[日本語] English
万見
- EMDB-27606: Cryo-EM Structure of SARS-CoV-2 HexaPro Spike ectodomain in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27606
タイトルCryo-EM Structure of SARS-CoV-2 HexaPro Spike ectodomain in complex with DH1338 Fab, 3-RBD-up conformation
マップデータSharp map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
試料
  • 複合体: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer
    • Other: Spike glycoprotein HexaPro
    • Other: DH1338 Fab Heavy Chain
    • Other: DH1338 Fab Light Chain
キーワードSARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN / Antibody / Fab / RBD / 3-RBD-up
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stalls V / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI165947 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure of SARS-CoV-2 HexaPro Spike ectodomain in complex with DH1338 Fab, 3-RBD-up conformation
著者: Stalls V / Acharya P / Malewana D
履歴
登録2022年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27606.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.697
最小 - 最大-3.7345433 - 7.71856
平均 (標準偏差)-0.0047704573 (±0.18323176)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half B map from homogeneous C1 refinement in cryosparc

ファイルemd_27606_half_map_1.map
注釈Half B map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half A map from homogeneous C1 refinement in cryosparc

ファイルemd_27606_half_map_2.map
注釈Half A map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer

全体名称: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer
要素
  • 複合体: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer
    • Other: Spike glycoprotein HexaPro
    • Other: DH1338 Fab Heavy Chain
    • Other: DH1338 Fab Light Chain

-
超分子 #1: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer

超分子名称: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike Trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 556 KDa

-
分子 #1: Spike glycoprotein HexaPro

分子名称: Spike glycoprotein HexaPro / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
配列文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN ...文字列:
VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGWI FGTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLVRD LPQGFSALEP LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNSASFS TFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG FNCYFPLQSY GFQPTNGVGY QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKSTNLVK NKCVNFNFNG LTGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQDV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEH VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTNSPGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLNR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK DFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSAWSHPQ FEK
組換発現生物種: Mammalia (両生類)

-
分子 #2: DH1338 Fab Heavy Chain

分子名称: DH1338 Fab Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAQ LQLQESGPGL VKPSETLSLT CAVSGGSISR KNWSWIRQPP GKGLGWIGRI SGSGGSTDYN PSLKSRVTIS TDTSKNQFSL KLSSVTAADT AVYYCARVAY YEDDYGYYYT EGAFDFWGQG LRVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHAQ LQLQESGPGL VKPSETLSLT CAVSGGSISR KNWSWIRQPP GKGLGWIGRI SGSGGSTDYN PSLKSRVTIS TDTSKNQFSL KLSSVTAADT AVYYCARVAY YEDDYGYYYT EGAFDFWGQG LRVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GSLTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYVC NVNHKPSNTK VDKRVEI
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #3: DH1338 Fab Light Chain

分子名称: DH1338 Fab Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAE IVMTQSPATL SLSPGERATL SCRTSQSVSS YVAWYQQKPE QTPRLLIYDA SSRATGIPDR FSGGGSGTDF TLTISSLEPE DFAVYYCQQY SNWPWTFGQG TKVEIKRAVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP REASVKWKVD ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHAE IVMTQSPATL SLSPGERATL SCRTSQSVSS YVAWYQQKPE QTPRLLIYDA SSRATGIPDR FSGGGSGTDF TLTISSLEPE DFAVYYCQQY SNWPWTFGQG TKVEIKRAVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP REASVKWKVD GVLKTGNSQE SVTEQDSKDN TYSLSSTLTL SSTDYQSHNV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP
詳細Fab to spike 6:1 ratio.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7865 / 平均電子線量: 59.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: Coot, ISOLDE, PHENIX) / 使用した粒子像数: 1109951
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る