CGCAGUGGAA GCGCGCAGGU CUCAUAAACC UGAUGUCCUC GGAUCGAAAC CGAGCGGCGC UACCA |
-分子 #5: Messenger RNA
分子 | 名称: Messenger RNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: mRNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 7.4 KDa |
配列 | 文字列: GGAAUCUCUC UCUAUGCUCU CUCUC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.17 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 20mM MES-KOH, 40mM K-acetate, 10mM NH4-acetate, 8mM Mg-acetate, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids with 4-5 nm thin carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / Timed resolved state: 30 second incubation time / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
詳細 | Complete dataset was collected in 5 non-consecutive sessions |
日付 | 2013年10月28日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1791 / 平均電子線量: 28 e/Å2 詳細: Complete dataset was collected in 5 non-consecutive sessions |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.004 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0016 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 3u5b Chain - Chain ID: 2 |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | PDB-3j81: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 3u5c |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera, refmac |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC |
得られたモデル | PDB-3j81: |