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- EMDB-27584: Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin | |||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() endoplasmic reticulum Sec complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Park E / Itskanov S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A common mechanism of Sec61 translocon inhibition by small molecules. 著者: Samuel Itskanov / Laurie Wang / Tina Junne / Rumi Sherriff / Li Xiao / Nicolas Blanchard / Wei Q Shi / Craig Forsyth / Dominic Hoepfner / Martin Spiess / Eunyong Park / ![]() ![]() ![]() 要旨: The Sec61 complex forms a protein-conducting channel in the endoplasmic reticulum membrane that is required for secretion of soluble proteins and production of many membrane proteins. Several natural ...The Sec61 complex forms a protein-conducting channel in the endoplasmic reticulum membrane that is required for secretion of soluble proteins and production of many membrane proteins. Several natural and synthetic small molecules specifically inhibit Sec61, generating cellular effects that are useful for therapeutic purposes, but their inhibitory mechanisms remain unclear. Here we present near-atomic-resolution structures of human Sec61 inhibited by a comprehensive panel of structurally distinct small molecules-cotransin, decatransin, apratoxin, ipomoeassin, mycolactone, cyclotriazadisulfonamide and eeyarestatin. All inhibitors bind to a common lipid-exposed pocket formed by the partially open lateral gate and plug domain of Sec61. Mutations conferring resistance to the inhibitors are clustered at this binding pocket. The structures indicate that Sec61 inhibitors stabilize the plug domain in a closed state, thereby preventing the protein-translocation pore from opening. Our study provides the atomic details of Sec61-inhibitor interactions and the structural framework for further pharmacological studies and drug design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dnyMC ![]() 8dnvC ![]() 8dnwC ![]() 8dnxC ![]() 8dnzC ![]() 8do0C ![]() 8do1C ![]() 8do2C ![]() 8do3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin
ファイル | emd_27584_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin
ファイル | emd_27584_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by decatransin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : A human-yeast chimeric Sec complex treated with decatransin
全体 | 名称: A human-yeast chimeric Sec complex treated with decatransin |
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要素 |
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-超分子 #1: A human-yeast chimeric Sec complex treated with decatransin
超分子 | 名称: A human-yeast chimeric Sec complex treated with decatransin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
分子 | 名称: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.202438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL ...文字列: MAIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PFYWMRVILA SNRGTLMELG ISPIVTSGL IMQLLAGAKI IEVGDTPKDR ALFNGAQKLF GMIITIGQSI VYVMTGMYGD PSEMGAGICL LITIQLFVAG L IVLLLDEL LQKGYGLGSG ISLFIATNIC ETIVWKAFSP TTVNTGRGME FEGAIIALFH LLATRTDKVR ALREAFYRQN LP NLMNLIA TIFVFAVVIY FQGFRYELPI RSTKVRGQIG IYPIKLFYTS NIPIILQSAL VSNLYVISQM LSARFSGNLL VSL LGTWSD TSSGGPARAY PVGGLCYYLS PPESFGSVLE DPVHAVVYIV FMLGSCAFFS KTWIEVSGSS PRDIAKQFKD QGMV INGKR ETSIYRELKK IIPTAAAFGG LCIGALSVLA DFLGAIGSGT GILLAVTIIY QYFEIFVKEQ SEVGSMGALL F UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
分子 | 名称: Protein transport protein Sec61 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.752325 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDQVMQFVEP SRQFVKDSIR LVKRCTKPDR KEFQKIAMAT AIGFAIMGFI GFFVKLIHIP INNIIVGG UniProtKB: ![]() |
-分子 #3: Protein transport protein Sec61 subunit beta
分子 | 名称: Protein transport protein Sec61 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9.987456 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPGPTPSGTN VGSSGRSPSK AVAARAAGST VRQRKNASCG TRSAGRTTSA GTGGMWRFYT EDSPGLKVGP VPVLVMSLLF IASVFMLHI WGKYTRS UniProtKB: ![]() |
-分子 #4: Decatransin peptide inhibitor
分子 | 名称: Decatransin peptide inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.202607 KDa |
配列 | 文字列: A(YCP)(IML)(T2X)(YCP)(HLX)(T3R)(NZC)(YCP)(T3R) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging. | ||||||||||||||||||
詳細 | Reconsitituted into a peptidisc. Monodisperse peak from a Superose 6 column. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-8dny: |