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- EMDB-27624: Cryo-EM structure of HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27624
タイトルCryo-EM structure of HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab
マップデータCryosparc generated map; Z-flip
試料
  • 複合体: HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: DH1030.1 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1030.1 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 Env / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Gobeil S / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Shared recognition mechanism for HIV-1 envelope-reactive V3 glycan broadly neutralizing B cell lineage maturation in humans and macaques
著者: Gobeil SM / Janowska K / Stalls V / Mansouri K / Henderson RC / Edwards RJ / Wiehe K / Saunders K / Acharya P / Williams W / Haynes BF
履歴
登録2022年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27624.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc generated map; Z-flip
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-0.65498286 - 3.6627388
平均 (標準偏差)0.0029524704 (±0.13579023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryosparc generated half map A

ファイルemd_27624_half_map_1.map
注釈Cryosparc generated half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryosparc generated half map B

ファイルemd_27624_half_map_2.map
注釈Cryosparc generated half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab

全体名称: HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab
要素
  • 複合体: HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: DH1030.1 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1030.1 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab

超分子名称: HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.736535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSDATVKTG TVEEMKNCSF NTTTEIRDKE KKEYALFYKP DIVPLSETNN TSEYRLINCN T SACTQACP ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDARA YEKEVHNVWA THACVPTDPS PQELVLGNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL ICSDATVKTG TVEEMKNCSF NTTTEIRDKE KKEYALFYKP DIVPLSETNN TSEYRLINCN T SACTQACP KVTFEPIPIH YCAPAGYAIL KCNDETFNGT GPCSNVSTVQ CTHGIRPVVS TQLLLNGSLA EKEIVIRSEN LT NNAKIII VHLHTPVEIV CTRPNNNTRK SVRIGPGQTF YATGDIIGDI KQAHCNISEE KWNDTLQKVG IELQKHFPNK TIK YNQSAG GDMEITTHSF NCGGEFFYCN TSNLFNGTYN GTYISTNSSA NSTSTITLQC RIKQIINMWQ GVGRCMYAPP IAGN ITCRS NITGLLLTRD GGTNSNETET FRPAGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BG505
分子量理論値: 18.24583 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VGRRRRRRAV GIGAVFLGFL GAAGSTMGAA SMTLTVQARN LLSGIVQQQS NLLRAPEAQQ HLLKLTVWGI KQLQARVLAV ERYLRDQQL LGIWGCSGKL ICCTNVPWNS SWSNRNLSEI WDNMTWLQWD KEISNYTQII YGLLEESQNQ QEKNEQDLLA L D

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: DH1030.1 Fab Heavy chain

分子名称: DH1030.1 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.947818 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLAESGGG LTKPGGSLRL SCAASGFTFS DFYMDWVRQT PGKGLEWVSR INNDGRNKWY ADSVRGRFTV SRENAKNTLY LQMDSLRAE DTAVYYCARD RPVYRYWSGG YHLDPWGQGV VVTVSSASTK GPSVFPLAPS SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EVQLAESGGG LTKPGGSLRL SCAASGFTFS DFYMDWVRQT PGKGLEWVSR INNDGRNKWY ADSVRGRFTV SRENAKNTLY LQMDSLRAE DTAVYYCARD RPVYRYWSGG YHLDPWGQGV VVTVSSASTK GPSVFPLAPS SRSTSESTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GSLTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYVC NVNHKPSNTK VDKRVEIKTC GG

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分子 #4: DH1030.1 Fab Light Chain

分子名称: DH1030.1 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 24.050713 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YVVMTQSPLS LPITPGQPAS ISCRSSQRLL HSDGNTYLAW YQQRPGQPPR RLIYEVSKLD SGVPDRFSGS GAGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCGQNTYL PYSFGQGSKV EIKRAVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGVL K TGNSQESV ...文字列:
YVVMTQSPLS LPITPGQPAS ISCRSSQRLL HSDGNTYLAW YQQRPGQPPR RLIYEVSKLD SGVPDRFSGS GAGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCGQNTYL PYSFGQGSKV EIKRAVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGVL K TGNSQESV TEQDSKDNTY SLSSTLTLSN TDYQSHNVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6um6


詳細: CH848 10.17DT Env - PDB ID: 6UM6 DH1030.1 Fab crystal structure - PDB ID: 8DKF
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 296846
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6um6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8dkf

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8dow:
Cryo-EM structure of HIV-1 Env(CH848 10.17 DS.SOSIP_DT) in complex with DH1030.1 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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